Линкольн был избран, несмотря на то, что набрал менее 45 % голосов. Сначала Южная Каролина, а затем и другие южные штаты вышли из союза. На следующий день после Рождества 1860 года и за четыре месяца от избрания до инаугурации Линкольна как президента Соединенных Штатов местные власти на Юге без единого выстрела захватили все федеральные арсеналы и фортификации в своих южных штатах. После инаугурации Линкольна в качестве президента Соединенных Штатов 12 апреля 1861 года корабль федералов с припасами был отправлен в форт Самтер в Южной Каролине. Пушки военных сил южан обстреляли форт, и так началась настоящая «горячая» война между северными и южными штатами.

Однако оспа не выбирала, на чьей она стороне в этой войне: болезнь широко распространилась по фермам, деревням и городам как на Севере, так и на Юге23. Ранее, в 1812 году, командование армии США приказало провести обязательную вакцинацию всех войск от оспы – еще одно доказательство успешного предотвращения заболевания Дженнером. Но несмотря на армейский регламент, требующий вакцинации армии в начале военных действий и на протяжении всей войны, у новых рекрутов, постоянно прибывавших в основном из ферм и городков в сельских районах, где вакцинации проводились нерегулярно, прививки от оспы могло и не быть. Ни в северных, ни в южных штатах не существовало какого-то центрального (медицинского) органа, который бы занимался изготовлением, тестированием или сертификацией используемых от оспы вакцин. Часто вакцина оказывалась неактивной или ослабленной настолько, что не давала никакой защиты от болезни. Еще чаще она была загрязнена другими микробами. Поэтому очаги оспы продолжали возникать на протяжении всей войны. Примером может служить сражение при Чанселлорсвилле в мае 1863 года, во время которого 5000 конфедератов заразились и потеряли боеспособность29. В армии северян происходило нечто подобное30,31. Вдобавок солдаты конфедератов и федералов, попавшие в плен, часто заносили вирус оспы в глубь Юга или Севера соответственно. В иных случаях военнопленные заболевали заново в тюремных лагерях. Например, в период с февраля 1862 по июнь 1865 года среди военнопленных конфедератов в Федеральной тюрьме в Кэмп-Дуглас, штат Иллинойс, было зафиксировано более 2000 заболеваний, из которых 618 завершились смертью. Вспышка инфекции в Кэмп-Дуглас стала основным источником продлившейся более пяти лет эпидемии в расположенном поблизости Чикаго29. Считается, что из 600 000 солдат федералов и конфедератов 29 000 заболели оспой, при этом более 10 000 от нее скончались.

В начале июля 1863 года под Геттисбергом – маленьким городом на границе штатов Пенсильвания и Мэриленд – состоялось кровопролитное сражение, которому суждено было определить исход войны: Потомакская армия Мида выдержала атаку и напор Северовирджинской армии Ли, вынудив его отступить с войсками с поля боя. Это поражение прекратило попытки Конфедерации вторгнуться в северные штаты. Оно также положило конец готовности европейских стран признать суверенность Конфедерации.

Авраам Линкольн отправился в Геттисберг в ноябре того же года, чтобы отпраздновать победу и почтить память павших в сражении28. Он должен был присутствовать на торжественном открытии кладбища в Геттисберге, где умерли тысячи людей. Многих из тех, кто не был опознан и был захоронен без почестей по всей местности, теперь должны были перезахоронить на самом кладбище. Президент не был главным выступающим на данном мероприятии. Эта честь выпала Эдварду Эверетту, бывшему президенту Гарвардского колледжа, бывшему сенатору и государственному секретарю США. Линкольна пригласили в качестве «главного исполнительного лица» государства, чтобы он официально объявил место захоронений священным полем славы. Несмотря на тщательную подготовку Линкольна к выступлению с речью, он чуть было не остался дома. Его сын Тодд был болен, и Мэри, жена Линкольна, в истерике вспоминая смерть других сыновей, умоляла мужа не уезжать. Но предстоящее мероприятие было слишком важным, и Линкольн отмахнулся от уговоров жены. Вскоре после этого он произнес свою знаменитую Геттисбергскую речь. Однако в момент выступления он уже нес в себе вирус оспы.

В 1860-х годах оспа была жива и невредима в Вашингтоне, округ Колумбия, а к 1863 году распространение ее стало еще интенсивнее30. Говорили, что «в Вашингтоне вряд ли найдется место, где не было бы оспы». Линкольн писал своему старшему сыну Роберту, находившемуся в Кембридже, штат Массачусетс: «Здесь повсюду оспа». Газета Chicago Tribune сообщала о «великом страхе», охватившем Вашингтон из-за оспы31. Еще раньше оспа проникла в Белый дом.

Вечером по пути домой после Геттисбергского обращения Линкольну стало плохо в поезде: у него сильно разболелась голова и началась лихорадка31–34. Когда президент вернулся в Вашингтон, ему прописали постельный режим. Он жаловался на усиливавшуюся головную боль, боль в спине, лихорадку и общую слабость. Через два дня появилась сыпь. Ему диагностировали оспу, и следующие три недели Линкольн провел на карантине в Белом доме. Болезнь не была тяжелой, но после выздоровления лицо Линкольна осталось покрытым оспинами. Болезнь длилась чуть меньше месяца, хотя, как и Джордж Вашингтон, он смог полностью восстановить свои силы лишь примерно два месяца спустя. В Белом доме был установлен режим частичного карантина (карантина с допуском), то есть ограниченного посещения, чтобы ежедневная работа правительства не прерывалась. Линкольн шутил, что его болезнь помогла ему решить проблему постоянных просьб об аудиенциях и требований соискателей должностей: «Теперь у меня есть то, чем я могу поделиться с каждым». Посещения были строго запрещены, даже для его жены, заседания Кабинета были отменены. Через восемь дней после выступления в Геттисберге Линкольн дрожащей рукой написал записку госсекретарю Стентону: «Мне уже лучше, но с членами Кабинета я встретиться не смогу». Как только диагноз был поставлен, президентский персонал постарался сохранять эту новость втайне от общественности, чтобы она не повлияла на ход войны.

Неясно, где и как заразился Линкольн29–31,34. Наиболее распространено мнение, что он заразился, когда уезжал из Вашингтона в Геттисберг, от своего маленького сына Тодда, у которого болезнь и сыпь, вероятно, ошибочно диагностировали как скарлатину. Не было никаких данных о том, что Линкольн прошел вакцинацию. Хотя Линкольн и оправился от оспы, вероятность смертельного исхода была сильна. Поэтому когда слухи о его болезни все-таки просочились за пределы Белого дома, это вызвало сильную озабоченность не только в Северной Америке, но и в Европе. И Китай, и Япония теряли своих императоров из-за оспы, и веками ранее правители европейских стран тоже умирали от оспы. В Вашингтоне Конгресс молился о выздоровлении Линкольна, а все, кто навещал больного, были привиты. И даже несмотря на это камердинер Линкольна, Уильям Джонсон, перенес тяжелое заболевание. Сенатор США Лемюэль Боуден, республиканец от штата Вирджиния, заразился и умер от оспы.

На Европейском континенте во время Франко-прусской войны 1870–1871 годов прусская армия численностью более 800 000 человек регулярно проходила вакцинацию раз в семь лет; немцы потеряли из-за оспы менее 300 человек из 8360 зараженных. Напротив, командование французской армии, не верившее в регулярную вакцинацию, потеряло свыше 23 000 человек из-за оспы, заражены же были более 280 000.