В 1813 г. обозы с университетскими вещами и книгами, а также учениками, студентами, семьями профессоров возвращаются, и с 17 августа в наемном доме в Долгоруковском переулке занятия возобновлены.

Ввиду недостаточности содержания, получаемого в одном месте, профессорам и преподавателям разрешено в 1817 г. совмещать преподавание в других учебных заведениях. В этом же году начато восстановление здания Московского университета (главный архитектор Д. И. Жилярди). В мае попечитель Оболенский утверждает положение о вступительных экзаменах в университет. Согласно нему, производили „в студенты тех токмо, которые знают Арифметику, главные основания Всеобщей и Отечественной Истории, логики и риторики и правила российского и латинского языка, вменяя хотя не в обязанность, но в похвалу и одобрение знание иностранных языков”.

В 1819 г. утверждено „Положение о производстве в ученые степени” – первый в истории России устав, регулирующий процесс научной аттестации. Согласно этому документу определялись ученые степени, требования, предъявляемые к соискателям, правила сдачи экзаменов и защиты диссертаций. Организована кафедра „Богопознания и Христианского учения”, посещение лекций которой было объявлено для всех студентов обязательным. Через два года в университете прекращено преподавание философии. Труды профессора Давыдова в министерстве духовных дел и народного просвещения нашли „пропитанными богопротивным учением Шеллинга”.

В 1823 году Совет университета издал постановление, согласно которому студенты должны были слушать не менее восьми профессоров. Это возмутило студентов, которые хотели даже не подчиниться постановлению. Часть из них оставила университет в знак несогласия с чрезмерной, по их мнению, нагрузкой.

14 декабря 1825 на престол восходит Николай I. В восстании „декабристов” против нового императора принимают участие несколько десятков университетских питомцев.

В 1826 г. попечителем Писаревым представлены новые принципы университетского устава. В них доказывается преимущество единоличного управления университетом над коллегиальным, необходимость полицейского надзора. Впервые напрямую поставлен вопрос о благонамеренности как самих профессоров, так и преподаваемых ими дисциплин. В Московский университет направлен флигель-адъютант императора Николая I граф Строганов, которому было велено обратить внимание на „вредный образ мыслей”, господствующий между студентами. Граф посетил вступительную лекцию „О возможности философии как науки” Давыдова, который после пятилетнего ожидания был, наконец, зачислен по распоряжению попечителя на кафедру философии. Лекцию Строганов нашел „вредной”, потребовал уничтожения всех ее печатных экземпляров и запрещения преподавания философии в университете, которое возобновится только в 1845 г.

21 июля 1826 г. в Москву прибывает Николай I. Ему представлена записка агента III Отделения Бибикова „О Московском университете”. Императору доносилось, что „профессоры знакомят юношей с пагубной философией нынешнего века и дают полную свободу их пылким страстям”". В пример приводились отрывки из поэмы студента Александра Полежаева „Сашка”, „наполненной развратными картинами и самыми пагубными для юношества мыслями”.

Позже Михаил Лермонтов напишет:

„Хвала тебе, приют лентяев,

Хвала, ученья дивный храм,

Где цвел наш бурный Полежаев

Назло властям…”

Александр Полежаев среди студентов славился как дебошир и гуляка, но при этом он хорошо учился и готовился к преподавательской деятельности. Полежаев был автором многих стихов, в том числе и оды „В память благотворений Александра I Императорскому Московскому университету”, написанной по поручению университетского начальства к торжественному акту 12 января 1826 года. Но сатирическая поэма „Сашка”, в которой изображались студенческие похождения и попойки, испортила всю его жизнь. Поэма ходила по рукам в списках:

„Не для славы —

Для забавы

Я пишу!

Одобренья

И сужденья

Не прошу!

Пусть кто хочет,

Тот хохочет,

Я и рад.

А развратен,

Неприятен —

Пусть бранят.

Кто ж иное

Здесь за злое

Хочет принимать,

Кто разносит

И доносит

Тот и блядь!..

…

Вот те, которые в борделе,

Как мы, ночь в пьянстве провели,

Покинув смятые постели,

Домой в пуху и пятнах шли.

Прощайте ж, милые красотки!

Теперь нам нечего зевать!

Итак, допив остаток водки,

Пошли домой мы с Сашкой спать.

Ах, много, много мы шалили!

Быть может, пошалим опять;

И много, много старой были

Друзьям придется рассказать

Во славу университета…”

В целом достаточно невинная поэма содержала строки, из-за которых делу был дан ход:

„О родины прямых студентов —

Геттинген, Вильна и Оксфорд!

У вас не может брать патентов

Дурак, алтынник или скот.

Звонарь не может колокольный

У вас на лекции сидеть,

Вертеться в шляпе треугольной

И шпагу при бедре иметь.

У вас не вздумает мальчишка

Шипеть, надувшись: «Я студент!»

Вы судите: пусть он князишка,

Но в нем ума ни капли нет!

У вас студент есть муж почтенный,

А не мальчишка, не сопляк,

Не полузнайка просвещенный,

И не с червонцами дурак!

У вас таланты в уваженье,

А не поклоны в трех верстах.

У вас заслугам награжденье,

А не приветствиям в сенях!

Не ректор духом вашим правит —

Природный ум вам кажет путь,

И он вам чин и честь доставит,

А не «нельзя ли как-нибудь!»

А ты, козлиными брадами

Лишь пресловутая земля,

Умы гнетущая цепями,

Отчизна глупая моя!

Когда тебе настанет время

Очнуться в дикости своей?

Когда ты свергнешь с себя бремя

Своих презренных палачей?…»

Граф Бенкендорф препроводил крамольную рукопись государю.

Александр Полежаев не входил в тайные общества и не был лично связан с декабристами. Однако поэт был вызван к государю вместе с ректором университета и министром просвещения. Полежаева „взяли утром, в чем он был, и отвезли к государю в грязном сюртуке, с двумя пуговицами и в пуху”. Николай I подал ему тетрадь с поэмой „Сашка” и велел читать вслух. Император слушал внимательно, а по окончанию чтения воскликнул: „Я положу предел этому разврату! Это все еще следы, последние остатки; я их искореню!” Получив же от министра просвещения отзыв, что Полежаев „поведения превосходнейшего”, Николай I неожиданно спросил: „Хочешь в военную службу? Даю тебе военной службой средство очиститься”. Потом царь положил руку ему на плечо и поцеловал в лоб.