В академию могли поступать офицеры не моложе 18 лет и в чинах не старше капитана армии и штабс-капитана гвардии, артиллерии и сапёров. Офицеры, проходившие военную службу вне Петербурга, сначала держали предварительный экзамен при корпусных штабах. «В академии желающие поступить в теоретический класс держали вступительный экзамен; те, кто желал поступить сразу в практический класс, — и вступительный, и переходной; а желающие приобрести права окончивших курс — ещё и выпускной. По окончании курса офицеры прикомандировывались на 1 год к образцовым частям для ознакомления со службой. Выпуск производился в октябре. Окончившие по 1-му разряду получали следующий чин, по 2-му — выпускались тем же чином, а по 3-му — возвращались в свои же части и в Генеральный штаб не переводились. Армейские офицеры переводились в Генеральный штаб с тем же чином, артиллеристы, инженеры и гвардейцы — с повышением (гвардейцы ещё со старшинством в последнем чине). В 1850–1855 гт. академия выпускала ежегодно в среднем 23 человека. В 1855 г. она стала называться Николаевской академией Генерального штаба. С 1909 года — Императорская Николаевская военная академия.

Организация академии была существенно изменена в 1862, 1888 и 1893 годах. В 1862 г. было установлено, что с 1863 г. для поступления в академию (кроме геодезического отделения) надо прослужить 4 года (исключая время службы на нестроевых должностях). Из окончивших в Генеральный штаб зачислялись только на вакансии, а остальные возвращались в части, причём окончившие по 1-му разряду — со следующим чином (но не выше капитана Генерального штаба или равного ему майора армии). В 1863 г. и на геодезическое отделение принимали после 2 лет строевой службы. Но уже в 1868 г. из 4 лет можно было иметь только 2 года строевой службы для всех поступающих. При этом приём (ранее не ограниченный) был установлен в 50 человек (геодезическое отделение — 19 человек за два года). В 1869 г. для окончивших по 1—2-му разрядам был введён дополнительный 6-месячный курс.

На общем отделении академии главными предметами были тактика, стратегия, военная история, военная администрация, военная статистика, геодезия с картографией, съёмкой с черчением, а вспомогательными — русский язык, сведения по артиллерийской и инженерной части, политическая история, международное право и иностранные языки. На геодезическом отделении — теоретическая и практическая астрономия, физическая география, геодезия со съёмкой и черчением, картография и военная статистика; вспомогательными — военная администрация, тактика, русский и иностранные языки.

С 1894 г. квота на число поступающих отменена, но изменились и правила выпуска: было установлено, что основная задача академии — распространение высшего военного образования в армии. В соответствии с этим после 2-го курса офицеры выпускались в войска, а лучшие поступали на дополнительный курс, и лишь окончившие его причислялись к Генеральному штабу. Выпускники были обязаны прослужить в военном ведомстве 1,5 года за каждый год обучения.

Довольно большое число офицеров по разным причинам отчислялись до окончания курса: за 1881–1900 гг. было отчислено 913 человек. Зато окончившие академию занимали впоследствии высшие командные посты.

По положению (пр. по воен. вед. 1893 г.) Николаевская академия Генерального штаба имела целью:

«а) развитие высшего образования среди офицеров армии и

б) комплектование корпуса офицеров Генерального штаба.

Кроме двух классов — младшего и старшего — существовал Дополнительный курс, куда переводились лучшие по успехам из офицеров, в числе, соответствующем вакансиям в Генеральном штабе» (Императорская Николаевская военная академия).

Поручик (пр. 06.12.1909 г.; старшинство 22.04.1909 г.) Яков Александрович Слащёв окончил академию в 1911 году. Два класса вместе с дополнительным курсом — успешно, но без права причисления к Генеральному штабу из-за низкого среднего балла. Сегодня можно лишь предположить, так как прямых свидетельств не сохранилось, что Яков Александрович вполне мог вступить в конфликт с одним из преподавателей академии. Прямой, честный и храбрый офицер отличался превосходнейшим образованием, но уже тогда не терпел несправедливость.

А.И. Деникин в своих незаконченных мемуарах, вспоминая академию, очень ёмко сформулировал своё отношение к несправедливости в её стенах следующими словами: «Каким непроходимым чертополохом поросли пути к правде». Для этого у него были достаточно веские причины:

«Весною 1899 года последний наш «лееровский» выпуск заканчивал третий курс при Сухотине. На основании закона были составлены и опубликованы списки окончивших курс по старшинству баллов. Окончательным считался средний балл из двух: 1) среднего за теоретический двухлетний курс и 2) среднего за три диссертации. Около 50 офицеров, среди которых был я, тогда штабс-капитан артиллерии, причислялись к корпусу Генерального штаба; остальным, также около 50-ти, предстояло вернуться в свои части. Нас, причисленных, пригласили в Академию, от имени Сухотина поздравили с причислением, после чего начались практические занятия по службе Генерального штаба, длившиеся две недели…

Но вот однажды, придя в Академию, мы были поражены новостью. Список офицеров, предназначенных в Генеральный штаб, был снят, и на место его вывешен другой, на совершенно других началах, чем было установлено в законе». История долгая, но поучительная. Антону Ивановичу потребовалось много сил и здоровья, чтобы добиться справедливости. Благодаря настойчивости будущего прекрасного военачальника, его всё-таки причислили к Генеральному штабу в 1901 году, после соответствующей резолюции военного министра.

По поводу обучения в Академии Генерального штаба генерал Мартынов не без иронии рассказывал, как бывший начальник академии генерал Леер неоднократно говорил ему, что «наши курсы военного искусства представляют огромную мусорную кучу, куда каждый несёт свои отбросы». В частности, он писал:

«Затем, каждого поражает оторванность академии от жизни. В то время как все высшие военные школы Европы идут во главе быстро развивающегося военного дела, наша академия как бы замерла в своих отживших неподвижных формах.

Офицеров заставляли заучивать переправы на какой-нибудь давно пересохшей речке, запомнить количество баранов и свиней, приходящихся на одну квадратную версту в Галиции, а между тем никто не позаботился познакомить их, хоть в самых общих чертах, с Маньчжурией, где русской армии в действительности пришлось вести войну. Слушателей академии спрашивали о том, сколько золотников соли на человека возится в различных повозках германского обоза, каким условиям должна удовлетворять ремонтная лошадь во Франции; но организация японской армии оставалась для нас тайной до такой степени, что перед моим отправлением на войну главный специалист по этому предмету категорически заявил мне, что Япония не может выставить в Маньчжурии более 150 тысяч человек. Занимаясь пустословием о воображаемой тактике Чингисхана и фантастической стратегии Святослава, академические профессора в продолжение целой четверти века не успели даже критически исследовать нашу последнюю турецкую войну, ошибки коей мы с точностью повторили теперь на полях Маньчжурии. Следуя раболепно и подобострастно, но без всякого смысла и рассуждения в хвосте Драгомирова, представители нашей официальной военной науки прозевали те новые приёмы военного искусства, которые под влиянием усовершенствованной техники зародились на Западе. По справедливому замечанию французского писателя Негрие, «русская армия не захотела воспользоваться ни одним уроком последних войн». Вообще, академия генерального штаба, вместо того чтобы упорно служить проводником новых идей в войска, всё время упорно отворачивалась от жизни, пока сама жизнь не отвернулась от неё.