Особая организационная роль отводилась Л.Д. Троцкому. Именно он стал главным организатором кампании. Все вопросы обсуждались и решались на самом высоком уровне — в Политбюро ЦК РКП(б). 12 марта 1922 г. Троцкий направил в Политбюро записку. Автор вносил в главный партийный орган предложение: допустить представителей «советской» части духовенства в органы Помгола. Стратегия Троцкого была рассчитана на раскол среди духовенства посредством конкретного вопроса — изъятия ценностей из церквей. Троцкий утверждал: поскольку вопрос изъятия является острым, то и раскол на этой почве должен принять очень острый характер, в результате часть духовенства, которая выскажется за изъятие и поможет изъятию, окажется противопоставлена сторонникам патриарха Тихона. Предлагалось установить сотрудничество с лояльной («советской») частью духовенства, причем еще до введения их в органы Помгола. Подобный шаг позволял, по мнению Троцкого, опровергнуть распространенные подозрения и сомнения по поводу того, что изъятые из церквей ценности расходуются не на нужды голодающих {6: 51}.

17 марта 1922 г. Троцкий подготовил для Политбюро новое письмо с предложениями об организации изъятия церковных ценностей. Суть предложений заключалась в следующем. В центре и губерниях создать секретные руководящие комиссии по изъятию ценностей. Председателем Центральной комиссии назначить Калинина. В губерниях в состав комиссий включить военных представителей — комиссаров дивизий, бригад или начальников политотделов. Секретные комиссии по организации изъятия ценностей должны существовать под прикрытием официальных комиссий или отделов при комитетах помощи голодающим для формальной приемки ценностей, переговоров с группами верующих. Агитации придать характер, направленный на помощь голодающим, при этом внешне отвлеченный от борьбы с религией и церковью. Одновременно с этим внести раскол в духовенство, проявляя в этом отношении инициативу, взять под защиту государственной власти священников, которые открыто выступают в пользу изъятия. Видных представителей нелояльного духовенства не трогать до конца кампании, но негласно (через компетентные органы) и официально (под расписку) предупредить их, что в случае каких-либо эксцессов они ответят первыми. Работу по изъятию ценностей провести в кратчайший срок. Изъятие в каждом районе начинать с церкви, во главе которой стоит лояльный священник. Поблизости должна находиться надежная воинская часть, лучше всего отряд ЧОН {1: 134—135}. 20 марта Политбюро утвердило предложения Троцкого в качестве политической директивы.

В соответствии с указаниями Ленина и при непосредственном участии Троцкого была создана центральная комиссия по вопросам изъятия церковных ценностей. Она получила своеобразное наименование — Комиссия по учету и сосредоточению ценностей (в ней заседали Троцкий, Калинин, Сапронов, Уншлихт, Медведь, Белобородое, Красиков, Стеклов и др.). Комиссия имела «строго конспиративный характер». Адрес, состав не афишировался. Протокол заседаний Комиссии печатался в одном экземпляре и имел гриф «Архисекретно. Хранить конспиративно». Комиссия принимала решения, которые служили директивами для Помгола. 20 марта 1922 г. Комиссия по учету и сосредоточению ценностей определила примечательную установку: к церквям в крестьянских, приходах относиться «с осторожностью и тщательно выяснив всю обстановку» {11: 40, 77}.

Предложения Троцкого о конкретных политических мероприятиях члены Политбюро получили 23 марта и утвердили их. Еще через несколько дней, 26 марта, Троцкий внес в Политбюро письмо с предложениями о дополнительных мерах. Установка Троцкого сводилась к следующему: «Попы должны отвечать не на вопрос о том, нужно ли помогать голодающим, а должны прямо и точно призывать к исполнению декрета» {1: 153, 156, 160}.

Наконец, 30 марта 1922 г. появилась очередная записка Троцкого в Политбюро о политике по отношению к церкви. Троцкий констатировал наличие двух направлений среди духовенства: контрреволюционного и «советского». Идеология последнего определялась «вроде сменовеховской». «Сменовеховское духовенство» предлагалось рассматривать как «опаснейшего врага завтрашнего дня». Но в текущий момент привлечь их для устранения контрреволюционной части духовенства, фактически управлявших церковью. В этой борьбе предлагалось тактически «опереться на сменовеховское духовенство, не ангажируясь политически, а тем более принципиально». Форсирование кампании, по Троцкому, не позволит «сменовеховским вождям очухаться» и совершить под «советским» знаменем попытку буржуазной реформации Православной церкви.

Кампания по поводу голода, подчеркивал Троцкий, для этого крайне выгодна, так как акцентировала все вопросы на судьбе церковных ценностей. Ставилась двуединая задача: во-первых, заставить «сменовеховских попов» открыто связать свою судьбу с вопросом об изъятии ценностей, во-вторых, заставить их довести эту кампанию внутри церкви до полного организационного разрыва с церковным руководством, до созыва собственного нового церковного собора и новых выборов иерархии. «Нет более бешеного ругателя, как оппозиционный поп» {1: 162—163} — данная фраза Троцкого достойна сборника крылатых изречений.

В подобном духе Троцкий подготовил предложения для партийных губкомов и губисполкомов. Суть сводилась к следующему: расколоть духовенство, расправиться с «черносотенными попами», неофициально поддерживать «сменовеховских попов», при этом взять их на учет. 30 марта Президиум ВЦИК и ЦК РКП(б) направили губисполкомам и губкомам шифротелеграмму с директивой о подержке «лояльного духовенства». К лояльному относилось духовенство, которое «точно и прямо призывает верующих к исполнению декрета ВЦИК об изъятии ценностей» {1: 164, 165}.

Троцкий подготовил инструкцию для печати с главной установкой: расколоть духовенство. Объявлялась борьба против «князей православной церкви». Предлагалось скомпрометировать их на вопросе помощи голодающим, обличая их «скаредность, жестокосердечие», а затем показать им «суровую руку рабочего государства» {1: 251; 6: 40}. Специально для Политбюро Троцкий подготовил 10 мая проект воззвания группы представителей «большинства рядового духовенства».

Первоначальную редакцию прочли Сталин, Каменев, Томский, Рыков, Молотов, Зиновьев. По поводу воззвания Троцкий телеграфировал в редакции газет «Правда» и «Известия» 14 мая: внушить уверенность лояльному духовенству, что «государство его в обиду не даст», поднять его дух, в результате дать возможность борьбе духовенства развернуться «в самой яркой и решительной форме», при этом «не выпячивать на первый план в ближайшее время позицию большевиков в отношении к религии». 16 мая Сталин предложил всем членам Политбюро утвердить предложенное Троцким «как директивы ЦК газетам». Все члены Политбюро предложение поддержали. Ленин также откликнулся: «Троцкий нажал, мы не оспариваем» {1: 312, 314—315}.

24 мая в очередном письме в Политбюро Троцкий настаивал: «Нет необходимости ангажироваться, даже неофициально. Выгоднее, если разгорится внутрицерковная борьба» {1: 181}. Сопротивление самих верующих не позволило уничтожить церковь, вследствие чего ставка была сделана на организацию раскола внутри Церкви посредством так называемого обновленческого движения, начавшегося в России после Октября 1917 г. Большевики, прежде всего Троцкий, взяли курс на создание «советской церкви», первые попытки были предприняты к концу 1919 г.