Вернувшись 12 июля из Москвы, Шая Голощекин доложил Уральскому совету, что центр предоставляет местным властям право самим решать судьбу Романовых. Военное руководство большевиков желало выяснить, долго ли сможет Екатеринбург удерживать натиск белых войск. Голощекин сообщил, что чехи подошли к городу с юга и дня через три Екатеринбург может пасть. Узнав об этом, Уральский совдеп решил как можно скорей расстрелять всю семью и уничтожить все следы преступной акции.

Приказ этот был отдан Юровскому 13 июля, и тотчас началась подготовка злодеяния. В течение трех дней Юровский с Ермаковым верхом осматривали окружающие город леса в поисках места, где можно спрятать останки жертв. Верстах в двадцати от Екатеринбурга, у деревни Коптяки, они нашли заброшенный рудник. Рядом с ним находились четыре сосны, отчего местные жители назвали этот участок урочищем Четырех Братьев. Одновременно Войков, тоже член Уральского совдепа, распорядился о приобретении 300 литров бензина и 175 килограммов серной кислоты.

Узники сразу поняли, с кем имеют дело. В отличие от пьяницы и грубияна Авдеева, Юровский не называл государя «кровавым» и внешне не проявлял враждебности к пленникам. Это был профессионал, которому поручили выполнить очередное «задание». Две женщины, пришедшие в Ипатьевский дом, увидели сидевшего там Юровского, который расспрашивал цесаревича о здоровье. А утром того же дня главный палач побывал в урочище Четырех Братьев, где проверял, как ведутся «работы».

Насколько изменилось настроение царственных узников за несколько последних дней, заметил екатеринбургский священник, отец Сторожев, которому в конце мая разрешили отслужить литургию в «доме особого назначения». Во время первого своего посещения священник обратил внимание на то, что, хотя «императрица выглядела утомленной и болезненной, государь и великие княжны имели вид бодрый и даже веселый. Алексея, который не мог ходить, принесли и положили на походную кровать в комнату, где происходило богослужение». Он был весел, и когда священник подошел к нему с крестом, мальчик посмотрел на священнослужителя живыми и ясными глазами. «В воскресенье, 14 июля, – отмечает Жильяр, – Юровский велел пригласить священника о. Сторожева и разрешил ему совершить богослужение на дому». На этот раз все члены царской семьи были чрезвычайно озабочены и подавлены. «По чину обедницы, – вспоминает отец Сторожев, служивший, по просьбе Их Величеств, обедницу 1 (14) июля, – положено прочесть молитву „Со святыми упокой“.

Почему-то дьякон запел эту молитву, стал петь и я, но едва мы запели, как я услышал, что стоявшие позади меня члены семьи Романовых опустились на колена… Алексей Николаевич сидел в кресле-каталке, одетый в куртку с матросским воротником. Татьяна Николаевна подкатила его кресло, когда после богослужения они прикладывались к Кресту». Уже на улице дьякон сказал, обращаясь к священнику: «Знаете, отец протоиерей, у них там что-то случилось».

16 июля «Юровский приказал отвести маленького Леонида Седнева в дом Попова, где находилась русская охрана», – пишет Жильяр. В четыре часа пополудни государь и великие княжны пошли погулять в сад. В своей книге Р. Вильтон приводит показания одного из чекистов, Медведева: «Вечером, часов около семи, Юровский приказал Медведеву отобрать в команде все револьверы. Их было 12 штук, все системы „наган“. Медведев отобрал револьверы, принес их в комендантскую и сдал Юровскому. Последний никаких пояснений этим своим распоряжениям сначала не давал, но затем вскоре после отобрания револьверов он сказал ему [Медведеву]: „Сегодня мы будем расстреливать все семейство“. При этом он приказал Медведеву предупредить команду, чтобы она не волновалась, если услышит в доме выстрелы».

От царской семьи все эти приготовления тщательно скрывались. В половине одиннадцатого государь и его близкие, ничего не подозревая, легли спать. В полночь Юровский разбудил их и велел спешно одеваться и спускаться вниз. Он объяснил, что на Екатеринбург наступают чехи и белая армия и областной совет принял решение вывезти семью царя. По-прежнему спокойные, члены семьи оделись, государь и цесаревич надели фуражки. С сыном на руках первым шел император. Не проснувшись окончательно, мальчик крепко обнял отца за шею. Следом спустились остальные члены семьи. Анастасия Николаевна несла своего спаниеля Джемми. Юровский провел узников через двор во внутренние помещения нижнего этажа, затем в угловую полуподвальную комнату. Окно, выходящее на Вознесенский переулок, было забрано решеткой. Комендант попросил обождать, пока подойдут автомобили.

По просьбе государя Юровский приказал принести три стула. Александра Федоровна села на один стул, император – на другой. Поддерживая плечом и рукой сына, государь усадил его на третий стул. «Государыня, – показал впоследствии Медведев, – села у той стены, где окно; за ней встали три дочери; за стулом наследника встал доктор Боткин, служанка Демидова встала у косяка двери, рядом с ней четвертая царская дочь». Лакей Трупп и повар Харитонов встали в левом от входа углу. У Демидовой в руках была подушка, в которую была зашита шкатулка с фамильными драгоценностями царской семьи. Маленькие подушки принесли с собой и великие княжны. Одну положили на сиденье стула государыни, вторую – на стул наследника.

Когда все собрались, снова появился Юровский, следом за ним – вооруженные револьверами палачи из ЧК. Шагнув вперед, Юровский поспешно произнес: «Ваши хотели вас спасти, но им это не удалось, и мы принуждены вас убить». Словно пытаясь защитить жену и сына, государь начал вставать, все еще держа на руках цесаревича. Он спросил: «Что?..» – «А вот что», – сказал Юровский, вскинул револьвер и выстрелом в голову сразил императора. По этому сигналу открыли стрельбу и остальные палачи. Едва государыня успела поднять руку и перекреститься, как была убита наповал единственной пулей. Ольга, Татьяна и Мария Николаевны, стоявшие позади матери, погибли мгновенно, так же как скошенные градом пуль Боткин, Харитонов и Трупп. Демидова осталась жива. Палачи не стали перезаряжать револьверы. Взяв в соседней комнате винтовки, они принялись колоть штыками убегавшую от них девушку. С воплями метавшаяся от стены к стене, словно попавший в западню зверь, она пыталась защититься от катов подушкой. Наконец, получив тридцать штыковых ран, она упала. Спаниелю Джемми убийцы размозжили голову прикладом.

В комнате, наполненной пороховым дымом и гарью, установилась тишина. По полу текли ручьи крови. Послышался стон. Лежавший на полу наследник, которого по-прежнему сжимал в своих объятиях убитый император, приподнял руку, чтобы ухватиться за китель отца. Один из палачей с размаху пнул мальчика в голову кованым сапогом. Подойдя к цесаревичу, Юровский дважды выстрелил ему в ухо. В этот момент очнулась потерявшая сознание Анастасия Николаевна и громко закричала. Вся банда набросилась на великую княжну, нанося ей удары прикладами и штыками. Мгновение спустя затихла и она. Злодеяние совершилось.

«Сняв со своих жертв их драгоценности, палачи перенесли тела при помощи простынь и оглобель от саней в грузовой автомобиль, который ожидал их перед воротами двора, между двумя деревянными заборами», – пишет Жильяр. Перед рассветом грузовик привез свой страшный груз к урочищу Четырех Братьев. Далее, продолжает швейцарец, «трупы перекладываются на землю, затем с них снимают часть одежды. В это время комиссары находят большое количество драгоценностей, которые великие княжны носили спрятанными под их одеждами. Комиссары немедленно завладевают ими, но в спешке роняют некоторые на землю и втаптывают их. Далее трупы расчленяют топорами и пилами и кладут на большие костры, облив их бензином. Более крепкие части уничтожают при помощи серной кислоты». В течение трех суток продолжали адскую свою работу упыри Юровского.