Правительство провело спешное расследование причин московских пожаров и уже в конце мая обвинило Афанасия Нагова в намерении сжечь Москву и вызвать беспорядки. Боярский суд произвел допрос нескольких десятков поджигателей — преимущественно боярских холопов. Их показания позволили Годунову обвинить Нагих в поджоге столицы.

2 июня в Кремле собрались высшие духовные чины государства, и дьяк Щелкалов прочел им полный текст угличского «обыска». Как и во всех делах, касавшихся царской семьи, в угличском деле высшим судьей стала церковь. Устами патриарха Иова церковь выразила полное согласие с выводами Василия Шуйского и его комиссии о нечаянной смерти царевича, мимоходом упомянув, что «царевичю Дмитрию смерть учинилась Божьим судом». Значительно больше внимания патриарх уделил «измене» Нагих, которые вместе с угличскими мужиками побили «напрасно» государевых приказных людей, стоявших «за правду». Мятеж в Угличе — «то дело земское градцкое», и его следует передать целиком на государеву волю: «все в его царской руке: и казнь и опала и милость».

«Измена» Нагих уже заслонила собой факт гибели Дмитрия. На основании патриаршего приговора власти приказали схватить Нагих и угличан, «которые в деле объявились», и доставить их в Москву.

Комиссия Шуйского представила собору отчет и прекратила свою деятельность. Следствие о поджоге Москвы и агитации Нагих вели другие люди, имена которых неизвестны. Составленные ими материалы не были присоединены к угличскому «обыску» и до наших дней не сохранились.

В апреле 1592 г. столичные дьяки сообщили литовскому посланнику следующие подробности насчет пожаров в Москве: «…то подуровали было мужики воры и Нагих Офонасья з братьею люди, и то сыскано, и приговор им учинен. То дело рядовое, хто вор своровал, тех и казнили, а без вора ни в котором государстве не живет».

Розыск проводился с применением пыток, и это позволило судьям обосновать новые обвинения против Нагих.

По свидетельству Горсея, четверо или пятеро поджигателей признались на пытке, будто еще до кончины Дмитрия Царица Мария и Нагие подкупали их убить царя и Бориса Федоровича и сжечь Москву. Степень достоверности этого сообщения невелика.

«Воры»-мужики подверглись казни. Одновременно правитель не пожалел средств для того, чтобы успокоить москвичей.

Родственники царевича Дмитрия подверглись преследованиям через много месяцев после его смерти. В результате повторного расследования угличского мятежа вдову Грозного насильно постригли и отослали «в место пусто» на Белоозеро. Афанасия Нагова и его братьев заточили в тюрьму. Многих их холопов казнили. После розыска сотни жителей Углича, участвовавших в погроме, подверглись наказанию: «иных казняху, иным языки резаху, иных по темницам рассылаху; множество же людей отведоша в Сибирь и поставиша град Пелым и ими насадиша: и оттого же Углич запустел».

По Москве ходила затейливая молва: якобы правитель в назидание мятежным угличанам велел «казнить» большой колокол, подавший сигнал к разгрому приказной избы и убийствам. Колоколу урезали «ухо» и в таком виде отослали в ссылку в Сибирь. Эту легенду воспроизвели на страницах своих сочинений поздние летописцы.

Боярин Василий Шуйский не имел необходимости прибегать к пыткам и казням. Проведенный им розыск не оставил места для неясных вопросов. Но наступило Смутное время, имя «царственного младенца» принял дерзкий авантюрист, овладевший московским троном, и смерть Дмитрия превратилась в загадку.

В годы царствования Василия Шуйского Поместный приказ составил справку, из которой следовало, что царь Федор Иванович по совету Бориса Годунова вопреки воле старейших бояр отменил Юрьев день. Под старейшими боярами дьяки, конечно же, подразумевали боярина Василия Шуйского и его братьев.

Заявление приказных похоже на правду. Знатные и богатые землевладельцы имели возможность предоставлять крестьянам подмогу, семена, деньги взаймы и с помощью таких средств удерживать их в своих владениях. Мелкие помещики такими средствами не располагали и были заинтересованы в том, чтобы прикрепить крестьян к земле и тем самым удержать их за собой.

Опала на Шуйских 1586–1589 гг. привела к тому, что их мнение утратило прежний вес. Преодолев кризис, правитель Борис Годунов руками высшей приказной бюрократии провел в жизнь крупнейшие социальные реформы, сплотившие дворянское сословие. Он освободил от подати («обелил») барскую запашку в дворянских усадьбах. Его реформа провела резкую черту между привилегированным дворянским сословием и низшими податными сословиями.

В годы правления Годунова произошли кардинальные перемены в положении крестьян на Руси. В середине XVI в. крестьяне имели право уйти от землевладельца по окончании сельских работ, в Юрьев день (в конце ноября). Однако в конце века они утратили это право.

Как и при каких обстоятельствах сформировался крепостнический режим в конце XVI в.? Для русской истории этот вопрос имеет первостепенное значение. Наиболее обстоятельно история закрепощения крестьян изложена в Уложении царя Василия Шуйского: «…при царе Иоанне Васильевиче… крестьяне выход имели вольный, а царь Федор Иоаннович, по наговору Бориса Годунова, не слушая совета старейших бояр, выход крестьянам заказал и у кого колико тогда крестьян было, книги учинил…»

Источники подтверждают справедливость приведенного свидетельства.

В 1595 г. старцы Пантелеймоновского монастыря в Деревской пятине обратились в московский приказ с грамотой на имя царя Федора Ивановича, добиваясь возвращения им крестьян и бобылей. Их обращение было процитировано в ответной грамоте из Москвы: «Ныне по нашему (царя Федора. — P.C.) указу крестьяном и бобылем выходу нет». Процитированные грамоты сохранились в подлиннике XVI в. Ссылка старцев на «указ» царя Федора о крестьянах прошла апробацию приказных властей. Более авторитетный источник трудно найти, и этот источник подтверждает достоверность свидетельства Уложения царя Василия Шуйского 1607 г. о том, что выход крестьянам «заказал» царь Федор, а не Иван Грозный.

Надо иметь в виду особенности московской приказной практики. Не только законодательные акты, но и любые другие распоряжения, приказы издавали от имени царя.

Слова пантелеймоновских старцев об «указе» царя Федора точно отражали суть дела. Но, по-видимому, они не были цитатой из законодательного акта.

Первым документом, четко сформулировавшим нормы «заповедных лет», была царская жалованная грамота городу Торопцу 1590 г. Правительство разрешило властям Торопца вернуть в город старинных тяглых людей, которые «с посаду разошлись в заповедные леты».

«Заповедью» на Руси называли запрет. Полагают, что режим «заповедных лет» упразднил право крестьян на выход в Юрьев день. Однако из грамоты Торопцу следует, что действие «заповедных лет» распространялось на городское население, которое к Юрьеву дню не имело никакого отношения. Можно сделать вывод, что «заповедные лета» означали временное прикрепление податного населения — крестьян и посадских людей — к тяглу, то есть к тяглым дворам и наделам.