Самой царице Евдокии обратиться за поддержкой было уже не к кому, так как в январе 1696 года умер царь Иван, единственный, кто мог о чем-то попросить брата. Патриарх Адриан изначально влияния на царя не имел, так как при его выборах царь Петр думал о другом кандидате. Война всегда списывает многое. Царь просто перепоручил свою семью — царицу Евдокию и сына царевича Алексея — заботам первого «министра» и главы Разрядного приказа Тихона Никитича Стрешнева. Боярин Стрешнев изредка отчитывался о своих подопечных, пока Петр находился в походах. Ему, по характеристике князя Бориса Куракина, царь Петр полностью доверял: «…во все дела внутренния его величество положился и дал управлять на Тихона Стрешнева, хотя котораго внутренне и не любил, ниже эстимовал (ценил. — В. К.)». Внутреннее недоверие царя к своему первому «министру» автор «Гистории…» объяснил в примечании на полях. Причина была связана с нараставшей со временем раздражительностью царя Петра по отношению к царице Евдокии: «NB. Для того не любил, что ему, Стрешневу, причитал свою женитьбу в роде Лопухиных». Поэтому Стрешневу, «связавшему» царя с Лопухиными, и была поручена трудноисполнимая и не имевшая в доме Романовых прецедента задача «освобождения» монарха от семейных уз.

После триумфального возвращения и торжеств по поводу взятия Азова 30 сентября 1696 года царь Петр уже полностью находился во власти новых дел и идей, прекратив даже формально следовать ритуалам дворцовой жизни. Он был захвачен учреждением «кумпанств» по строительству кораблей в Воронеже, готовил отсылку молодых дворян для обучения за границу, думал об отправке Великого посольства в Европу. Резкий поворот в делах устроил не всех, царь снова столкнулся с подзабытой стрелецкой оппозицией. В феврале 1697 года открылся заговор думного дворянина Ивана Цыклера, говорившего в своем родственном кругу с Соковниными и Пушкиными о возможном убийстве царя Петра и возвращении к правлению царевны Софьи. Последовавшая жестокая казнь членов Думы — думного дворянина и полковника Стремянного стрелецкого полка Ивана Алексеевича Цыклера, окольничего Алексея Прокофьевича Соковнина, а также стольника Федора Матвеевича Пушкина — всколыхнула прежнюю вражду Нарышкиных и Милославских. Петр изощренно мстил. Он приказал выкопать из могилы тело Ивана Михайловича Милославского, надругавшись еще и над погребенным врагом. Все вместе это предвещало тяжелые времена и новый конфликт со стрельцами и царевной Софьей.

Лопухины как люди, связанные самыми прочными нитями службы со стрельцами, не могли остаться в стороне от этого политического дела. Правда, не стоит думать, что они напрямую в нем участвовали или как-то разделяли взгляды Ивана Цыклера и его сообщников. Скорее наоборот, заговорщики сами приглядывались к царице Евдокии и ее сыну, так как с семилетним царевичем Алексеем уже связывали определенные ожидания. И для всех было очевидно, что как Нарышкины стояли за царем Петром, так и при возможном вступлении на престол его сына царевича Алексея наступило бы время Лопухиных. Даже тайное обсуждение таких перспектив могло быть поводом для преследования. Сразу за тем, как было закрыто «дело Цыклера» и Петр I отправился за границу, глава Разрядного приказа Тихон Никитич Стрешнев 23 марта 1697 года распорядился отослать на воеводство в далекую Тотьму царицыного отца боярина Федора Авраамовича Лопухина. Удалены были из Москвы и его родные братья. Одного, боярина Василия Авраамовича Лопухина, отправили в Чаронду (вместе с племянником Алексеем Андреевичем Лопухиным), а другого, комнатного стольника Сергея Авраамовича, назначили на воеводство в Вязьму. В разрядных книгах осталась запись о том, что отправляться Лопухиным на новую службу следовало немедленно: «…в те городы ехать им вскоре». Эта опала членов рода царицы Евдокии произошла даже раньше того, как оставшуюся без совета близких родственников царицу стали со всех сторон уговаривать уйти в монастырь. Конечно, решение освободиться от брачных уз принадлежало царю Петру. Царица Евдокия, напротив, не только не желала монашеского пострига, но и сопротивлялась такому повороту судьбы. Для нее самой не было никаких причин, по которым она должна была оставить воспитание сына и уйти из мира.

Что же случилось с молодым царем Петром и царицей Евдокией? Ранняя женитьба царя произошла не по его выбору, а по расчетам семьи Нарышкиных, в которых совсем не были учтены его желания. Великий русский историк XIX века Сергей Михайлович Соловьев в «Публичных чтениях о Петре Великом» говорил о семейной драме царя: «Переворот, движение, при котором родился и воспитался Петр, который не был начат, создан Петром, но к которому совершенно пришлась его огненная, не знающая покоя природа, переворот повредил его семейным отношениям в первом браке. Жена пришлась не по мужу». Историк связывал это с «невыгодой старого обычая», при котором чаще всего жених и невеста не были даже знакомы друг с другом до свадьбы (не зря Петр потом изменил этот обычай). Следствием оказывалось «заключение жен в монастыри; то же случилось и с царицей Евдокией». Царский брак быстро достиг своей главной цели — укрепления династических позиций царицы Натальи Кирилловны и ее сына, этим же он, похоже, и исчерпал себя.

Петр, возрастая, следовал своим привычкам и стремлениям, которые соотносились с новыми горизонтами всего Московского царства, а его жена погрузилась в свой мир царицыных хором. Ходили слухи о появлении на свет еще и третьего сына царя Петра и царицы Евдокии в 1693 году, даже называли его имя — Павел. Однако публично об этом не объявлялось, и если такое событие произошло в царской семье, то следует признать, что младенец умер при родах или вскоре после этого. В итоге у царя Петра I оказался только один наследник — царевич Алексей Петрович. Это смущало подданных, судачивших о царском «чадородии», которому мешали частые отлучки царя Петра из Москвы. В Преображенском приказе жестоко разбирались дела о «слове и деле государеве» охотников распускать сплетни о семье царя Петра и царицы Евдокии, дерзавших, например, говорить: «Великий государь не изволит жить в своих государских чертогах на Москве, и, мнитца де им, что от того на Москве небытия у него великого государя, в законном супружестве чадородия престало быть, и о том в народе велми тужат».

Первые несколько лет в царском дворце были для царицы Евдокии непростыми. В них случились и материнское счастье, и ревность к царю Петру и его увлечениям. Постоянные пиры царя с преображенцами, хотя и были досадны, особенно не угрожали лично царице. Петр приближал к себе умелых воинов Патрика Гордона и Франца Лефорта, строил корабли и осваивал морское дело в Переславле-Залесском, Архангельске и Воронеже, успешно воевал под Азовом. Для царицы Евдокии, правда, все выглядело по-другому: муж-«лапушка» забыл ее и сына, не проводил с ней время так, как ей бы хотелось, не посещал богомолий, променяв их на кутежи и пребывание в Иноземной слободе. С «немцами» в итоге оказалась связана фигура разлучницы Анны Монс.

Сохранился рассказ об обстоятельствах, которые предшествовали окончательному разрыву царя Петра I с царицей Евдокией. Он приведен в докладе датского посланника Георга Грунда, находившегося при дворе Петра I в 1705–1710 годах: «Брак их разладился по следующей причине. Царь, став единоличным правителем, много времени проводил в Немецкой слободе, бывая в домах немецких купцов, а супруга бесстрашно говорила ему, что он там распутничает с язычниками, причем подобное повторялось столь часто и бурно, что когда однажды царь возвратился оттуда поздно вечером и, желая порадовать царицу, принес ей в подарок много галантереи, приобретенной у купцов, и выложил на стол, она, очень рассердившись, в присутствии царя сбросила все на пол со словами, что не хочет таких подарков и завидовать этой немецкой распутнице, а лучше растопчет подарки ногами, как и сделала. Царь, в сильном гневе покинув комнату, дал клятву никогда более к супруге не приближаться, которую до сего дня и держит».