Война в Югославии становилась все более ожесточенной по мере того как немцы проводили одно за другим наступления в боснийских горах. Раненых партизан, попавших в руки к немцам, бросали под гусеницы танков. Тито свел свои силы в бригады численностью по тысяче бойцов каждая, но был достаточно благоразумен, чтобы не пытаться использовать обычную военную тактику. Дисциплина была строгой, не позволялась близость между мужчинами и молодыми женщинами, в большом количестве сражавшимися в рядах партизан. К осени 1942 г. силы Тито практически контролировали весь горный район, охвативший запад Боснии и восток Хорватии, а штаб разместили в городе Бихач, откуда выгнали усташей.

Признав королевское югославское правительство в изгнании в Лондоне, англичане предоставили помощь Михайловичу, который был назначен представителем этого правительства. Москва не возражала, так как тоже официально признала правительство Югославии в изгнании. Но в течение 1942 г. радиоперехваты Ultra и другие донесения стали показывать, что силы Тито атакуют немцев, пока четники выжидают. Попытки офицеров связи УСО, заброшенных через линию фронта с целью убедить соперничающие движения Сопротивления бороться совместно, не имели большого успеха. Поэтому после победы в Северной Африке, по мере роста интереса союзников к Средиземноморью, англичане наладили контакты с Тито.

Немцы, опасаясь высадки союзников на Балканах, были намерены оборонять побережье и обезопасить поставки минерального сырья. Против партизан они провели новые наступательные операции силами немецких и итальянских войск. Тито отступил с боем в Черногорию, едва избежав окружения на реке Неретве. Поскольку он в основном сохранил свои отряды, а также благодаря помощи англичан, сброшенной на парашютах или доставленной на секретные взлетно-посадочные полосы, силы партизанской армии Тито быстро росли. Михайлович, брошенный союзниками после неудачной попытки осуществить акции, о которых его особо просили, был обречен проиграть гражданскую войну.

Юг Албании по-прежнему был оккупирован итальянскими войсками. Аббас Купи, сторонник короля Зогу, бежавшего после вторжения войск Муссолини в 1939 г., начал сопротивление в малом масштабе весной 1941 г. Когда нацисты вторглись в СССР, албанские коммунисты во главе с Энвером Ходжей развернули более решительные действия против оккупантов. Как и в Югославии, англичане решили помочь коммунистам, потому что те воевали активнее. Поддержка Аббаса Купи, к великому неудовольствию офицеров связи УСО, была невелика, и в конечном итоге коммунисты Ходжи смогли избавиться от конкурентов.

Гораздо больший интерес для англичан представляла Греция. Черчилль твердо поддерживал короля Георга II и не хотел отдать страну коммунистическому партизанскому движению ЭAM-ЭЛАС (ЭАМ – Национально-освободительный фронт, ЭЛАС – его вооруженные силы, Народно-освободительная армия Греции). Однако, к неудовольствию англичан, многие греческие монархисты сотрудничали с немцами и итальянцами, побуждаемые к этому своим антикоммунизмом и склонностью к соглашательству. Авторитарное правление генерала Метаксаса усугубило антимонархические настроения в стране, и небольшая Компартия Греции быстро расширила свое влияние.

Разграбление Греции странами «Оси» в сочетании с неумелыми действиями итальянских оккупационных властей привело зимой 1941 г. к страшному голоду. Суровый лидер коммунистов Арис Велухиотис в 1942 г. начал собирать партизанские силы в горах Пинд. Его основным соперником был генерал Наполеон Зервас, веселый, бородатый человек, который сформировал ЭДЕС (Греческую национально-республиканскую лигу) – левоцентристскую некоммунистическую организацию. Силы Зерваса были гораздо меньше и сосредоточились в Эпире, на северо-западе страны. Когда силы коммунистов возросли, группы ЭДЕС оказались изолированы от остальной Греции. В то же время другие мелкие группы Сопротивления, такие как ЭККА (Национальная партия социальной реконструкции), в конечном итоге перешли под управление контролируемой коммунистами ЭAM-ЭЛАС.

Два офицера УСО летом 1942 г. были сброшены на парашютах в Грецию и, преодолев многочисленные трудности, вступили в контакт и с Зервасом, и с ЭЛАС. Их главной задачей было организовать нападение на главную железнодорожную магистраль, по которой обеспечивались поставки из Германии на юг для танковой армии Роммеля в Северной Африке. Им удалось убедить Зерваса и ЭЛАС сотрудничать в операции по взрыву крупного железнодорожного моста через реку Горгопотамос. Пока партизаны атаковали итальянские позиции с двух сторон, группа подрывников прикрепила большие заряды взрывчатки к опорам моста. Это была одна из самых успешных диверсионных операций войны, на четыре месяца прервавшая железнодорожное сообщение.

В марте 1943 г. вермахт и войска СС начали облавы на 60 тыс. греческих евреев, в основном в городе Салоники, где их большая община существовала на протяжении сотен лет. Участники греческого движения Сопротивления укрывали часть беглецов, но не могли помешать отправке остальных в концлагеря в Польше, где многие евреи подверглись бесчеловечным медицинским экспериментам.

Операция на Горгопотамосе была редким случаем сотрудничества между ЭЛАС и ЭДЕС, после чего офицеры связи УСО оказались на минном поле политического соперничества, ибо Греция тоже оказалась втянутой в гражданскую войну между партизанскими группировками. Зервас сотрудничал с англичанами гораздо охотнее, но тем нужно было вооружить и ЭЛАС для проведения операции «Животные». Это была целая серия атак летом 1943 г., перед вторжением союзников на Сицилию. Удары наносились в сочетании с операцией по дезинформации противника под названием «Мясной фарш»: на южное побережье Испании было подброшено тело человека в форме офицера Королевской морской пехоты с «важным» донесением. Цель активизации партизан в Греции заключалась в том, чтобы убедить немцев: союзники собираются высадиться в Греции. Как и все эффективные кампании дезинформации, эти операции подыгрывали мнению Гитлера о том, каковы намерения врага, и укрепляли его веру в то, что англичане хотят осуществить вторжение в Южную Европу через Балканы. Его австрийское происхождение заставляло его все время думать об этом регионе. Вследствие этого, в ожидании высадки на Балканах, немецкая танковая дивизия и ряд других частей были переброшены в Грецию перед самой высадкой союзников на Сицилии.

В руководстве ЭЛАС возникали разногласия по поводу сотрудничества с англичанами. В целом ее лидеры хотели иметь поддержку и признание, которые могло принести сотрудничество с союзниками, но очень недоверчиво относились к двигавшим англичанами мотивам. В августе 1943 г. представителей партизан вывезли самолетом для участия в совещании в Каире. Коммунисты, как и большинство греков в то время, выступали против восстановления монархии. Они стояли на том, что король Георг не должен возвращаться в страну, если только этого ему не позволит всенародный референдум. Греческое правительство в изгнании и англичане по настоянию Черчилля отказались согласиться с этим, несправедливо обвинив УСО, что оно допустило развитие подобного политического противостояния. Представители ЭЛАС с суровой твердостью вернулись, чтобы победить соперников, создать временное правительство и не допустить попыток англичан вновь установить монархию.