24 декабря 1979 года в войска поступила директива министра обороны СССР Д.Ф. Устинова о вводе ограниченного контингента советских войск в Афганистан. Ввод в ДРА 40-й армии ТуркВО начался в 15.00 по московскому времени, одновременно воздушную границу пересекли военно-транспортные самолеты ВВС с подразделениями воздушно-десантных войск на борту. С передовыми частями в Афганистан вошел Особый отдел КГБ по 40-й армии во главе с полковником С.И. Божковым.

Вместе с тем введенные в декабре войска 40-й армии в Афганистане оказались далеко не первыми, кто обозначил там советское военное присутствие. Еще до масштабного ввода сухопутных сил в Афганистан, 7 декабря 1979 года под Кабул в район авиабазы Баграм были скрытно переброшены отдельный отряд спецназназа ГРУ ГШ («мусульманский батальон»), два батальона и рота десантников. Ими во взаимодействии со спецназом КГБ СССР 27 декабря в Кабуле успешно проведена операция «Шторм-333» по захвату дворца Тадж-Бек — резиденции главы афганского государства Х. Амина.

По мере втягивания советских войск в боевые действия возникла необходимость противодействия применяемой мятежниками тактике партизанской войны подвижными бандгруппами. В этих целях по приказу председателя КГБ Ю.В. Андропова сформирован и направлен в Афганистан разведывательно-диверсионный отряд «Каскад», созданный на основе отмобилизования спецрезервистов Отдельной бригады особого назначения общей численностью около 1000 человек. Должности водителей, стрелков, связистов «Каскада» комплектовались рядовыми, сержантами и прапорщиками пограничных войск.

В боевых действиях постоянно участвовали офицеры военной контрразведки, оперативно обслуживающие части и подразделения 40-й армии. Вся многоплановая оперативно-служебная деятельность военной контрразведки в Афганистане была направлена прежде всего на вскрытие и пресечение агентурного проникновения противника в войска, защиту секретных военных сведений, контрразведывательное обеспечение боевых операций. За 1980–1989 годы особыми отделами вскрыта и пресечена деятельность 44 агентов иностранных спецслужб и 875 агентов бандформирований мятежников. Одной из важнейших задач военной контрразведки в Афганистане был оперативный розыск советских военнослужащих, пропавших без вести или оказавшихся в плену у моджахедов, включавший: сбор информации об их гибели или пленении, обстоятельствах сдачи в плен, местонахождении, сведений о поведении в плену, сотрудничестве с противником и принятие мер по освобождению. Всего за годы Афганской войны сотрудниками военной контрразведки освобождено из плена 98 советских военнослужащих.

Первыми в боевое соприкосновение с афганскими вооруженными отрядами вступили советские пограничники. Сразу же после Саурской революции 1978 года в Афганистане вспыхнула гражданская война, а советско-афганская государственная граница превратилась в зону ожесточенных боестолкновений. В течение 1979 года группы моджахедов вышли к пограничной реке Пяндж на участках Хорогского, Московского и Пянджского пограничных отрядов, где заняли господствующие высоты вдоль границы. На ряде участков границы повсеместно отмечались неоднократные попытки провоцирования пограничных конфликтов, факты минометного обстрела советских населенных пунктов, захвата и уничтожения пограничных нарядов, вооруженного вторжения бандформирований на советскую территорию. В силу объективных причин новое афганское правительство не имело ни сил, ни возможностей противодействовать разгулу бандгруппировок в приграничной с СССР зоне, фактически потеряв контроль за оперативной обстановкой в провинциях на севере Афганистана. В этой связи руководством Советского Союза по предложению Комитета государственной безопасности СССР принято решение охрану и оборону советско-афганской границы осуществлять не только с советской, но и непосредственно с афганской территории, расположив там более шестидесяти подразделений пограничных войск с постоянной дислокацией.

Размещение пограничников на территории сопредельного государства в интересах решения задач обороны и безопасности государства не было для России чем-то новым и необычным. С 1901 по 1920 год существовал Заамурский округ Отдельного корпуса пограничной стражи России общей численностью около 25 тысяч человек. Его функциями были обеспечение безопасности Китайско-Восточной железной дороги и активные действия против хунхузов (китайских бандитов) в районе на 60 верст в каждую сторону от охраняемого участка железной дороги. Только за годы Русско-японской войны 1904–1905 годов войска округа предотвратили 128 железнодорожных диверсий и выдержали более 200 боестолкновений с японскими войсками и бандгруппами.

В конце Великой Отечественной войны постановлением Государственного комитета обороны СССР от 2 апреля 1945 года организован Юго-Западный пограничный округ с управлением в Кракове, на который была возложена задача охраны государственной границы между Польшей и Чехословакией до создания польской пограничной стражи.

С учетом накопленного исторического опыта и особенностей оперативной обстановки для решения задач охраны государственной границы СССР с Афганистаном в условиях военных действий в системе пограничных войск были специально созданы сводные боевые отряды, мотоманевренные и десантно-штурмовые группы, усиленные пограничной авиацией.

Первые два сводных боевых отряда, сформированные в Хорогском и Пянджском погранотрядах Среднеазиатского пограничного округа, в январе 1980 года форсировали реку Пяндж и завоевали плацдарм на афганской территории, прикрыв, таким образом, направление на районный центр Калай-Хумб в Горном Бадахшане, дорогу Душанбе — Хорог и афганский порт Шерхан.

Далее в течение 1980 года в результате серии операций «Горы-80», «Весна-80», «Лето-80», «Бала-Мургаб» пограничники освободили от вооруженных отрядов афганской антиправительственной оппозиции значительную часть севера Афганистана, что позволило снизить напряженность и стабилизировать оперативную обстановку на границе. В мае 1980 года для прикрытия северного участка границы Афганистана с Пакистаном и Китаем выставлены гарнизоны от Мургабского погранотряда Восточного пограничного округа. В 1980–1982 годах путем выставления постоянных гарнизонов и опорных пунктов на афганской территории прикрыты наиболее вероятные направления выдвижения противника к советско-афганской границе на всем ее протяжении. К началу 1982 года создана сплошная 15-километровая зона безопасности на всем 2000-километровом протяжении границы Афганистана с СССР. В 1982–1988 годах система войскового и агентурно-оперативного прикрытия советско-афганской границы получила дальнейшее развитие уже на глубину 100–150 километров в глубину афганской территории и ряда участков границы Афганистана с Китаем, Пакистаном и Ираном; таким образом, пограничники контролировали более 200 тысяч квадратных километров территории сопредельного государства. С февраля 1988 года приоритетным для погранвойск и военной контрразведки стало выполнение задач по обеспечению вывода ограниченного контингента войск Совесткой Армии и пограничных подразделений из Афганистана.

В самом начале афганской эпопеи с подачи руководства Генерального штаба вооруженных сил на пограничников планировалось возложить охрану не только афгано-советской границы, но и охрану и оборону афгано-пакистанской границы. Можно только представить себе, в каком кромешном АДУ в этом искусственно созданном огневом «слоеном пироге» оказались бы тысячи военнослужащих погранвойск: прямо по фронту, за границей, в Пакистане — вышколенные, обученные европейскими и американскими инструкторами, свежие вооруженные формирования и войсковые группы; в тылу, на территории Афганистана — изрядно потрепанные в боях и походах по горам и пустыням бандгруппы. Причем и для тех и для других регулярное пересечение афгано-пакистанской границы было крайней необходимостью, вопросом жизни и смерти — для передислокации личного состава, пополнения сил и средств, запасов оружия и продовольствия, средств связи, восстановления после боев, лечения и отдыха. Командованию пограничных войск Союза при поддержке председателя КГБ Ю.В. Андропова эту нелепую затею Минобороны с трудом удалось отбить.