Весной 1694 года Петр вторично отправился в Архангельск. 29 апреля Лефорт дал прощальный обед для отъезжающих. «Его величество, — писал он брату Ами, — оказал мне честь, обедал и затем ужинал у меня. Приглашен был весь двор, то есть князья и бояре. В большой зале, которую я построил благодаря щедротам его царского величества, разместились вдоль оной более двухсот человек. Солдаты, которые должны были ехать с нами, были угощены после обеда, и было выпито за счастливое путешествие его царского величества». Часть свиты выступила в путь в тот же день, другая выехала 30 апреля, а Лефорт — 1 мая. До Вологды они ехали сухим путем, а в Вологде путешественники, среди которых находился и Лефорт, пересели на корабли и поплыли по Сухоне и Северной Двине. 10 мая флотилия из двадцати двух кораблей достигла Архангельска и была встречена девятью залпами пушек и ружейной стрельбой. Петр сразу же отправился на верфь для осмотра строившегося там корабля, заложенного в предшествующий приезд его в Архангельск. Спуск на воду состоялся 20 мая, а спустя десять дней корабль, получивший имя «Святой Петр», снялся с якоря и отправился к Соловецкому монастырю. Можно предполагать, что Лефорт сопровождал царя.

Первого июня 1694 года, когда корабль находился в открытом море, поднялась сильная буря, едва не унесшая жизнь Петра и сопровождавших его спутников. Местная летопись так описывает случившееся: «Когда из устья Двины реки вышли, тогда ветер к Соловецкому монастырю был благополучен; но как зашли за морскую губу, Унскими рогами называемую, тогда нечаянно восстал ветер сильной и прикрутной, от которого причинилась буря великая в море, и от того суда государевы носились нужно волнами. Все тогда утверждения на судах начали сокрушаться, и едва якорями могли содержаться. Все тогда были в толь великой скорби и печали, что и отчаиваться начали о избавлении своем, чего ради все мольбы ко Господу Богу приносили, и преосвященный архиепископ Афанасий молебное пение совершал, а государь, учиня христианскую исповедь, приобщался святых тайн пречистого тела и крови Христовой из рук преосвященного». Находившиеся на корабле считали свою гибель неминуемой, но благодаря стараниям и искусству кормчего Антипа Тимофеева корабль был спасен. Он бросил якорь у Петроминского монастыря, где путешественники в течение пяти дней пережидали бурю. В честь спасения Петр сам соорудил крест и вместе со свитой поставил его на берегу.

Шестого июня море успокоилось. «Святой Петр» отправился в путь и 7 июня бросил якорь у стен Соловецкого монастыря. Проведя в монастыре трое суток, царь возвратился в Архангельск 13 июня и в тот же вечер ужинал у Лефорта.

Двадцать первого июля в Архангельск прибыл из Голландии ожидаемый с нетерпением 44-пушечный фрегат «Святое пророчество» с экипажем в 40 человек. Капитаном корабля Петр назначил Лефорта, лейтенантом — боярина Б.А. Голицына, а на себя возложил обязанности шкипера. 4 августа эскадра из нескольких кораблей отправилась на север в Ледовитый океан. Побывав там, эскадра повернула на юг и 21 августа достигла устья Двины.

По замечанию крупнейшего знатока Петровской эпохи академика М.М. Богословского, плавание к Ледовитому океану, как и оба путешествия царя в Архангельск, не имело государственного значения и носило, скорее, развлекательный характер — оно всего лишь удовлетворило любознательность Петра, стремившегося увидеть морские корабли и настоящее море. Иное значение имели Кожуховские маневры, названные так по месту своего проведения близ деревни Кожухово, в трех или четырех верстах от Москвы.

Подготовка к Кожуховским маневрам началась еще до возвращения царя из Архангельска в Москву 5 сентября. У деревни Кожухово, на правом берегу реки Москвы, был сооружен укрепленный городок с земляным валом высотой в пять аршин и рвом глубиной в четыре аршина. На углах городка устроили бойницы, а на валу расставили рогатки. Были устроены и волчьи ямы.

Одновременно с устройством городка были приняты меры к комплектованию полков, которым предстояло участвовать в маневрах. В ближайшие к Москве города были направлены грамоты к стольникам, стряпчим, дворянам московским и жильцам с требованием явиться 19 сентября в столицу с огнестрельным оружием. Участвовавшие в маневрах войска разделили на две армии, которыми командовали «генералиссимусы» И.И. Бутурлин и князь Ф.Ю. Ромодановский. Войска Бутурлина были укомплектованы стрелецкими полками, отрядом пехоты, состоявшей из подьячих, а также конницей, состоявшей из одиннадцати рот, набранных из дьяков. Всего в армии Бутурлина насчитывалось 7500 человек. Шествие маршировавшей армии замыкал «генералиссимус» И.И. Бутурлин, восседавший на богато убранном коне, сопровождаемый тридцатью двумя воинами, вооруженными алебардами.

В армию «генералиссимуса» Ф.Ю. Ромодановского входили полки «нового строя». По замыслу Петра они должны были осаждать, а затем и штурмовать крепость, которую обороняли полки Бутурлина. Шествию армии Ромодановского придали шутовской, маскарадный характер. Его открывала рота, состоявшая из дворовых людей и возглавляемая царским шутом Яковом Тургеневым. Впереди роты несли знамя, на котором был изображен герб шута — коза. За отрядом Тургенева шел сибирский царевич с двумя ротами. Далее следовал полк Лефорта: впереди ехали 12 всадников в панцирях, 12 верховых лошадей Лефорта в богатых уборах, за ними — карета Лефорта, по бокам которой шли шесть гайдуков в красных венгерских кафтанах. Сам генерал ехал верхом в богатой одежде во главе восьми рот своего полка. Роты шли с распущенными знаменами под звуки труб, флейт и барабанов; часть солдат была вооружена ружьями, часть — копьями.

За полком Лефорта следовал Бутырский полк Гордона, состоявший из девяти рот. Он тоже маршировал под звуки музыки. За Бутырским полком шествовали Преображенский и Семеновский полки. Впереди Преображенского полка шли бомбардиры Петр Алексеев (то есть сам царь), князь Ф. Троекуров и И. Гумерт. За Семеновским полком ехала конница: три роты гусар в шишаках и латах, «от головы до ног в железе», рота палашников и рота конных гранатчиков. За гранатчиками следовала «карета великая, запряженная шестью лошадями». За ней — рота карлов из 25 человек, которыми командовал царский карлик Ермолай Мищуков в красном немецком платье и в английской шляпе с перьями, за карлами — рота есаулов, за которой следовали боярин А.С. Шеин, а за ним — сам «генералиссимус» Ромодановский на коне в богатой экипировке и пышном уборе. Его сопровождали князь Черкасский и свита из 40 знатнейших дворян. За свитой двигались два рейтарских полка, а за ними — артиллерия с шестью пушками и шестью мортирами. Замыкали колонну большой набат, литавры и обозы. «Маршировали мы, — заметил Гордон в «Дневнике», — в порядке и во всем блеске». Обе армии начали движение на исходные позиции в разное время; Бутурлин отправился в поход 23 сентября и расположился в укрепленном городке, а Ромодановский — тремя днями позже. Его войска расположились на левом берегу Москвы-реки.

День 27 сентября ознаменовался перебранкой между двумя «генералиссимусами», стоявшими на противоположных берегах реки: «вычитали друг другу неправды и ссоры, чего ради сия тяжелая война и от кого началась, причитая друг другу причины». Перебранка дошла «до слов яростных», за которыми началась стрельба из ружей со стороны И.И. Бутурлина, на которую Ф.Ю. Ромодановский ответил пальбой фанатами из мортир.