В 1888 году Кизеветтер окончил Московский университет и был оставлен Ключевским при кафедре русской истории для подготовки к магистерскому званию. После окончания университета Кизеветтер преподавал историю в гимназических классах Лазаревского института восточных языков, в гимназии Л. Ф. Ржевской, на так называемых коллективных уроках для учащихся женщин, на Высших женских курсах В. И. Герье. С 1897 года Кизеветтер начал читать специальные курсы в Московском университете — по внутренней политике России в первой половине XIX века и др., а в следующем году стал приват-доцентом. Профессором Московского университета ему удалось стать только 20 лет спустя, в марте 1917 года. Правда, для этого в России должна была случиться революция.

Преподавал Кизеветтер также в разное время в школе Малого театра, Народном университете А. Л. Шанявского, Коммерческом институте. Разнообразный преподавательский опыт, «чувство аудитории», несомненно, способствовали развитию не только лекторского мастерства, но и литературной «популяризаторской жилки» Кизеветтера.

В 1894 году Кизеветтер женился на вдове своего близкого друга А. А. Кудрявцева, Екатерине Яковлевне Кудрявцевой, урожденной Фраузенфельдер, и принял на себя воспитание ее двоих детей — Всеволода и Натальи; год спустя у них родилась дочь Екатерина, вышедшая впоследствии замуж за Е. Ф. Максимовича.

«В жизни ученого и писателя главные биографические факты — книги, важнейшие события — мысли», — писал в статье памяти С. М. Соловьева Ключевский[972]. Главными фактами научной биографии Кизеветтера, если следовать отточенной формуле Ключевского, были две его диссертации: магистерская — «Посадская община в России XVIII столетия» (М., 1903) и докторская — «Городовое положение Екатерины II 1785 года» (М., 1909). П. Н. Милюков считал, что Кизеветтер как историк был «подавлен готовой схемой русской истории в блестящем синтезе Ключевского»[973], что вызвало его обращение к локальным проблемам. Вероятно, это так; Соловьевы и Ключевские рождаются не каждый день. Однако с решением поставленных «локальных» проблем Кизеветтер справился блестяще.

Наиболее основательно исследовавшая научное творчество Кизеветтера М. Г. Вандалковская пишет, что его работа о посадской общине «имела новаторский характер. Он изучил общественный организм (посадскую общину) с точки зрения социального состава и доказал на основе впервые введенного в научный оборот нового документального материала тесную связь различных социальных категорий населения с их экономическим положением, а также обусловленность правового статуса населения уровнем их социально-экономического развития»[974]. Семь лет работы в архивах позволили Кизеветтеру в деталях нарисовать «бытовую социальную физиономию» посадской общины.

Кроме сугубо исторических, работа Кизеветтера имела и некую политическую «сверхзадачу». Убежденный конституционалист, он искал элементы самоуправления, представительства в истории русского общества. «Кизеветтер поставил своей целью, — справедливо отмечает М. Раев, — выявить те автономные элементы в русском обществе, которые представляли собой как бы альтернативу централизации и бюрократизации самодержавия»[975].

Книга Кизеветтера не только принесла ему искомую магистерскую степень, но и премию имени Г. Ф. Карпова, присужденную Обществом истории и древностей российских.

Вторая диссертация Кизеветтера хронологически продолжала первую; скрупулезный анализ источников привел его к новым выводам относительно политики Екатерины II. Кизеветтер опровергал принятое в российской историографии мнение, что Екатерина, вдохновляемая идеями Просвещения, стремилась к ликвидации деспотизма и крепостничества и лишь со временем стала выражать прежде всего интересы дворянства. Он утверждал, что Екатерина II «с самого начала своего правления защищала интересы дворянства и никогда не помышляла об отмене крепостного права»[976]. В результате законодательство Екатерины оказалось направленным на то, чтобы «подновить и перекрасить фасад государственного здания»[977].

Кроме указанных капитальных сочинений Кизеветтер опубликовал сотни менее объемистых научных, популярных и публицистических работ; как уже упоминалось, общее число его публикаций еще в дореволюционный период превысило 500. Первой его публикацией была сугубо специальная работа «Значение „перехожих четвертей“ при мене поместий в XVIII веке» в «Юридическом вестнике» в 1890 году. Затем, после пятилетней паузы, — «Иван Грозный и его оппоненты», исследование вполне научное, но написанное достаточно живым языком, явно предназначавшееся не только для профессионалов и появившееся на страницах едва ли не самого популярного среди интеллигентной публики толстого журнала — «Русской мысли». Время и личность Ивана Грозного, отношение к которым стало «знаковым» для русского общества, и далее привлекали внимание Кизеветтера. Хотя он специализировался на истории России XVIII — первой половины XIX века, новые книги об эпохе Ивана Грозного неизменно вызывали его отклики. Так, он выступил впоследствии с рецензиями на известные книги об Иване IV Р. Ю. Виппера и С. Ф. Платонова[978].

Со второй половины 1890‐х годов «толстые» литературные и научно-популярные журналы регулярно публикуют статьи и рецензии Кизеветтера. Он стал постоянным автором «Русского богатства», «Образования», «Журнала для всех»; с 1903 года Кизеветтер — помощник В. А. Гольцева по изданию «Русской мысли», в 1907–1911 годах он редактировал этот журнал совместно с П. Б. Струве. С 1906 года Кизеветтер — постоянный сотрудник «Русских ведомостей», с 1912 года — член Товарищества по изданию «Русских ведомостей».

Значительную часть кизеветтеровских публикаций составляли биографические очерки; уже в 1898 году этюд об Артемии Петровиче Волынском, опубликованный в «Журнале для всех», сопровождался подзаголовком «Исторические силуэты». Впоследствии Кизеветтер назовет так одну из своих книг. Наиболее серьезные журнальные публикации Кизеветтер собирал в книги. В 1912 году вышел солидный том его «Исторических очерков», в 1915‐м — «Исторические отклики». Кроме того, Кизеветтер издал целый ряд популярных брошюр, многие из которых выдержали несколько изданий. Особенно охотно печатала его «Донская речь», одно из самых мощных демократических издательств России.