На сайте "Страна. ru" 17.12.03 была опубликована статья Ольги Бобровской. Среди прочего журналистка пишет: «Член Центризбиркома с правом совещательного голоса от КПРФ Вадим Соловьев заявил, что из тех протоколов, которые представители его партии получили непосредственно в избиркомах "на местах", 60 тысяч "не совпадают с официальными протоколами ЦИК, которые вводились в систему ГАС «Выборы» и размещались в сети «Интернет». Коммунистами в ходе параллельного подсчета голосов было обработано 87 тысяч 643 протокола, что составляет 93,1 % от общего их количества. Около 60 тысяч протоколов, по словам Соловьева, не имеют юридической силы, так как количество голосов, поданных за различные партии и "против всех" не совпадает с количеством бюллетеней, выданных для голосования. /…/ Собрав все доказательства фальсификации, руководство КПРФ во главе с Геннадием Зюгановым направило письмо в ЦИК, в котором заявило, что необходимо "провести сплошной пересчет бюллетеней" в Башкортостане, Дагестане, Кабардино-Балкарии, Мордовии, Татарстане, Амурской, Орловской, Ростовской, Самарской, Саратовской, Пензенской областях и до завершения вышеуказанного пересчета окончательные итоги выборов не оглашать. В противном случае Компартия "примет все предусмотренные Конституцией меры для защиты избирательных прав граждан, включая массовые акции протеста и обращение в международные судебные органы". То есть в Верховный суд, а затем и в Европейский суд по правам человека».

Однако только 27 сентября 2004 года Коммунистическая партия РФ совместно с партией «Яблоко», а так же физические лица Иваненко С. В. (яблочник), Киселев Е. А. (известный журналист, либерал), Муратов Д. А., Рыжков В. А. (независимый депутат Госдумы), Сатаров Г. А. (либерал, президент фонда "Индем"), Соловьев В. Г. (КПРФ) и Хакамада И. М. (СПС) обратились в Верховный суд РФ с заявлением. Они потребовали отмены постановления Центральной избирательной комиссии Российской Федерации от 19 декабря 2003 года № 71/615-4 "Об установлении общих результатов выборов депутатов Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации четвертого созыва".

Всех заявителей, независимо от их политических взглядов, объединило то обстоятельство, что они считают, что в ходе выборов были нарушены их права и свободы. Так, партия «Яблоко» утверждает, что "не соответствуют действительности протоколы-результаты по меньшей мере 170 из в общей сложности 225 российских окружных избирательных комиссий". В заявлении также говорилось о "несправедливости и несбалансированности информирования об участниках избирательной кампании". Так, мониторинг телепрограмм по итогам избирательной кампании показал, что почти треть всего эфирного времени, посвященного в период избирательной кампании политическим партиям и избирательным блокам, телеканалы использовали для информирования избирателей только об одной партии — "Единая Россия". Подсчет распределения эфирного времени в новостных сюжетах в период ведения агитационной кампании показал, что партии "Единая Россия" отводилось в них около 28 % всего времени, КПРФ — 13 %, партии «Яблоко» — 8,5 %. Несправедливость и несбалансированность в информировании избирателей с особой отчетливостью проявлялись в вещании именно государственных телеканалов (Первый канал, ВГТРК «Россия» и ТВЦ), которые финансируются за счет налогоплательщиков и не должны отдавать приоритет ни одной политической партии. Эти каналы еще более откровенно отдавали предпочтение "Единой России", предоставив ей в среднем почти 40 % эфирного времени в избирательной кампании, несмотря на участие в выборах 23 избирательных объединений. Ситуация усугублялась еще и тем, что общероссийские государственные каналы имеют в России наибольший охват территории вещания (Первый канал — 99 %, ВГТРК «Россия» — 97,4 %, ТВЦ — более 70 % территории страны).

Информирование избирателей о деятельности избирательных объединений было несправедливым и несбалансированным не только по времени, но и по своей направленности. Общий совокупный объем информации, обнародованной на основных телеканалах о партии "Единая Россия", составил 860 минут 48 секунд. При этом количество информации, являющейся незаконной предвыборной агитацией, равнялось 529 минут 09 секунд, или 61,5 %. 75 % позитивной информации в адрес партии "Единая Россия", которую можно считать незаконной агитацией, было распространено именно государственными телеканалами. В то же время из всего объема информации, распространенной о КПРФ пятью ведущими телеканалами (524 минуты 54 секунды), агитация негативной направленности составила больше половины времени — 331 минута 22 секунды или 63 %. Даже этих цифр достаточно, чтобы утверждать, что победа "Единой России" была добыта не только ценой прямой фальсификации, но и подготовлена СМИ путем нечестной и несправедливой подачи информации.

В своем заявлении в Верховный суд податели также заявили, что многократно многими судами РФ было нарушено право на защиту своих избирательных прав в судах. Жалобы на нарушения избиркомами, СМИ и отдельными гражданами избирательного законодательства как правило не удовлетворяются, налицо многократные отказы в возбуждении уголовных дел по фактам нарушений.

Судебное рассмотрение Верховным Судом заявления партий КПРФ и «Яблока», а также группы граждан началось 15 ноября и окончилось 16 декабря 2004 года. В течение этого времени было проведено 19 судебных заседаний. Суд отклонил практически все ходатайства заявителей: о вызове в суд более 100 свидетелей, о приобщении к делу более 200 документов, об истребовании из ЦИКа РФ, Минпечати и других государственных органов и телеканалов доказательств, подтверждающих позицию заявителей. Кроме того, Верховный суд в судебных заседаниях исследовал не более 1 % представленных заявителями доказательств. Верховный суд также попросту отказал заявителям в рассмотрении вопроса о фальсификации итогов выборов на 57 тысячах избирательных участках, якобы за неподсудностью вопроса Верховному суду РФ, напрямую проигнорировав ч. 4 статьи 75 Федерального Закона "Об основных гарантиях избирательных прав и права на участие в референдуме граждан РФ".

В ходе процесса представители заявителей четыре раза (16 ноября, 29 ноября и 6 декабря дважды) заявляли ходатайства об отводе судьи Зайцева В. Ю. по нескольким основаниям; среди них:

— отказ в удовлетворении многочисленных ходатайств об исследовании доказательств и вызове свидетелей;

— не соответствующее действительному содержанию документов оглашение судьей В. Ю. Зайцевым ряда письменных доказательств;

— и по ряду других процессуальных оснований.

Все эти доводы были единолично отклонены судьей В. Ю. Зайцевым.

16 декабря 2004 года Верховный суд РФ принял решение, которым отказал заявителям в удовлетворении их заявления.

18 января 2005 года заявители подали полную кассационную жалобу.

7 февраля 2005 года кассационная коллегия Верховного суда оставила решение без изменения.

4 августа 2005 года партии КПРФ и «Яблоко», а также физические лица, уже названные выше, подали в Европейский суд по правам человека жалобу на решение Верховного суда, отказавшего им в удовлетворении иска к ЦИК об отмене результатов парламентских выборов 7 декабря 2003 года.