Плотники и мастера каменного дела жили в трех избах на своем дворе; их материалы хранились в двух амбарах. У восточной стены малого монастыря размещался шваленный двор со швальней — мастерскими для портняжных, кожевенных и других работ. Это было довольно древнее монастырское заведение, существовавшее уже в 1569 году. Около швальни жили разные мастеровые люди: иконники, токарники, оконники, портные, сапожники, кожевники. Здесь же стояли два кожевенных амбара. За двором располагались кладовые, где токари держали «деревья вязовое и березовое», и кузнечный двор. Около озера был построен амбар для угля.

Интересные особенности имела планировка Соловецкого монастыря. Каждое здание этой удивительной северной крепости было по-своему уникально. В центре монастыря, как и полагается, находилась соборная площадь. Ее образовывали четыре каменных храма. Первой была построена церковь в честь Успения Пресвятой Богородицы (1552–1557). К церкви примыкают колоссальных размеров одностолпная трапезная и келарская палата. Трапезная имеет обшую площадь в 500 квадратных метров и в былые времена вмещала несколько сотен человек. Под церковью и трапезной находились хлебня с мукосейной, просвирня, квасной и хлебный погреба. Над трапезной была устроена высокая колокольня с боевыми часами и двумя колоколами. В один колокол благовестили к литургии и к вечерне и звонили ко «Славам» на службах часов. В другой колокол звонили к обеду и ужину, созывая братию, служебников и трудников.

Сразу же после освящения Успенской церкви началось строительство главного собора обители — Преображенского храма (1558–1566). Он был устроен на погребах. В Соловецком летописце сказано, что братия возражали против строительства храма, считая, что в обители недостаточно средств, но игумен Филипп настоял на своем. К собору пристроили церковь во имя Зосимы и Савватия Соловецких, под которой также находилось два кладовых погреба. В 1577 году в монастыре поставили еще одну церковь — во имя святителя Николая. Вскоре крытые каменные переходы, устроенные, по соловецкому обычаю, на валунном основании, соединили сначала трапезную с Преображенским собором, а потом и все церкви между собой. В условиях северной непогоды и стужи эти переходы значительно облегчали жизнь. Вокруг церквей находились монашеские кельи и некоторые службы. Древние кельи были построены в два или три этажа, все они были неравной ширины и высоты, имели окна разных размеров.

В 1582 году, по государеву указу, началось строительство каменной Соловецкой крепости. Работами руководили соловецкий постриженник монах Трифон и вологодский мастер Иван Михайлов. Крепость — «монастырский город» — построили в 1594 году, и с тех пор Соловецкая обитель стала неприступной. «Как и многие старинные крепости, соловецкая являет собой удивительный образец русского фортификационного искусства, монастырские башни решительно выдвинуты за спрямленные участки стен и снабжены несколькими ярусами боя. Площадка боевого хода проходит по всему периметру стен, позволяя вести круговую оборону. Прикрытые водными преградами, длинные восточные и западные стены гораздо более низкие и пологие, чем открытые для приступа северные и южные, высота которых достигает 10–11 метров» (Соловецкий монастырь. С. 86). Стены и башни Соловецкой крепости сложены из природных валунов, некоторые из них весят более 500 пудов. «Как доставлялись к месту эти многотонные глыбы, неизвестно; можно только предположить, что их перевозили на санях по первому снегу, или на больших телегах, или по воде на плотах. Подниматься же они могли специальными устройствами, изобретенными самим святителем Филиппом» (Там же. С. 86). И при нынешних технологиях крепость поражает своей исполинской мощью. Имя ее архитектора навечно вписано в братский синодик обители.

После строительства стен монастырь приобрел форму пятиугольника. Особенности рельефа и требования обороны заставили архитекторов немного отступить от привычной символической формы монастыря. Над Святыми вратами обители в 1601 году была устроена Благовещенская церковь. Благой вестью встречала Соловецкая обитель каждого, кто с верой и надеждой подходил к ее вратам.

Основные хозяйственные службы находились в стороне от соборной площади и монашеских келий. Они разместились у стен и башен монастыря. В 1614 году построили каменную палату, в одной части которой устроили иконописные мастерские, в другой — «чеботную швальню» — мастерскую по изготовлению обуви. Под иконописной мастерской находилась больница для мирян, а под чеботной — жилые кельи для дьячков. Впоследствии в монастыре поставили большую одностолпную палату, в верхнем этаже которой разместили другую швальню, в которой шили «порты». Именно в этой швальне проходил послушание будущий преподобный Симон Воломский, который еще в юности, оставшись без родителей, выучился портняжному делу. В 1619 году в обители появилась каменная казенная палата. В ней, по монастырскому обычаю, хранили воск, свечи, ладан, медную и оловянную посуду и монашеское платье — однорядки (свитки). В 1621 году к монастырской стене пристроили поварню — «поваренный пристенок». В его расположении и устройстве проявилась редкая смекалка соловецких иноков. Здесь «примечателен по своей древности и удобности даже в зимнее и осадное время колодез, в который вода из Святого озера проведена подземною трубою под крепостную стену, и дабы не замерзала помпа, то для сего устроена печь. Сей колодез обнесен деревянным крытым строением, из коего по желобам пропускается вода и для квасоварения» (Досифей. Т. 1. С. 239). Над поварней было устроено сушило для хранения небольшого количества круп и сушеной рыбы. Рядом с поварней находились погреба для чистки рыбы, а над ними были устроены кельи для поваров.

В западной стороне монастыря в конце XVII века были устроены больничные кельи, а напротив них — больничная церковь во имя святителя Филиппа. Здесь же находились кельи для вдовых богомольцев и трудников. Особенностью соловецкой планировки, в отличие от Кирилловой обители, стало размещение большинства хозяйственных служб на территории монастыря. Видимо, это было вызвано пограничным местоположением обители. Монастырь должен был, по замыслу своих строителей, представлять совершенно автономную хозяйственную систему, способную выдерживать длительные осады. Еще во времена игумена Филиппа на территории обители поставили мельницу. В XVII веке рядом с мельницей находилась каменная солодежня, в нижнем этаже которой растили солод. Верхний этаж служил сушилом, где в зимнее время года сушили белье. У Белой башни находилось сушило, где хранили приготовленную к молотьбе рожь. Соловецкий монастырь значительно уступал по своим размерам Кирилловской обители, но компактное и продуманное до мелочей размещение хозяйственных служб и помещений создавало все условия для образцовой работы его хозяйственной системы.

Контрастом с великими обителями смотрятся малые монастыри. В этих обителях служб было гораздо меньше, а размеры кладовых намного скромнее. В 1622–1629 годах посреди Красногорского монастыря стояла деревянная церковь в честь Похвалы Пресвятой Богородицы, рядом находилась колокольня, а на ней — четыре колокола. Вокруг храма располагались кельи — одна игуменская да девять братских и «служних» (то есть «слуги» жили в самом монастыре). За монастырем располагался один «коровий двор», других хозяйственных дворов у обители не было (Описание Красногорского монастыря. С. 9).