В 1930–1940-е годы, когда огромное большинство католиков были настроены профранкистски, молчание Эскрива часто толковалось как признак скрытого либерализма, в I960–1970-е годы, когда мнение католиков изменилось, такое же молчание трактовалось как маскировка профранкистского консерватизма.

Что касается личных отношений между Эскрива и Франко, то, согласно документам, они были знакомы, но не были друзьями. Задокументированы всего лишь три встречи — одна в 1946 году, когда конференцией испанских епископов Эскрива был назначен проповедником Франко и его жены в их молитвенном уединении (каждый год для этой церемонии выбирался испанский священник); второй раз в 1953 году, когда член Opus Dei, антифранкист Рафаэль Кальво Серер был оклеветан в испанской печати, Эскрива потребовал аудиенции у Франко, чтобы защитить Серера; и третий раз в 1962 году во время переговоров в испанском правительстве об официальном признании ученых степеней, присваиваемых курируемым Opus Dei Наваррским университетом в Памплоне. Духовные обряды происходили во дворце Пардо с 7 по 12 апреля 1946 года и были подготовлены монсеньором Леопольдо Эйхо и Гарай, епископом Мадрида.

Кроме того, после переезда в Рим в 1946 году Эскрива письменно уведомлял Франко о каждом своем приезде в Испанию просто для того, чтобы сообщить, что находится на испанской земле. Эти послания, приведенные в биографии Эскрива, написанной Васкесом де Прада, очень учтивы, но вполне официальны.

Предположение о профранкистских взглядах Эскрива и Opus Dei обычно базируется на том факте, что в 1957 году трое членов Opus Dei стали министрами в правительстве Франко. Альберто Улластрес Кальво, профессор экономической истории университета Мадрида, стал министром торговли; Лауреано Лопес Родо, ученый, стал ученым секретарем государственного департамента (позже он сделался министром без портфеля и членом комиссии по плану экономического развития); Мариано Наварро Рубио, директор-распорядитель Banco Popular, возглавил министерство финансов. В 1962 году еще один член Opus Dei Грегорио Лопес Браво Кастро стал министром промышленности. В своей книге Spain: Dictatorship to Democracy Раймонд Карр и Хуан Пабло Фуси охарактеризовали этих министров из Opus Dei как «сторонников быстрого капиталистического роста и «нейтрализации» политики через процветание».

Opus Dei был не единственной католической организацией Испании, члены которой служили режиму Франко.

Президент Catholic Action в Испании Альберто Мартин Артахо был назначен министром иностранных дел в июле 1945 года и перед принятием этой должности получил благословение епископата Испании. Вообще из 116 министров, назначенных Франко в его одиннадцать правительств между 1939 и 1975 годами, только восемь были членами Opus Dei. Один из восьмерых умер через три месяца после назначения, а еще четверо сохранили свои должности только в одном составе правительства. Министры Opus Dei считались частью «технократического» крыла режима Франко, и некоторые историки приписывают им проведение экономических реформ, определивших место Испании в современном мире.

При этом очень многие члены Opus Dei принимали активное участие в антифранкистском движении.

Рафаэль Кальво Серер, нумерарий Opus Dei, был либералом-монархистом и влиятельным литератором. В 1953 году он был изгнан из Верховного совета по научным исследованиям за опубликованное им в Париже эссе, в котором критиковалось правительство Франко. С 1966 года он стал издателем газеты Madrid, которую впоследствии закрыла правительственная цензура. После серии судебных процессов он эмигрировал в Париж Вернувшись в Испанию, он вместе с секретарем испанской коммунистической партии основал Junta Democratica, целью которой стала подготовка способа перехода к демократии после свержения режима Франко. Антонио Фонтан, другой член Opus Dei, сотрудничал с Кальво Серером в Madrid. Потом помещение редакции газеты было взорвано сторонниками Франко. Мануэль Фернандес Ареал, нумерарий Opus Dei, при Франко был заключен в тюрьму за критические статьи, опубликованные в Diario Regional de Valladolid.

Отец Пер Паскуаль, священник Opus Dei, в 1960-е годы был мирянином-нумерарием и организовал тайный союз журналистов, пытавшихся подтолкнуть режим Франко в сторону реформ. Паскуаль был участником одного из первых серьезных протестов против режима Франко, вошедшего в историю как caputxinada. Это произошло в монастыре капуцинов в Сарриа, близ Барселоны, 9–11 марта 1966 года. Все началось с тайного собрания нового студенческого союза, созданного в противовес официальной студенческой ассоциации, связанной с фалангистами. Союз объединял людей с различными политическими взглядами, включая левоцентристов и членов нелегальной компартии. В какой-то момент на собрание прибыла полиция и потребовала, чтобы все предъявили документы и покинули монастырь. Около двухсот человек решили остаться и продолжать участвовать в дебатах и «круглых столах». Более сорока восьми часов они были гостями капуцинов. Когда наконец собрание разошлось, Паскуаль, один из его организаторов, был привлечен к суду, который наложил запрет на его издательскую деятельность. Кроме Паскуаля в caputxinada приняли участие еще два мирянина — члена Opus Dei: Роберт Эспи и Франческо Броза. Caputxinada стала большим и символическим событием для всей Испании, в частности потому что была реализована идея о ненасильственной форме протеста.

В качестве примечания ко всему сказанному выше — единственным кардиналом, архиепископом Испании, заключенным в тюрьму при режиме Франко, был Эрранс, в то время молодой нумерарий Opus Dei и студент университета. Он принимал участие в акте гражданского неповиновения, который заключался в написании слов «Мы за аграрную революцию в Андалусии» на стене в Мадриде. (Отец Эрранса работал в Андалусии врачом, и он был убежден в необходимости проведения земельной реформы.) Полиция арестовала молодежь, посчитав их коммунистами. Они провели ночь в тюрьме, но были освобождены после того, как в кармане Эрранса полицейские нашли четки. Согласно полицейской логике, это было доказательством, что он не коммунист. Об этом эпизоде своей жизни Эрранс сказал: «Мне это [протест] понравилось, особенно потому, что общество было немного слишком скучным и слишком сильно правым».

Эскрива был вполне осведомлен о происшедшем, но, согласно своим принципам, он никогда не вмешивался ни в действия членов Opus Dei, работавших в правительстве Франко, ни в деятельность тех, кто против этого правительства протестовал. Эскрива настойчиво утверждал, что члены Opus Dei свободны поступать в секулярной политике как им угодно, если при этом они руководствуются учением католической церкви.

Личное отношение Эскрива к Франко, может быть, лучше всего видно из письма, написанного им папе Павлу VI в 1964 году и опубликованного в итальянском журнале Famiglia Cristiana в 1992 году. Эскрива пишет, что он предупреждал испанских епископов, что «если революция [имеется в виду насильственное антифранкистское восстание] разразится, ее остановить будет очень трудно, и поэтому, цитируя Священное Писание, — «не думайте, что будет только один козел отпущения [имеется в виду Opus Dei], все вы будете козлами отпущения». Можно привести огромную подборку чрезмерных публичных панегириков, которые епископы адресуют режиму, но меня никто не заставит их произнести, хотя я признаю, что Франко — истинный католик».