В последующем представители официальной советской исторической и юридической наук некритически повторяли и популяризировали утверждение о виновности немцев в расстреле польских военнопленных, что якобы было установлено на Нюрнбергском процессе. При этом его материалы замалчивались или трактовались произвольно, фальсифицировались даже тогда, когда в конце 80-х годов были обнаружены документы НКВД СССР, свидетельствующие о прямой причастности этого органа к уничтожению польских военнопленных весной 1940 г.

В 1952 г. расследование катынской трагедии проводила специальная комиссия Палаты представителей Конгресса США под руководством Р. Дж. Мэддена, которая провела опрос 81 свидетеля, рассмотрела сто письменных показаний свидетелей, не имевших возможности приехать, изучила вещественные доказательства. Эта комиссия также не признала достоверности выводов «Сообщения Специальной комиссии...» и обвинила в совершении преступления в Катыни СССР.

В течение нескольких десятилетий как в СССР, так и в Польской Народной Республике официально обязывала версия Специальной комиссии под руководством Н.Н. Бурденко. Все могущие пролить свет на катынскую трагедию сведения (не говоря о судьбах узников других лагерей и заключенных тюрем Западной Украины и Западной Белоруссии) были засекречены.

В конце 80-х годов версия комиссии Н.Н. Бурденко была поставлена под сомнение учеными двух стран по инициативе польской части смешанной советско-польской комиссии по ликвидации так называемых «белых пятен» в истории отношений между двумя странами.

Научно-историческая «Экспертиза „Сообщения Специальной комиссии по установлению и расследованию обстоятельств расстрела немецко-фашистскими захватчиками в Катынском лесу военнопленных польских офицеров“, произведенная профессорами Я. Мачишевским, Ч. Мадайчиком, Р. Назаревичем и М. Войчеховским» (апрель 1988 г.), была проведена на основе анализа обстоятельств заключения более 15 тыс. польских военнопленных в специальные лагеря и последующего выяснения их судеб на фоне развития советско-польских отношений. Она построена на тщательном сопоставлении основных положений «Сообщения Специальной комиссии...» и всей его системы доказательств с большим массивом накопившихся за более чем четыре десятилетия документов и материалов, вещественных доказательств, а также обширной польской и западной литературой предмета.

В экспертизе учтены материалы Нюрнбергского процесса и свидетельства представителей Польского Красного Креста — М. Водзиньского и К. Скаржиньского.

При рассмотрении обстоятельств преступления был выделен вопрос о правомерности зачисления задержанных поляков в военнопленные: направление польских офицеров в лагеря и тюрьмы продолжалось после сентября 1939 г., из Львова в декабре 1939 г. после регистрации (широко проведенной и в других областях) было вывезено около 2 тыс. офицеров, находившихся до сентября 1939 г. как в кадрах армии, так и в запасе. В экспертизе охарактеризовано полное непоследовательности, противоречий и дезинформации поведение сталинского руководства при выяснении правительством Вл. Сикорского вопроса о судьбах польских офицеров после возобновления советско-польских отношений в 1941 г.

Были изучены аргументы и выводы комиссии Н.Н. Бурденко относительно сроков и виновников расстрела польских военнопленных, утверждения о содержании польских офицеров до сентября 1941 г. включительно в трех лагерях (№ 1-ОН, № 2-ОН, № 3-ОН) с использованием на дорожно-строительных работах, о проведении расстрелов «немецким военным учреждением, скрывающимся под условным наименованием „штаб 537-го строительного батальона“ во главе с оберет-лейтенантом Арнесом», о количестве трупов в захоронении, якобы достигавшем 11 тыс. и др.

Не являясь специалистами в области судебно-медицинской экспертизы, занимавшей существенное место в «Сообщении Специальной комиссии...», авторы польской экспертизы сосредоточили внимание на анализе подбора и показаний свидетелей. Подбор свидетелей вызвал большие нарекания: в их числе не было ни одного польского офицера из каких-либо лагерей (группа вывезенных в Павлищев Бор — Грязовец осталась в живых), не были сняты показания с сотрудников НКВД из Козельского, Старобельского и Осташковского лагерей, а также лагерей № 1-ОН, № 2-ОН, № 3-ОН, кроме никому не известного майора Ветошникова, показания которого вызвали большие сомнения.

Не внушило доверия утверждение об использовании офицеров всех рангов, в том числе отставников-инвалидов, на строительно-дорожных работах, в то время как в других офицерских лагерях (Павлищев Бор, Грязовец, Козельск-2) такой общей повинности не было, работа была добровольной. Отмечалось отсутствие вразумительного объяснения, почему офицеры весной 1940 г. выгружались на станции Гнездово (в 3 км от места казни в Катынском лесу). На основе тщательного анализа линии перемещения фронта и обстоятельств взятия г. Смоленска польская экспертиза оценила как путанную и противоречивую, «абсолютно неправдоподобную» версию о невозможности эвакуации лагерей, об их переходе в руки немцев без попыток самоосвобождения, бегства, возвращения на Родину. Само существование указанных лагерей «особого назначения», подчеркивали авторы экспертизы, не было доказано, поскольку полностью отсутствовала конкретная информация об их размещении, после войны не было попыток их продемонстрировать или представить какие-либо документы, подтверждающие их наличие.

Показания свидетелей о времени расстрела были охарактеризованы как отнюдь не вносящие ясности (август, август—сентябрь, конец сентября 1941 г.), было отмечено, что в итоговых документах комиссии Н.Н. Бурденко оно определялось также неоднозначно: в «Сообщении Специальной комиссии...» как осень 1941 г., в судебно-медицинской экспертизе — как время «между сентябрем—декабрем 1941 года», без достаточного обоснования любой из этих дат. Советский свидетель на Нюрнбергском процессе Б.В. Базилевский назвал сентябрь 1941 г. сроком завершения расстрелов. Польские эксперты высказали предположение: произвольное смещение времени расстрелов было вызвано наличием теплой зимней одежды на трупах, что в январе 1944 года было замечено западными корреспондентами и вызвало стремление исключить август.

Польская экспертиза установила, что оснований для версии о нахождении в могилах 11.000 трупов комиссия Н.Н. Бурденко не имела. Было извлечено лишь 925 ранее обследованных трупов. Судя по обозначенным в «Сообщении Специальной комиссии...» размерам могил, была дана лишь общая локализация участка захоронения, могилы не вскрывались до дна. Никакие новые могилы найдены не были. Новые личные документы не были обнаружены. Таким образом, могила № 8, где эксгумация была комиссией ПКК приостановлена, не исследовалась до конца.

По мнению польских экспертов, реальных оснований для увеличения показателя количества трупов с 4.151 до 11.000 не было. Оно понадобилось для косвенного утверждения, что в Катынском лесу захоронены польские военнопленные, содержавшиеся не только в Козельском, но и в Старобельском и Осташковском лагерях. Было обращено внимание на то, что попытки продолжить идентификацию не предпринимались, наличие металлических жетонов на трупах — результат предпринятой ранее идентификации — было полностью проигнорировано.