По свидетельству Рюмина, Абакумов грубо нарушал постановление ЦК от 17 ноября 1938 года, требующее в обязательном порядке протоколировать все допросы свидетелей и подследственных. Следователи делали лишь черновые заметки по ходу беседы с арестованными, а потом уже составляли обобщающие протоколы, что, естественно, облегчало фальсификацию дел. Поэтому люди Абакумова и не в состоянии, мол, разоблачить многочисленные происки «империалистических» разведок. Еще Рюмин утверждал, что министр госбезопасности присвоил немало трофейного имущества и проявил нескромность в быту. В этих пунктах Михаил Дмитриевич ничуть не отклонился от истины. Как уже говорилось выше, при разводе с первой женой, Т.А. Смирновой, Абакумов щедро оставил ей пятикомнатную квартиру в Телеграфном переулке. С новой женой, Антониной Николаевной, 1920 года рождения, дочерью эстрадного артиста и гипнотизера, известного публике под псевдонимом Орнальдо (Николай Андреевич Смирнов, так что у обеих абакумовских жен были одинаковые фамилии), и своей бывшей секретаршей Виктор Семенович поселился в новой квартире общей площадью свыше 300 квадратных метров в Колпачном переулке. На одно только расселение проживавших там ранее 16 семей, насчитывавших 48 человек, было потрачено более 800 тысяч рублей. На момент ареста (а ее взяли на следующий день после мужа) у Антонины Николаевны был двухмесячный сын.

После смерти Сталина и возвращения в МВД Берии Рюмин сам был арестован. На допросе он рассказал начальнику Следственной части генерал-лейтенанту Влодзимирскому обстоятельства, при которых появился донос на Абакумова: «…К лету 1951 года я очутился в довольно неприятном, шатком положении. Помимо объявленного мне по партийной линии взыскания за допущенную мною халатность (Михаил Дмитриевич забыл в служебном автобусе папку со следственными делами; очевидно, в связи с этим делом Рюмин и попал в поле зрения отдела партийных, профсоюзных и комсомольских органов как подходящая кандидатура на роль главного героя затеваемой интриги против Абакумова. – Б. С.), в конце мая месяца Управление кадров МГБ заинтересовалось неправильными сведениями, которые я давал о своих близких родственниках. От меня потребовали объяснения – почему я скрываю компрометирующие данные о них? 31 мая я написал рапорт, однако и в нем скрыл, что мой отец торговал скотом, что мой брат и сестра осуждены за уголовные преступления, а мой тесть Паркачев в годы Гражданской войны служил интендантским офицером в армии Колчака.

Обдумывая сложившееся положение, я пришел к выводу, что мне удобно… выступить в роли разоблачителя Абакумова (как говорится, «перевести стрелки». – Б. С.). Так я и поступил, обвинив Абакумова не в известных мне фактах фальсификации следствия, а в смазывании дел и, прежде всего, в злонамеренном сокрытии показаний по террору…» О роли Маленкова Михаил Дмитриевич благоразумно умолчал, признав только, что писал донос в кабинете Игнатьева.

Уже 4 июля 1951 года решением Политбюро была создана комиссия по проверке заявления Рюмина. Комиссию возглавил Маленков, а ее членами стали Берия, Шкирятов и Игнатьев.

Деятельность Абакумова оценивалась как совершение преступления против партии и государства. Министерству госбезопасности предписывалось возобновить следствие «по делу о террористической деятельности Этингера и еврейской антисоветской молодежной организации». В МГБ был послан заведующий отделом партийных и комсомольских органов С.Д.Игнатьев в качестве представителя ЦК ВКП(б). На основании выводов комиссии 11 июля было принято Постановление Политбюро ЦК ВКП(б) «О неблагополучном положении в МГБ СССР». 12 июля Абакумов был арестован. Деятельность МГБ проверяла комиссия ЦК в составе Маленкова, Берии, М.Ф. Шкирятова и С.Д. Игнатьева. Рюмина произвели в полковники, назначили начальником Следственной части по особо важным делам, а затем и заместителем министра госбезопасности.

На одном из первых допросов, которые вел первый заместитель Генерального прокурора СССР К. Мокичев, Абакумов заявил: «…У меня были ошибки, недостатки и неудачи в работе. Это все, в чем я виноват… Утверждаю, что никаких преступлений против партии и Советского правительства я не совершал. Я был весь на глазах у ЦК ВКП(б). Там повседневно знали, что делается в ЧК…»

Бывшему министру МГБ инкриминировали, в частности, недостаточное внимание к «террористическим замыслам» Якова Гиляровича Этингера, одного из плеяды «врачей-вредителей», умершего в тюрьме во время следствия. В закрытом письме ЦК «О неблагополучном положении в Министерстве государственной безопасности СССР» на основе выводов комиссии Маленкова, Берии, Шкирятова и Игнатьева подследственный характеризовался как матерый враг советской власти и был поставлен в один ряд с фигурантами процесса «правотроцкистского блока»: «В ноябре 1950 года был арестован еврейский националист… врач Этингер. При допросе старшим следователем МГБ т. Рюминым арестованный Этингер, без какого-либо нажима (избиения резиновыми дубинками серьезным средством давления, разумеется, не считали. – Б. С.), признал, что при лечении т. Щербакова А.С. имел террористические намерения в отношении его и практически принял все меры к тому, чтобы сократить его жизнь. ЦК ВКП(б) считает это признание Этингера заслуживающим серьезного внимания. Среди врачей несомненно существует законспирированная группа лиц, стремящихся при лечении сократить жизнь руководителей партии и правительства (стареющий Сталин все чаще задумывался о смерти и подозревал, что кто-то из докторов может искусственно укоротить его век. – Б. С.). Нельзя забывать преступления таких известных врачей, совершенные в недавнем прошлом, как преступления врача Плетнева и врача Левина, которые по заданию иностранной разведки отравили В.В. Куйбышева и Максима Горького (Вячеслав Менжинский и Максим Пешков в перечне выпали из-за малозначительности этих фигур с точки зрения начала 50-х. – Б. С.)… Однако министр государственной безопасности Абакумов, получив показания Этингера о его террористической деятельности… признал показания Этингера надуманными и прекратил дальнейшее следствие по этому делу… Таким образом, погасив дело Этингера, Абакумов помешал ЦК выявить безусловно существующую законспирированную группу врачей, выполняющих задания иностранных агентов по террористической деятельности против руководителей партии и правительства…»

На следствии Мокичев допытывался: «Почему вы долго не арестовывали Этингера, а после ареста запретили допрашивать его о терроре, сказав Рюмину, что Этингер «заведет в дебри»?»

Абакумов в ответ резал правду-матку: «Руководство 2-го управления (занимавшегося контрразведкой. – Б. С.) доложило мне, что Этингер является враждебно настроенным. Я поручил подготовить записку в ЦК. В записке были изложены данные, которые убедительно доказывали, что Этингер – большая сволочь (о том, что Яков Гилярович, являвшийся также личным врачом Берии, не питает ни малейших симпатий к «отцу народов», свидетельствовали его разговоры с сыном, записанные МГБ на магнитофон с помощью подслушивающих устройств. – Б. С.). Это было в первой половине 1950 года, месяца не помню. Но санкции на арест мы не получили… А после того как сверху спустили санкцию, я попросил доставить Этингера ко мне, так как знал, что он активный еврейский националист, резко антисоветски настроенный человек. «Говорите правду, не кривите душой», – предложил я Этингеру. На поставленные мною вопросы он сразу же ответил, что его арестовали напрасно, что евреев у нас притесняют. Когда я стал нажимать на него, Этингер сказал, что он честный человек, лечил ответственных людей. Назвал фамилию Селивановского, моего заместителя, а затем Щербакова. Тогда я заявил, что ему придется рассказать, как он залечил Щербакова. Тут он стал обстоятельно доказывать, что Щербаков был очень больным, обреченным человеком…» Насчет болезни Щербакова доктор был совершенно прав. Александра Сергеевича преждевременно свел в могилу тяжелый алкоголизм. На 44-м году жизни он умер у себя на даче во время очередного запоя.