Агитация против Расстриги произвела впечатление на столичное население, но брожение в народе не прекращалось. В день перенесения в Москву мощей Дмитрия, как только царь Василий оказался посреди бесчисленной толпы, он, по словам Якова Маржарета, вторично подвергся опасности и едва не был побит каменьями. Царя спасло присутствие множества дворян.

Обретение нового святого внесло успокоение в умы, но ненадолго. Недруги Василия позаботились о том, чтобы испортить ему игру. Они притащили в собор больного, находившегося при последнем издыхании, и тот умер прямо у гроба Дмитрия. Толпа в ужасе отхлынула от дверей собора, едва умершего вынесли на площадь.

Многие стали догадываться об обмане, и тогда власти закрыли доступ к гробу царевича. Колокола смолкли.

Недовольство в народе и в служилой среде, распри в думе делали положение новой династии крайне непрочным. По словам современников, на стороне царя Василия выступали дворяне из Москвы, Новгорода и Смоленска. Смоленские дворяне, как и новгородцы, выразили преданность новому государю. Но в армии царил разброд, как и повсюду.

Наибольшей популярностью Лжедмитрий I пользовался среди мелких помещиков Юга России. В их среде переворот вызвал негодование. В одном из списков «Сказания о Гришке Отрепьеве» рассказ о присяге Шуйскому завершается словами: «…а черниговцы, и путимцы, и кромичи, и комарици, и вси рязанские городы за царя Василья креста не целовали и с Москвы всем войском пошли на Рязань: у нас-де царевич Дмитрий Иванович жив». Воинские люди и жители Путивля, Чернигова, Кром, Комарицкой волости составляли ядро повстанческой армии, с которой самозванец летом 1605 г. вступил в Москву.

Сведения о военном мятеже находят подтверждение в Записках Я. Маржарета. После избрания Шуйского, записал Маржарет, взбунтовались пять или шесть главных городов на татарских границах, «перебили и уничтожили часть своих войск и гарнизонов».

Смута явилась первой в русской истории гражданской войной. На начальном ее этапе власть досталась Лжедмитрию I. Едва на трон взошел Василий Шуйский, по всей стране распространилась весть о том, что царь Дмитрий вторично спасся от бояр и ждет помощи от своего народа. Мятеж на южной окраине положил начало следующему периоду гражданской войны. В стране появились новые самозванцы. Но ни одному из них не довелось сыграть такую же роль в истории Смуты, какую сыграл Юрий Богданович Отрепьев.

Тело самозванца было так обезображено, что узнать его было трудно. По словам очевидца Конрада Буссова, «поляки в первый же день мятежа распространили слух, что убитый не царь Дмитрий».

Агитация поляков имела мало шансов на успех. Население не простило явившимся на царскую свадьбу полякам их высокомерие и бесчинства. Во время волнений в Москве, записал секретарь Мнишека в своем Дневнике, народ требовал выдать на расправу поляков, толковавших о спасении «Дмитрия».

Постепенно властям удалось справиться с кризисом. Как отметил Маржарет, до его отъезда из столицы в июле мятежники из Рязани, Путивля, Чернигова «прислали в Москву просить о прощении, которое получили, извинив себя тем, что их известили, будто император Дмитрий жив».

Царь Василий употребил все силы, чтобы положить конец мятежу в Путивле. Он прислал в город гонца — сына боярского Григория Шипова. Ему поручено было убедить жителей, что новый царь будет жаловать их своим царским жалованьем «свыше прежнего». Путивлю было предложено прислать в столицу «лучших людей человек трех или четырех» для изложения своих нужд. Власти просили жителей Путивля, чтобы они «сумнения себе не держали никоторого» и жили «в покое и тишине». Убитый самозванец, уверяли они, перед смертью сам объявил «всем людем вслух, что он прямой вор Гришка Отрепьев».

Путивль был замирен. Примеру путивлян последовали другие мятежные города. Противники Шуйского должны были осознать, что успех их затеи зависит от того, смогут ли они представить обществу «Дмитрия», иначе говоря, нового самозванца.

После переворота из столицы бежали Михаил Молчанов и Богдан Сутупов. Власти установили, что в те дни из царских конюшен исчезло несколько лошадей. Прошел слух, что вместе с Молчановым столицу покинул спасшийся «Дмитрий». Яков Маржарет дознался, что лошадей из царской конюшни потребовали «от имени императора Дмитрия». Служитель Конюшенного приказа, выдавший лошадей, был подвергнут пытке. Видимо, служитель подчинился приказу от имени «спасшегося» царя, за что его как изменника замучили до смерти.

Ян Бучинский сообщил Якову Маржарету, что «один молодой русский вельможа, весьма любимый и жалуемый Дмитрием, который весьма на него походил… совершенно исчез». Речь шла о Молчанове. И Маржарет, и Бучинский хорошо знали этого человека. Если Молчанов был хотя бы отдаленно похож на государя, то заговорщикам не надо было тратить время на поиски нового претендента. Кандидат в цари был у них под рукой.

Камердинер Лжедмитрия I Хвалибог сообщил в 1607 г., что побег Молчанова и исчезновение лошадей из царской конюшни породили слух о чудесном спасении «Дмитрия». Толки о том, что «царь» сбежал вместе с Молчановым, записали также голландский купец Исаак Масса и поляк Станислав Немоевский.

Некоторые из современников говорили, будто вместо царя был убит его двойник. Называли имя поляка Борковского. Бывшие члены польской Ближней канцелярии и Юрий Мнишек старательно поддерживали слухи о чудесном спасении «царя Дмитрия». Бучинский уверял всех, что у убитого не было знака на левой груди, который он видел собственными глазами, когда мылся с государем в бане.

Центром интриги вновь стал Самбор, где после переворота появился человек, выдававший себя за «Дмитрия». Новый самозванец пользовался покровительством хозяйки Самбора — жены Юрия Мнишека. Кажется невероятным, что пани Мнишек могла действовать на свой страх и риск, предоставляя убежище и помощь человеку, слегка похожему на ее зятя. По-видимому, интрига была санкционирована Юрием Мнишеком и царицей Мариной.

Мнишек и окружавшие его люди были пленниками в России. Но, даже находясь в ссылке в Ярославле, поляки имели при себе оружие, челядь, могли свободно передвигаться по городу. Мнишек поддерживал тайную переписку с Самбором.

Следуя указаниям Мнишека, его жена стала спешно вербовать сторонников «царя». Во Львове и других местах польские офицеры получили от нее письма с категорическими заверениями, что «Дмитрий» жив и находится в Самборе.

Достоверно известно, что Михаил Молчанов после бегства из Москвы нашел прибежище в Самборе.

Молчанов происходил из рядовой дворянской семьи, выдвинувшейся в опричнине. В самом начале Смуты Михалка по приказу царя Бориса был бит кнутом на пытке, видимо, за тайные сношения с «вором». Он успел оказать важные услуги самозванцу и завоевал его полное доверие.

Русские послы князь Григорий Волконский с товарищами, выехавшие из Москвы 16 июня 1606 г., произвели розыск о самозванце, объявившемся в замке Мнишеков в Польше. На вопрос, каков новый «Дмитрий» «рожеем и волосом», польские приставы отвечали послам: «…он рожеем смугол, а волосом черен, ус не велик, и бороды выседает и он стрижет; а по-польски говорить горазд и по латыне знает».