Обвинение утверждает, что 3 сентября 1939 года германский подводный флот начал вести неограниченную подводную войну в отношении всех торговых судов, как вражеских, так и нейтральных, цинично пренебрегая правилами Протокола; оно также утверждало, что сознательно предпринимались усилия в течение всей войны скрыть этот факт лицемерными ссылками на международное право и нарушения его, якобы совершавшиеся союзниками.

Дёниц настаивает на том, что в течение всего времени военно-морской флот соблюдал ограничения международного права и Протокола. Он показал, что когда война началась, руководством для ведения подводной войны был принятый Германией порядок взятия призов, почти буквально заимствованный из Протокола, что, следуя принятой в Германии точке зрения, он приказал подводным лодкам атаковать все торговые суда в караванах и все те суда, которые отказывались остановиться или использовали радиосигнализацию при появлении подводной лодки.

Когда полученные им отчеты показывали, что британские торговые суда использовались для передачи информации по радио, вооружались и нападали на подводные лодки при их появлении, он приказал своим подводным лодкам 17 октября 1939 года нападать на все вражеские торговые суда и без предупреждения на том основании, что ожидалось сопротивление с их стороны. Уже 21 сентября 1939 года были изданы приказы о нападении на все суда, в том числе нейтральные, плавающие ночью без огней в Английском канале.

24 ноября 1939 года германское правительство издало предупреждение нейтральным судам о том, что в связи с частыми стычками, происходящими у берегов Британии и у французского побережья между подводными лодками и союзными торговыми судами, которые были вооружены и имели инструкции применять оружие, а также таранить подводные лодки, безопасность нейтральных судов в этих водах не может быть более гарантирована.

1 января 1940 года командование германского подводного флота, действуя по указаниям Гитлера, приказало подводным лодкам атаковать все греческие торговые суда в зоне вокруг Британских островов, которая была по распоряжению правительства Соединенных Штатов запрещенной для их судов, а также торговые суда всех национальностей в запретной зоне Бристольского канала. Через пять дней после этого был издан еще один приказ по подводному флоту о «немедленном и неограниченном применении оружия против всех судов» в одном из районов Северного моря, границы которого были указаны.

Наконец, 18 января 1940 года подводные лодки получили право топить без предупреждения все суда «в тех водах у вражеского побережья, в отношении которых можно сослаться на то, что они были минированы». Следовало делать исключение лишь для судов Соединенных Штатов, итальянских судов, японских судов и судов советского флота.

Вскоре после начала войны британское адмиралтейство в соответствии с руководством и инструкциями торговому флоту от 1938 года вооружило все торговые суда, во многих случаях выделило для сопровождения их вооруженный конвой и дало приказания о передаче оперативных донесений в случае появления подводных лодок, включив, таким образом, торговые суда в систему сигнализации военно-морской разведки. 1 октября 1939 года британское адмиралтейство объявило, что британские торговые суда получили указание таранить подводные лодки, когда это возможно.

Рассматривая конкретные обстоятельства данного дела, Трибунал не намерен считать Дёница виновным в ведении подводной войны против вооруженных британских торговых судов.

Однако объявление зон военных действий и потопление нейтральных торговых судов, зашедших в эти зоны, представляет иную проблему. Такая практика была принята в войне 1914–1918 годов Германией и, в порядке контрмеры, — Великобританией. Вашингтонская конференция 1922 года, Лондонское морское соглашение 1930 года и Протокол от 1936 года были подписаны с полным сознанием того, что такие зоны были введены в той войне. Однако Протокол не делал исключения для зон военных действий. Приказ Дёница топить нейтральные суда без предупреждения в том случае, если они будут находиться в пределах этих зон, по мнению Трибунала, является поэтому нарушением Протокола.

Утверждается также, что германский подводный флот не только не выполнял правил о предупреждении и спасении утопающих, содержащихся в Протоколе, но и что Дёниц преднамеренно приказал убивать людей, спасшихся после потопления судов, независимо оттого, были ли они вражескими или нейтральными. Обвинение представило множество доказательств в связи с двумя приказами Дёница — оперативным приказом № 154, изданным в 1939 году, и так называемым приказом «Лакония» от 1942 года.

Защита утверждает, что эти приказы и подтверждающие их доказательства не доказывают существования такой политики, и представила много доказательств, свидетельствующих об обратном. Трибунал придерживается мнения, что доказательства не устанавливают с несомненностью, требуемой в данном случае, того факта, что Дёниц намеренно приказал убивать людей, спасшихся с потопленных судов. Приказы были, несомненно, двусмысленными и заслуживают серьезнейшего осуждения.

Доказательства далее устанавливают, что правила о спасении утопающих не выполнялись Германией и что подсудимый приказал не выполнять их. Утверждение защиты сводится к тому, что безопасность подводной лодки, — что является основным правилом на море, — стоит выше, чем спасение людей, и что развитие воздушного флота сделало спасательные операции невозможными. Это, возможно, и правильно, но Протокол весьма точен в формулировках. Если командир не может проводить спасательных операций, он, в соответствии с условиями Протокола, не может топить торговое судно и должен дать ему возможность безопасно пройти перед перископом. В таком случае эти приказы доказывают, что Дёниц виновен в нарушении Протокола.

Учитывая все доказанные факты и в особенности приказ британского адмиралтейства, объявленный 8 мая 1940 года, о том, что все суда, появившиеся в Скагерраке ночью, должны быть потоплены, а также ответы адмирала Нимица на опросный лист, которые гласят, что Соединенные Штаты вели в Тихом океане неограниченную морскую войну с первого дня вступления этого государства в войну, мера наказания Дёницу определяется на основании нарушения им международного права в области подводной войны.

Дёницу также инкриминировалась ответственность за приказ Гитлера относительно «коммандос» от 18 октября 1942 года Дёниц признал, что он получил этот приказ и знал о нем, когда он был командующим подводным флотом, однако он отрицал свою ответственность. Он указывал, что в приказе было точно сформулировано, что он не распространяется на лиц, захваченных в ходе морской войны, что у флота не было морской пехоты и что командиры подводных лодок не имели возможности столкнуться с «коммандос».

В одном случае, когда он был главнокомандующим военно-морского флота, в 1943 году, команда союзного торпедного катера была захвачена германскими военно-морскими силами. Команда была допрошена в разведывательных целях по поручению адмирала, командовавшего этими судами, и затем по его приказу передана в СД и расстреляна. Дёниц заявил, что если бы эти лица были захвачены флотом, их расстрел явился бы нарушением приказа о «коммандос», что сообщения о казни в оперативной сводке вооруженных сил не было и что его никогда не информировали об этом случае. Он подчеркнул, что адмирал, о котором шла речь, не подчинялся ему но команде, а был подчиненным армейского генерала, руководившего операциями по оккупации Норвегии. Однако Дёниц оставил этот приказ в силе, когда он стал главнокомандующим, и в такой степени он несет за него ответственность.