Сохранив ядро своей армии, Болотников продолжил войну с царем Василием. Он укрепил обветшавшие укрепления Калуги и приготовился отразить натиск царских ратей. Вскоре к стенам крепости подступил боярин Иван Шуйский, а затем Федор Мстиславский и Михаил Скопин-Шуйский. Воеводы решили сжечь Калугу. К деревянным стенам города свезли гору дров, заготовленных в окрестных лесах. Однако мятежники сделали подкоп и взорвали «намет», после чего произвели успешную вылазку.

«Царевич Петр» покинул Путивль и двинулся с войском в Тулу, чтобы вместе с Болотниковым предпринять новое наступление на Москву. В феврале 1607 г. он послал князя Василия Мосальского на выручку гарнизону Калуги. Но «воры» были наголову разгромлены.

В мае на помощь Болотникову выступил князь Андрей Телятевский. Он нанес поражение отряду Бориса Татева, пытавшемуся задержать его продвижение.

В осадном лагере под Калугой вспыхнула паника. Болотников довершил дело, предприняв вылазку из крепости. Армия Шуйского бежала из-под Калуги, бросив почти всю артиллерию.

В Москве вновь появились лазутчики с «прелестными» письмами от имени «Дмитрия». В январе 1607 г. последовала публичная казнь священника, схваченного с подметными грамотами. У дворян-перебежчиков власти отписывали земли.

Суровые меры применялись в отношении нетчиков, уклонявшихся от царской службы. Местные власти получили распоряжение отправлять в тюрьму их холопов и крестьян.

Отбив нападение главных сил русской армии, Болотников перешел в Тулу на соединение с «Петром». Он оставил в Калуге сильный отряд, который должен был поддержать наступление на столицу с калужского направления.

Царь Василий пытался упредить мятежников и не допустить «воров» к стенам столицы. Сбор дворянского ополчения и прочих ратных людей был проведен по всему государству. Царская рать включала большой полк воеводы Михаила Скопина, передовой полк князя Ивана Голицына и сторожевой полк боярина Василия Морозова.

По настоянию Боярской думы царь Василий сам возглавил поход против мятежников. Его сопровождал государев полк, составленный из отборных частей. Командовали полком «дворовые воеводы» князь Иван Шуйский и Иван Крюк Колычев.

21 мая 1607 г. Василий Шуйский выступил из Москвы на Оку, где задержался на две недели. Воспользовавшись этим, повстанцы атаковали отряд Андрея Голицына. Сражение произошло на реке Восме неподалеку от Каширы 5 июня 1607 г. На рассвете казаки переправились через реку и засели в глубоком овраге. Рязанские дворяне попытались выбить их оттуда, но отступили под градом пуль.

Наступление казаков едва не решило исход дела. В битве «начаши воры московских людей осиливати». В решающий момент Прокофий Ляпунов снялся с позиций и, оставив казаков в тылу, ринулся на помощь дворянским сотням, бившимся на другом берегу речки. Мятежники не выдержали обрушившегося на них удара тяжеловооруженной конницы и обратились в бегство. Тогда царские полки перешли реку повсеместно и начали преследовать неприятеля.

В битве на Восме погиб цвет повстанческой армии — отряды донских, волжских и терских казаков, казачьи сотни из Путивля и Рыльска.

12 июня 1607 г. Скопин подступил к Туле. С давних пор Тула была ключевым пунктом обороны южных границ России от кочевников. Помимо мощного каменного кремля, город имел внешний пояс укреплений в виде дубового острога, стены которого упирались в реку Улу. Как крепость Тула имела много преимуществ по сравнению с Калугой, но в одном отношении ее положение было уязвимым. Город располагался в низменности и при определенных условиях мог быть затоплен. Царские воеводы решили использовать это обстоятельство, чтобы уберечь полки от больших потерь, неизбежных при штурме.

Мысль о затоплении Тулы царю Василию подсказал муромский помещик Иван Кровков. Работами по сооружению плотины руководили дьяки Разрядного приказа.

Работы велись одновременно на обоих берегах Улы. На правом, болотистом, пологом, берегу реки надо было соорудить дамбу («заплот») длиной в полверсты, чтобы вода не ушла мимо города по заболоченной стороне. Лишь после строительства дамбы Разрядный приказ распорядился перекрыть реку и ждать осеннего паводка.

В лагере под Тулой было собрано огромное количество работников, главным образом крестьян, которых называли «посошные люди». Это обстоятельство и явилось причиной того, что современники имели невероятно преувеличенные представления о численности рати Василия Шуйского. Мятежники обороняли город с редкой энергией и решительностью: «С Тулы вылазки были на все стороны на всякой день по трижды и по четырежды, а все выходили пешие люди с вогненным боем и многих московских людей ранили и побивали».

Сначала Путивль, а затем Тула стала главным очагом повстанческого движения в стране. Характерной чертой нового периода Смуты был взрыв насилия, превосходивший все, что происходило ранее. После появления в Путивле «царевича Петрушки» этот город стал для дворян подлинной Голгофой. Кровавые казни на путивльских площадях зловеще напомнили современникам об опричных казнях на Поганой Луже в Москве при Грозном. Тогда опричники резали дворян и приказных людей по суставам, обливали кипятком (варом), рубили головы, сажали на кол. Совершенно так же казнил бояр и дворян в Путивле мнимый внук царя Ивана.

Князей и дворян, повествует летописец, «Петрушка» «повеле посекати, по суставом резати. а иным руки и ноги нахрест сечь, а иных варом обливати и з города метати». Сходным образом описаны расправы казаков в Разрядных книгах. «В Путимль, — значится в Разрядах, — привели казаки инова вора Петрушку… и тот вор Петрушка боярина князь Василья Кардануковича, и воевод, и дворян, и воевод, которых приводили (из городов. — Р.С.)… всех побили до смерти разными казнями, иных метали з башен, и сажал по колью и по суставам резал». Современники утверждали, будто «Петрушка» велел избивать «пред собой на подромех» бояр и воевод «числом надень по семидесять человек». Приведенная цифра недостоверна. Судя по именам, упомянутым в источниках, в Путивле погибло несколько десятков знатных дворян. В числе их были: боярин князь Василий Черкасский, царский посланник ясельничий Андрей Воейков, знатные воеводы князья Андрей Ростовский и Юрий Приимков-Ростовский, Гаврила Коркодинов, двое Бутурлиных, Никита Измайлов, Алексей Плещеев, Михаил Пушкин, Иван Ловчиков, Петр Юшков, Федор Бартенев, Языков и другие.

Из Путивля «Петрушка» перешел в Тулу, где соединился с войском Болотникова. Реальная власть в гарнизоне принадлежала казакам и их предводителям. По этой причине в Туле меры против знати и дворян проводились с такой же решительностью и беспощадностью, как в Путивле.

Князь Мещерский писал в своей грамоте на имя царя, что отца его князя Федора «убил на Туле вор Петрушка за православную веру». Богдан Милославский утверждал, что отца его «убил вор Петрушка на Туле». Видный тульский помещик Ермолай Истома Михнев сразу после переворота 17 мая 1606 г. «посылай был с Москвы на Волгу уличать вора Петрушку». Прошло более года, и казацкий «царевич» столкнулся со своим обличителем в Туле. Встреча имела трагический для дворянина исход. «Как пришол он, вор Петрушка, на Тулу и его, Ермолая (Михнева. — Р.С.) за тое уличенье по его (самозванца. — Р.С.) веленью воровские казаки замучили до смерти и тело его сожгли». Поместье Михнева, находившееся в пяти верстах от Тулы, было разграблено, жалованные грамоты и прочие документы дворянского рода Михневых уничтожены.