Но первая неудача не остановила Перовского. В том же 1840 году он собирался повторить экспедицию силами уже 19-тысячного корпуса. Однако хивинцы, узнав об этом и испугавшись последствий, начали переговоры с русскими властями и добились отмены похода, возвратив 417 пленных. Это было представлено Петербургу как победа. Перовскому был пожалован чин генерала от кавалерии. А на границе наступило затишье, которое продолжалось до 1847 года. За этот период оренбургский губернатор постепенно вынес посты вперед на реки Иргиз и Тургай, где были построены одноименные укрепления. Этим было завершено покорение Малой Орды, а к России были присоединены значительные территории, простиравшиеся от Оренбурга и Орска на юг до Каспийского и Аральского морей. В 1847 году отряды русских войск и казаков вышли к побережью Аральского моря, где вскоре была заложена крепость и создана флотилия. В результате к коннцу первой половины XIX века граница России со среднеазиатскими государствами установилась по линии, проходившей от северного побережья Каспийского моря до Аральского моря, озера Балхаш и далее по реке Ил до границы с Китаем.

Обстановка на границе была неспокойной, особенно на участке между Каспийским и Аральским морями. Слабость и большая удаленность гарнизона Аральского укрепления от главных сил позволяла кочевникам, не считаясь с присутствием русских, безнаказанно грабить киргизские племена. Так, в 1850 году в 50 верстах от Аральска они за два набега отбили у киргизов около 56 тысяч голов скота. В следующем году, в результате одного крупного набега, кочевники завладели 75 тысячами голов скота. Кроме того, воинственные южане обложили все киргизское население приграничной полосы тяжелой данью. Землевладельцы должны были отдавать треть собранного урожая, а кочевники с каждой кибитки ежегодно присылать 6 баранов, 24 мешка угля, 4 больших вьюка саксаула и тысячу снопов камыша. Также они требовали, чтобы киргизы по старинному обычаю конно участвовали во всех походах хивинского и кокандского ханов.

Русские власти с трудом терпели своеволие азиатов. Было разработано несколько проектов обуздания их набегов. Большинство из них предусматривали овладение крепостью Ак-Мечеть, являвшейся одним из важнейших центров кокандцев в их происках против России. Но пока шло обсуждение этих проектов, кокандский комендант Ак-Мечети, собрав отряд из 1700 человек, в марте 1852 года в результате дерзкого рейда разгромил и разграбил более сотни киргизских аулов, кочевавших по русской территории на удалении около 150 верст от границы.

Узнав о набеге, комендант Аральского укрепления майор П. К. Энгман послал вслед кокандцам отряд из 116 казаков-добровольцев при одном единороге. Он перехватил отяжеленных добычей кокандцев неподалеку от урочища Акча-Булак, находившегося в 55 верстах восточнее Аральска. После нескольких залпов из единорога и залпового ружейного огня казаков грабители, бросив часть добычи, обратились в бегство. Были отбиты 100 верблюдов, 162 лошади, 52 325 баранов. Кочевники увезли с собой более 70 убитых и раненых товарищей. Потери русского отряда составили всего 4 человека ранеными.

Дерзость кокандцев вынудила Перовского действовать более решительно. Он поставил своей целью овладеть крепостью Ак-Мечеть в 1853 году. Для осуществления этого замысла был создан экспедиционный отряд численностью около трех тысяч человек при 17 орудиях. Выступив в конце мая из Оренбурга, этот отряд за 24 дня преодолел 900 верст сложного пути и 20 июня подошел к кокандской крепости и взял ее штурмом 28 июля. Большая часть ее гарнизона полегла на поле боя. Из 74 человек пленных мужчин 35 были раненые. Потери русских войск в ходе всей экспедиции составили 44 человека убитыми и умершими от ран и 131 ранеными.

После взятия кокандская крепость Ак-Мечеть была переименована в форт Перовский, ставший самым южным плацдармом России на пути в Среднюю Азию.

Но праздновать победу было рано. После поражения остатки кокандских войск отошли к Пишпеку, куда со всех сторон начали прибывать подкрепления. Перовский решил овладеть Пишпеком и следующим укрепленным городом Токмаком. С этой целью из форта Верный была направлена экспедиция из двух тысяч человек при 12 пушках, 7 мортирах и 4 ракетных станках. Во главе этого отряда был поставлен полковник А. Э. Циммерман.

26 августа русский отряд подошел к Токмаку и после переговоров в 18 часов начал обстрел крепости из мортир. До наступления сумерек по ней было выпущено 50 разных снарядов. После этого из крепости вышел парламентер и заявил о безоговорочной капитуляции ее гарнизона. Таким образом, русские заняли Токмак без потерь с обеих сторон.

Поход продолжался. 29 августа к отряду Циммермана присоединился отряд начальника Алатавского округа подполковника Г. А. Колпаковский численностью в 250 человек, и русские войска направились к Пишпеку. Во второй половине следующего дня они окружили эту крепость. С утра 31 августа начался артиллерийский обстрел Пишпека, выпустив в первый день по городу около 400 снарядов. В Пишпеке начались пожары.

Обстрел Пишпека продолжался пять дней. На пятый день вечером из крепости вышли парламентеры для переговоров. 3 сентября русские вошли в этот город. За время обстрела кокандцы потеряли 20 человек убитыми и более 50 ранеными. В плен было взято более 600 человек, захвачено 4 медные пушки, 11 фальконетов, 400 ружей, 114 пудов пороха. Сами русские за все дни боев за Пишпек потеряли одного солдата убитым и шесть человек ранеными. За взятие Пишпека А. Э. Циммерман был произведен в генерал-майоры и награжден орденом Святого Георгия 3-й степени. Всем чинам, участвовавшим в походе, было пожаловано по два рубля денег.

Вскоре после овладения Пишпеком генерал Циммерман уехал из Верного. Вместо него старшим военачальником гарнизона этого форта остался подполковник Г. А. Колпаковский. Кокандцы, узнав об этом, срочно собрали 20-тысячное войско при 10 орудиях и двинули его на форт. Колпаковский, имевший в своем распоряжении в десять раз меньше воинов, решил не дожидаться подхода противника, а нанести по нему внезапный удар на маршруте следования, сделав ставку на огонь артиллерии и залповый огонь ружей. Сражение, которое состоялось на реке Кара-Костек и продолжалось три дня, с 20 по 22 октября 1860 года, завершилось победой русского оружия. Противник отступил, потеряв убитыми и ранеными более 1500 человек. За эту победу Колпаковский был произведен в полковники и награжден орденом Святого Георгия 4-й степени.

После закрепления русских войск в фортах Перовском и Верном очередной задачей их командования стало соединение двух этих точек, между которыми простиралось 100-километровое пространство. Используя этот не прикрытый войсками «коридор», кокандские орды время от времени совершали дерзкие набеги в глубь российской территории, продолжая грабить киргизские племена. Но чтобы осуществить этот план, потребовалось собирать силы несколько лет.

Новая экспедиция началась весной 1864 года. Ставка делалась на разновременные встречные удары. Для нанесения первого удара из Верного 1 мая выступил отряд в 2640 человек с 10 пушками, 7 мортирами и двумя ракетными станками под командованием полковника М. Г. Черняева. Месяц спустя он подошел к крепости Аулие-Ата и после непродолжительной осады 4 июня овладел ею штурмом.