Прямо перед самым вступлением Лжедмитрия в Москву Федор и его мать были задушены в своем кремлевском доме. В «Московской хронике» Конрада Буссова говорится, что находившийся в этот момент в Серпухове самозванец отказывался повляться в столице до тех пор, пока не будут ликвидированы Годуновы. Причем нельзя сказать, чтобы это распоряжение Лжедмитрия было секретным. Напротив, его передали жителям столицы в открытом послании. Когда арестовывали патриарха Иова, на подворье Годуновых возник Василий Голицын со стрельцами и приказал убить царя Федора. Рядом с Голицыным находились также князь Мосальский, дьяки Молчанов и Шерефединов. Но, как свидетельствует бывший в то время в Москве шведский дипломат и историк Петр Петрей, непосредственным убийцей был подьячий Иван Богданов, якобы тайно присланный для этого в Москву.

Царь Федор был крепким и сильным юношей. Он оказал сопротивление пытавшимся его убить мужчинам. Вчетвером они едва одолели молодого государя. И хотя впоследствии был озвучена официальная версия смерти Федора и Марии – отравление, их тела, выставленные на всеобщее обозрение, имели явные следы насильственной смерти. По словам П. Петрея, «следы от веревки, которой они были задушены, я видел собственными глазами вместе со многими тысячами людей». Тела Федора и Марии, а также извлеченное из гробницы в Архангельском соборе тело Бориса Годунова по приказу Лжедмитрия захоронили безо всяких почестей, без отпевания, как самоубийц, во второстепенном московском женском Варсонофьевском монастыре.

В 1606 году по распоряжению царя Васи лия Шуйского останки царского семейства торжественно перенесли в Троице-Сергиев монастырь, где в особой усыпальнице, возведенной в 1783 году, они покоятся и поныне.

Современники молодого царя, равно как и многие исследователи, считали Федора, его мать и сестру невинными жертвами преступного, хищного властолюбия Бориса Годунова, которого господь наказал за убийство царевича Дмитрия. Подобная точка зрения возникла уже в анонимном «Ином сказании» времен Василия Шуйского: «О, ослепление, о его неистовства, о многие окаянства… Где его супруга и любимые чада? Кто может его жену и чад отнять у палача?» Выдающийся историк Н. М. Карамзин писал: «Сын естественно наследовал права его, утвержденные двукратною присягою, и как бы давал им новую силу прелестию своей невинной юности, красоты мужественной, души равно твердой и кроткой; он соединял в себе ум отца с добродетелию матери и шестнадцати лет удивлял вельмож даром слова и сведениями необыкновенными в тогдашнее время: первым счастливым плодом европейского воспитания в России; рано узнал и науку правления, отроком заседая в Думе; узнал и сладость благодеяния, всегда употребляемый родителем в посредники между законом и милостию. Чего нельзя было ожидать государству от такого Венценосца? Но тень Борисова с ужасными воспоминаниями омрачала престол Феодоров: ненависть к отцу препятствовала любви к сыну… „Святая кровь Димитриева, – говорят летописцы, – требовала крови чистой, и невинные пали за виновного, да страшатся преступники и за своих ближних!“ Многие смотрели только с любопытством, но многие и с умилением: жалели о Марии, которая, быв дочерью гнуснейшего из палачей Иоанновых и женою святоубийцы, жила единственно благодеяниями и коей Борис не смел никогда открывать своих злых намерений; еще более жалели о Феодоре, который цвел добродетелию и надеждою: столько имел и столько обещал прекрасного для счастия России, если бы оно угодно было Провидению!»

В наши дни, когда Борис Годунов уже во многом исторически «реабилитирован», подобный подход представляется слишком упрощенным. Впрочем, тот факт, что Федор, будучи всесторонне подготовленным к правлению государством, образованным и талантливым молодым человеком, заслуживал лучшей участи и, возможно, стал бы одним из выдающихся русских правителей, вряд ли стоит ставить под сомнение.

Трагическая судьба выпала на долю этой, пожалуй, одной из самых обворожительных русских красавиц. Пора ее юности пришлась на эпоху самых колоссальных надежд для ее родителей. В 1598 воду отец Ксении Борис Годунов был избран царем России. Подобное невиданное возвышение сироты, начавшего свою службу в качестве постельничего при дворе Ивана Грозного, до государя сулило всему роду Годуновых блистательное будущее. Даже неприятели отдавали должное Борису, ведь он мог заслужить славу одного из лучших правителей мира и совершить много достойных дел, если бы не помешали ему стихийные бедствия и трагические события.

По словам современников, помимо внешней красоты Ксения обладала тонкой душевной организацией. И если считалось, что красоту и манеры она унаследовала от отца, то о матери царевны, дочери опричника Малюты Скуратова Марии Григорьевны, подобные лестные отзывы услышать было чрезвычайно трудно. Напротив, народ часто приписывал ей неблаготворное влияние на мужа.

Души в детях не чаявший отец, Борис Годунов, окружил дочь Ксению и сына Федора добром и лаской и дал им лучшее для того времени образование. Хоть Ксения и не являлась царевной с детства, воспитание она получила более чем соответствующее этому титулу. В семнадцать лет единственная дочь царя превратилась в самую образованную, красивую девицу на Руси.

Нежный, трогательный образ Ксении запечатлен в литературных произведениях и народных песнях XVII века. До наших дней дошли описания внешности царевны, и, по всей видимости, Ксения являла собой воспетый в народном поэтическом творчестве тип русской красной девицы. Русский писатель XVII века И. М. Каты рев-Ростовский, находясь под впечатлением от очаровательной девушки, так описывал ее: «Царевна же Ксения, дщерь царя Бориса, девица сущи, отроковица чюдного домышления, зелною красотою лепа, бела вельми и лицом румяна, червлена губами, очи имея черны велики, светлостию блистаяся, бровми союзна, телом изобильна, млечною белостию облиянна, возрастом ни высока, ни ниска, власы имея черны велики, аки трубы, по плечам лежаху». Впрочем, внешность не являлась единственным достоинством юной царевны, Ксения, по свидетельствам современников, была еще и «воистину во всех делах чредима», «во всех женах благочиннийша и писанию книжному навычна».

Если сына Федора Борис Годунов готовил быть просвещенным царем, то дочь Ксению намеревался выдать замуж за какого-нибудь иностранного принца, согласившегося принять православие и поселиться в России, в удельном владении, выделенном ему. Удачным замужеством Годунов желал не только устроить счастье любимой дочери, но и избавиться от всяческих препятствий, мешающих ученым и мастерам, желавшим работать в России и пытавшимся пробраться в Москву. Препятствия эти были делом рук государей европейских стран, страшащихся усиления могущества России. Очень хотелось Борису, чтобы по всей стране заработали учебные заведения с приглашенными зарубежными учителями, которые бы могли «облагодетельствовать» Россию «своими познаниями».

По словам летописца-современника, Ксения «поучению книжному со усердием прилежаще» и «зело научена премудрости и всякого философского естественнословия». Царевна изучала древнюю историю, как византийского государства, так и отечественную, получила знания о различных уголках мира, о странах и народах. Вдумчиво и основательно постигала Ксения смысл «семи мудростей»: грамматики, диалектики, риторики, числительницы (арифметики), геометрии, звездозакония (астрономии), а также музыки, под которой понималось и собственно пение. Отдельной строкой летописцы подчеркивают музыкальность царевны и ее прекрасный голос: «Гласы воспеваемыя любляше и песни духовныя любезне желаше». Ксения также сама сочиняла песни. До наших времен даже дошли строки сочиненных царевной песен, которые она написала в самый трагический период ее жизни. В 1619 году священник и переводчик Ричард Джеймс, опоздавший на свой корабль, провел зиму в Холмогорах. Именно здесь в его записной книжке, благодаря какому-то русскому человеку, появились две песни Ксении Годуновой, которую можно считать первой известной на Руси поэтессой.