Вслед за Бельским опала обрушилась на боярина князя Ивана Ивановича Шуйского, которого в 1599/1600 г. обвинили в намерении использовать в колдовских целях некое «коренье». Донос на боярина подали его собственные холопы. Через четверть века среди документов Посольского приказа еще продолжало храниться «Дело доводное, что извещали при царе Борисе князь Ивановы люди Ивановича Шуйского Янка Иванов сын Марков да брат ево Полуехтко на князь Ивана Ивановича Шуйского в коренье и в ведовском деле». Отметим, что князь Иван Шуйский, можно сказать, отделался легким испугом: он был лишен боярства и на некоторое время отправлен в ссылку, но вскоре был возвращен в столицу. Он пережил Бориса Годунова на 33 года; с его смертью в 1638 г. княжеский род Шуйских пресекся. Почему Годунов обошелся с Иваном Шуйским столь мягко, остается лишь гадать. Возможно, потому, что Шуйские состояли с царем в свойстве. Может быть, Шуйскому удалось убедить следствие в том, что найденное у него «коренье» не было предназначено для порчи царя или членов царской семьи. Следующая боярская семья, арестованная по аналогичному обвинению, пострадала в гораздо большей степени.

Осенью 1600 г. состояние здоровья Бориса Годунова ухудшилось настолько, что по столице поползли слухи о его смерти. Находившиеся в это время в Москве литовские послы сообщали в своем отчете, что для пресечения этих толков царя даже пришлось на носилках принести в церковь. Именно в эти осенние дни царь Борис принял решение расправиться со своими старыми соперниками в борьбе за власть – боярами Романовыми. Они приходились близкой родней угасшей династии Рюриковичей: представительница этой семьи Анастасия Романовна Захарьина-Юрьева была первой женой Ивана Грозного и матерью царя Фёдора Ивановича. Никита Романович, брат царицы, вместе с Борисом Годуновым входил в состав регентского совета при царе Фёдоре. Умирая, боярин Никита Романович поручил своих молодых сыновей, которые первыми стали носить фамилию Романовы, заботам и покровительству Годунова. Некоторое время Борис Фёдорович действительно Романовым покровительствовал, его отношения с ними современники называли даже «завещательным союзом дружбы». Но смерть царя Фёдора все изменила: Романовы, как родня умершего монарха, могли претендовать на царский венец, а в народе полагали, что у них прав на царское наследство больше, чем у кого-либо из бояр. Ходили слухи, что перед смертью царь Фёдор пытался даже вручить корону одному из двоюродных братьев, Фёдору Никитичу или Александру Никитичу Романову.

Карета Бориса Годунова, подарок английской королевы Елизаветы

Популярность Романовых в народе оставалась высокой, и царь Борис принял решение нанести им удар, не дожидаясь возможных враждебных действий с их стороны. Использован был сценарий, уже успешно отработанный на князьях Иване Шуйском и Фёдоре Шестунове. Казначей Александра Никитича Романова, Второй Бартенев, согласился сыграть в этом деле главную роль. В сундуки боярина были подброшены мешки с разными корешками, которые затем при обыске были торжественно извлечены при свидетелях и объявлены «ведовским кореньем», с помощью которого Романовы намеревались извести царя Бориса и всю его семью. Старшего из Романовых, Фёдора Никитича, насильно постригли в монахи под именем Филарета и сослали под надзор в Антониево-Сийский монастырь близ Архангельска. Монашеский клобук исключал для старшего Никитича возможность вернуться когда-либо ко двору да и вообще к светской жизни. Александр Никитич также был послан в ссылку в Усолье, где его по тайному приказу Бориса Годунова задушили. Его участь разделили Михаил Никитич и Василий Никитич Романовы (один в Перми, другой – в Пелыме). Из опальных сыновей Никиты Романовича выжил только Иван Никитич, возвращенный из ссылки в 1602 г.

Вместе с Романовыми оказались в опале и их родственники: Черкасские, Репнины, Шестуновы, Сицкие. Князя Ивана Васильевича Сицкого для этого специально отозвали с воеводства в Астрахани. Когда-то он местничал с Борисом Годуновым на заре его карьеры. Как выяснилось, Борис Фёдорович не забывал никому и ничего: князь Иван Васильевич был пострижен в монахи, а затем удавлен по приказу царя. Преследованиям была подвергнута и многочисленная челядь Романовых. Около того же времени, вероятно, царь Борис вспомнил и своего невольного соперника, Симеона Бекбулатовича. Бывшему «царю» в подарок от Годунова было прислано вино, выпив которое Симеон неожиданно ослеп.

К моменту опалы Романовых Богдан Бельский был уже прощен Борисом Годуновым и даже назначен главой Аптекарского приказа. В ведении его находились придворные доктора и аптекари. Учитывая, как трепетно относился Борис Годунов к своему здоровью, мы можем констатировать: Бельскому удалось вернуть царское доверие. Богдан Бельский, по отзывам современников, был одним из самых умных людей в окружении царя Бориса. Ссыльный Фёдор Никитич Романов в беседе заявил сопровождавшему его приставу, что в окружении Бориса Годунова совсем не осталось достойных бояр. Единственным исключением он назвал Богдана Бельского: «Не станет-де их дело никоторое, нет-де у них разумново, один-де у них разумен Богдан Бельской, к посольским и ко всем делам добре досуж». Но Борис Годунов, напомним, учился политике у Ивана Грозного, на которого, в свою очередь, огромное влияние оказали слова ссыльного епископа Вассиана Топоркова: «Если хочешь самодержцем быть, не держи у себя советника ни единого, кто бы был мудрее тебя». Поэтому у Богдана Бельского было немного шансов остаться в милости у Бориса Годунова. В 1601 г. на Богдана Бельского одним из докторов, Габриэлем (Гаврилой), был подан донос, из которого следовало, что глава Аптекарского приказа искал способа отравить своего государя: «И Гаврило… сказывал, что Богдан Бельской знает всякие зелья, добрые и лихие, да и лечебники все знает же, да и то знает, что кому добро зделать и чем ково испортить, и для того Богдану у государя блиско быти нелзе. Да тот же Гаврило сказывал… что составлено было зелье до того дни за день, как подносити государю, царю и великому князю Борису Фёдоровичю всеа Русии, и Богдан того зелья государю не подносил, а подносил то зелье, что составлено канун того дни, которого государю поднес… Богдан Бельской обтекарское дело знает гораздо и ведает, чем человека испортить и чем его опять излечить, да и над собою Богдан то делывал, пил зелье дурное, а после того пил другое». По этому доносу Бельский вновь был схвачен; доносчик прилюдно по царскому приказу вырвал ему бороду, после чего Богдан Яковлевич вновь отправился в ссылку. Около того же времени в опале оказался еще один старый соратник Бориса Годунова, думный дьяк Посольского приказа Василий Яковлевич Щелкалов, которому царь так и не простил озвученного в 1598 г. предложения целовать крест Боярской думе.

Расправы над неугодными царю лицами совпали с начавшимся в стране из-за неблагоприятных погодных условий голодом. Ученые-вулканологи предполагают, что виной тому стало страшное, самое сильное (6 баллов по 8-балльной шкале вулканических извержений) за всю историю Южной Америки извержение перуанского вулкана Уайнапутина 19 февраля 1600 г. Подобного масштаба извержения способны вызвать «эффект вулканической зимы» планетарного масштаба: выброс в атмосферу огромного количества вулканического пепла затрудняет проникновение на земную поверхность солнечных лучей и, соответственно, вызывает заметное похолодание климата. Эта глобальная катастрофа особенно сильно ударила по России, и без того находившейся «в зоне рискованного земледелия».