II район охватывал участок от острова Осмуссар до башни Вигрунд. Общая ответственность за организацию траления и конвойной службы во II районе возлагалась на командира ОВР Главной базы, в свою очередь назначавшего ответственных командиров каждого из трех участков: а) Осмуссар — Таллин, б) Таллин — Юминданина, в) Юминданина — Вигрунд. Выделенные в распоряжение командира ОВР Главной базы 13 базовых и И тихоходных тральщиков, 6 «рыбинцев» и 16 катеров МО распределили по участкам, смена конвойных кораблей производилась на границах смежных участков. Тральщики 7-го дивизиона, выделенные для обслуживания морских сообщений на линии Ханко — Таллин, за невозможностью базирования их в Ханко базировались в Таллине.

III район включал район Кронштадтской ВМБ с его разветвленной сетью фарватеров, проложенных от Кронштадта к Выборгу, к Гогланду, в Лужскую губу и через Хайлоду к Вигрунду. Общая ответственность за организацию траления и конвойной службы в районе возлагалась на командира Кронштадтской ВМБ, а выделенные в его распоряжение 22 тихоходных тральщика, 13 катеров типа КМ и 8 катеров МО распределялись между отдельными участками района.

Можно сказать, что проведенные в середине июля мероприятия по организации траления, конвойной службы и охраны морских сообщений по своей идее соответствовали обстановке. Однако наличных тральных сил для одновременного выполнения всех задач не хватало. В частности, только в районе Кронштадтской ВМБ, да и то с перебоями, производилось систематическое разведывательное траление на сети действовавших фарватеров, а в остальных районах театра разведывательное траление являлось редким эпизодическим явлением. Впрочем, на прибрежном фарватере Таллин — Хайлода уже в первых числах июля, когда началось почти ежедневное движение конвоев, надобность в разведывательном тралении отпала, поскольку каждая проводка конвоя за тралами одновременно представляла собой предварительное разведывательное траление по отношению к последующему конвою. При этом пути следования конвоев совпадали, так как они располагались по оси фарватера, что обеспечивалось наличием развитой сети береговых опорных пунктов, облегчавших частые навигационные определения места.

Как ни парадоксально, но «головной боли» с обеспечением противоминной обороны конвоев в июне-июле у нас стало бы гораздо больше, если бы в то время специалисты флота располагали более полными сведениями о тактико-технических характеристиках минного оружия противника. Вплоть до начала августа считалось, что он ставил только «шведские» якорные мины типа «Мотала», «антенные мины с буйками неустановленного образца» (в действительности мины типа ЕМС с трубками КА), «буйковые мины с защитными буйками М-65» (в действительности минные защитники) и якорные подлодочные мины.

Факт постановки магнитных мин все еще не был выявлен, хотя в единичных случаях и возникали некоторые сомнения — например, в отношении обстоятельств гибели Т-208. Тогда, утром 24 июня создалось впечатление, что мина взорвалась не непосредственно под полубаком, а немного в стороне от борта. Более того, тральщик продержался на плаву в течение 40 минут, следовательно, в корпусе корабля образовались трещины, но не пробоина, которая является неизбежным следствием подрыва на якорной ударной мине. В противном случае Т-208 с его маломощными водоотливными средствами, вероятно, затонул бы гораздо быстрее.

Только значительно позднее, зимой 1941–1942 гг., при составлении отчета о боевой деятельности кораблей ОВР впервые высказали предположение о том, что Т-208 погиб от подрыва на донной магнитной мине, а до тех пор в штабе КБФ считалось, что обнаруженное на фарватере № 20 заграждение состояло из якорных ударных мин.

Бывали также недоразумения диаметрально противоположного характера. Так, например, 22 июня, когда в районе с глубиной моря 80 м в параванном охранителе эсминца «Смелый» взорвалась мина типа ЕМС, то на эсминце, поскольку взрыв произошел в стороне от борта корабля, сначала предположили подрыв на магнитной мине. Наоборот, 7 июля, когда тральщик «Петрозаводск» подорвался на траверзе маяка Толбухин на донной магнитной мине, предположили, что это якорная. Просто со 2-го по 7 июля на створе кронштадтских маяков из-за отсутствия тральщиков не производилось разведывательного траления, а потому сочли вероятным скрытую постановку в этот период с подводной лодки или самолета. Фарватеры КБ 1-а и КБ 1–6 немедленно закрыли для плавания кораблей и разрешили проход только вечером 8 июля, после того как оба фарватера протралили тралами Шульца. Якорных мин не вытралили, но точка зрения командования Кронштадтской ВМБ от этого не изменилась и о донных минах не думали.

Впрочем, если бы до начала августа выявили, что противник действительно ставил магнитные мины как на Черном море, о чем командование КБФ уведомили в первой половине июля, то это мало бы чего изменило. На Балтике до середины июля отсутствовали подготовленные к неконтактному тралению тральщики, а на большинстве кораблей и на всех транспортах — размагничивающие устройства. Но поскольку дальше подозрений о применении противником магнитных мин дело не шло, то о них в круговерти событий тотчас забывали, а потому и оснований для тревог не было. Все тральные задачи — разведывательное траление, проводка кораблей и судов за тралами, уничтожение минных заграждений — выполнялись контактными тралами, и никто еще не осознал, что такое траление являлось полноценным не во всех районах.

Одновременно с новой системой траления 16 июля штаб КБФ вводит инструкцию по организации конвойной службы. Формирование конвоев возлагалось на командиров ОВР Главной базы и Кронштадтской ВМБ. Эти же командиры устанавливали пункты передачи конвоев командирам участков, назначали командиров конвоев и выделяли конвойные силы в зависимости от ценности транспортов и грузов, а также давали командирам конвоев указания о маршруте перехода и доводили до них обстановку в районе перехода. В состав конвоя должно было входить не более пяти-шести судов с примерно одинаковой скоростью хода. Связь осуществлялась по радио с помощью таблицы условных сигналов. Командиру конвоя предоставлялось право вызова истребительной авиации с ближайших аэродромов.

В случае нападения артиллерийских кораблей противника выделенные в охранение конвоя корабли, а это чаще всего были тральщики и катера МО, могли рассчитывать только на свои собственные силы, так как в план обеспечения переходов конвоев специальные отряды поддержки не выделялись. Впрочем, в этом не усматривалось особой необходимости, поскольку к середине июля уже выявили общий характер повседневной боевой деятельности противника, вся активность которого в Финском заливе выражалась в использовании разведывательной авиации, подводных лодок и торпедных катеров.

В районе Главной базы, где в первые две-три недели войны дозорная служба неслась с перебоями, с 15 июля вступил в силу новый план, согласно которому, для регулярного обслуживания существовавших ранее пяти линий корабельного дозора выделялись конкретные корабли. Так, для поочередного «обслуживания» линии Осмуссар — Найссар (протяженность 35 миль) назначались два базовых тральщика и сторожевой корабль «Чапаев»; линии Найссар — Аэгна сторожевые корабли «Аметист» и «Касатка»; линии Кери — Вайндло — пара малых охотников, но их не хватало, так что в дозор обычно посылался один катер. Отметим, что длина участка составляла 44 мили! Днем охотник стоял на якоре у Вайндло или у Кери, а ночью ходил в назначенном районе. В поддержке у дозорного катера должны были находиться эсминец «Яков Свердлов» и сторожевой корабль «Буря», но последний вскоре перенацелили на другой район и он ушел в Моонзунд. Эсминец стоял на якоре в бухте Хара-Лахт в темное время суток в часовой готовности, а днем — в двухчасовой.