С.М. Соловьев, как и Карамзин, не обвинил великую княгиню в том, что она бежала на Белоозеро в период нападения на Русь хана Ахмата. По его мнению, Иван III сам отправил туда жену вместе с детьми и казной. В данном случае он повторил версию летописцев XVI в.

К числу заслуг Софьи Соловьев отнес строительство Успенского собора в Москве. Историк полагал, что именно она убедила мужа пригласить из Италии опытного мастера.

Кроме того, Соловьев сделал вывод о том, что Софья Палеолог и ее сын были близки к иосифлянам, правда, не пояснил, в каких источниках об этом сообщалось. Возможно, он решил, что так великая княгиня противопоставляла себя Елене Волошанке, близкой к еретикам.

Таким образом, можно сделать вывод о том, что С.М. Соловьев считал, что Софья Палеолог оказала большое влияние и на мужа, заставив его сбросить ордынское иго и стать самодержцем, и на нравы при великокняжеском дворе, которые сильно испортились. Поэтому, по его мнению, московская знать ненавидела византийскую принцессу и всячески ей вредила. Но Софье с сыном Василием удалось найти опору в лице иосифлян, мелкопоместного дворянства и дьяков.

Мнение о Софье Палеолог Н.М. Карамзина и С.М. Соловьева в той или иной форме повторили потом многие историки, создававшие труды по истории Русского государства рубежа XV–XVI вв. В их числе: М. Щербатов, Н.И. Костомаров, И.Е. Забелин, В.О. Ключевский, С.Ф. Платонов и др. При этом никто из них не обнаружил каких-либо кардинально новых данных, касающихся личности византийской царевны. Все они единодушно утверждали, что жена Ивана III оказала большое влияние на его внешнюю и внутреннюю политику.

Уже известные данные о Софье Палеолог были обобщены в статье Ф.И. Успенского «Брак царя Ивана III Васильевича с Софьей Палеолог». В ней всячески подчеркнуто, что знатная супруга возвысила статус великого князя и даже позволила претендовать на царское достоинство.

Определенное внимание деятельности Софьи Палеолог уделил и И.Е. Забелин. Он полагал, что она занималась церковным строительством в Кремле. К числу ее построек он относил церковь Николая Гостунского на старом татарском дворе. При ней жили вдовы, до 20 человек.

С именем Софьи Фоминичны исследователь связывал также постройку церкви Косьмы и Дамиана и перестройку Спасского собора, который стал Верхнеспасским из-за строительства каменного теремного дворца. Сам Спасский монастырь был перенесен из Кремля на берег Москвы-реки в 1490 г. и стал называться Новоспасским.

В конце XIX в. П. Пирлинг в фундаментальном исследовании «Россия и Восток» привел довольно много сведений, касающихся происхождения Софьи, ее семьи и пребывания в Риме до замужества. Их он обнаружил в документах папского архива, хранившихся в Ватикане. Все эти данные потом использовались историками в работах о внешней политике Русского государства второй половины XV в.

В советской историографии возникла тенденция преуменьшать влияние Софьи Палеолог не только на процесс образования Русского централизованного государства, но даже на развитие русской культуры на рубеже XV–XVI вв. Одним из первых эту точку зрения высказал К.В. Базилевич. Потом она была повторена и в других работах. Например, в главе «Образование единого Российского государства» в многотомной «Истории СССР», написанной А.Л. Хорошкевич, византийская принцесса вообще не упоминается.

В книге С.М. Каштанова «Социально-политическая история России конца XV — первой половины XVI века» деятельность Софьи Палеолог также не выделена. Исследователь уделяет главное внимание положению при дворе ее старшего сына Василия и утверждает, что княжич уже в 1485 г. в возрасте всего шести лет стал самостоятельной политической фигурой и носил титул великого князя.

По мнению Каштанова, Софья со своими родственниками Ралевыми была повинна в ранней смерти Ивана Молодого. Кроме того, она постоянно требовала от мужа, чтобы тот наделял Василия все новыми и новыми земельными владениями.

Этот вывод историка представляется сомнительным, поскольку неженатые княжичи наделялись собственными земельными владениями только после смерти отца.

Выясняя, какое положение занимала Софьи Палеолог при великокняжеском дворе, исследователь активно использовал Посольские книги. Это представляется правомерным, поскольку в текстах дипломатических документов по перечню членов великокняжеской семьи наглядно видно, какое место было у Софья и ее сыновья в ней. Проанализировав данные за несколько лет, Каштанов сделал вывод о том, что возвышению великой княгини способствовала женитьба великого князя Литовского Александра на ее дочери Елене в 1495 г.

При изучении династического кризиса 1497–1500 гг. С.М. Каштанов сделал вывод, что его причина была в том, что Василий стремился к восстановлению удельных порядков, которые отменял Судебник 1497 г. Дмитрий же был согласен на роль соправителя Ивана III без каких-либо собственных прав. Самостоятельное участие Софьи в этом кризисе историк не выделяет. Правда, в источниках никаких данных, подтверждающих этот вывод, нет.

В книге А.А. Зимина «Россия на рубеже XV–XVI столетий» Софье Палеолог уделено существенно больше внимания, чем в труде С.М. Каштанова. Исследователь полагал, что положение византийской царевны при московском дворе было достаточно низким и бесправным. Это наглядно проявилось в эпизоде с драгоценностями первой супруги Ивана III Марии Тверянки. По мнению Зимина, Софья якобы искала защиту у удельного князя Михаила Верейского и во время Стояния на Угре бежала к нему на Белоозеро. К тому же после бегства Василия Верейского в Литву в 1483 г. ее положение стало якобы еще хуже.

Правда, эпизод с драгоценностями показывает лишь то, что Софья не была знакома с семейными традициями великих князей. Поэтому сама она не понесла никакого наказания за то, что отдала драгоценности из казны великих княгинь брату и племяннице. К тому же вряд ли Михаил Верейский мог стать ее защитником в 1480 г., поскольку никакой самостоятельной роли этот князь никогда не играл и в это время еще не являлся родственником царевны. На Белоозеро великая княгиня поехала, видимо, потому, что это было достаточно безопасное для нее и маленьких детей место.

А.А. Зимин, вслед за другими историками, обвинил Софью в смерти Ивана Молодого в 1490 г. После этого она якобы стала вести активную борьбу с Еленой Волошанкой и Дмитрием-внуком. Обе, по его мнению, были властными женщинами и опирались на свои придворные круги.

Историк полагал, что Софья была близка к тем церковным деятелям, которые вели борьбу с еретиками, т.е. к архиепископу Геннадию, Нифонту Суздальскому и др. Ее сына Василия окружали лица, ранее входившие в двор Михаила Верейского. Однако в источниках точных данных на этот счет нет.

В отличие от некоторых исследователей, А.А. Зимин выделил положительную роль Софьи Палеолог в развитии русско-итальянских отношений в конце XV в. Он указал на то, что входившие в ее свиту лица, в частности Траханиоты, стали видными русскими дипломатами и деятелями культуры. Благодаря личным контактам византийской царевны с итальянскими политическими деятелями в Россию приехали самые разнообразные специалисты: зодчие, литейщики, ювелиры, музыканты, лекари и т.д.