Таким образом, в конце XVI века страна оказалась в глубоком кризисе: земли центральной Руси опустели из-за побегов крестьян, в городах царили нищета и безвластие. Кризис стал еще глубже, когда Иван в приступе гнева убил своего старшего сына. А ведь ему, как никому, следовало бы знать, какими бедами грозит государству ослабление династической линии. Из двух оставшихся сыновей Ивана один, Федор, правил с 1584 по 1598 год, но при этом отличался слабым здоровьем и умер молодым, а другой, Дмитрий, родившийся от пятой жены, из-за этого не признавался православной церковью как законный наследник. Впрочем, в любом случае, Дмитрий умер при весьма загадочных обстоятельствах в провинциальном городе Угличе в 1591 году.

В это же время, когда династия, казалось, пошатнулась, Москва сделала последний шаг к закреплению своих притязаний на роль «Третьего Рима». С помощью лести, обмана и давления она сумела убедить восточных патриархов дать согласие на повышение Московского митрополита до звания патриарха. Сам по себе этот шаг не имел большого практического значения, ведь московская церковь уже давно была самоуправляемой, но его символическое значение трудно переоценить: на протяжении предшествующих десяти веков такого звания не получал никто. Московская церковь присоединилась к самым древним и самым достойным православным юрисдикциям.

Окончание династии Рюриковичей в 1598 году поставило перед Московским государством вопросы, с которыми оно никогда прежде не сталкивалось. До того времени государство было неотделимо от персоны Великого князя (царя): само слово «государство» происходит от слова «государь». Но тогда, в конце XVI века, лицам официального статуса, или чина, пришлось впервые научиться смотреть на монархическую власть более абстрактно, спрашивая себя, какие качества они желают видеть в ее носителе и при каких условиях царь будет править. Справиться с подобной умственной задачей было очень трудно.

Проблема состояла в том, что недолгое усилие Ивана IV поставить в рамки закона требования, которые царь мог выдвигать к различным слоям общества, оказалось бесплодным из-за последовавших войн и разгула опричнины. Ни один дворянин, купец или крестьянин не мог знать наверняка, чего от него потребуют в ближайшее или отдаленное время, не знал и того, сможет ли обратиться в суд, если эти требования покажутся чрезмерными. Концепция верховной власти по-прежнему покоилась на принципе удельного княжества, согласно которому земля и люди находятся в полном распоряжении правителя, отвечающего за свои методы правления только перед Богом. Московия не успела перерасти этот менталитет до того, как стала протонациональным государством, взявшим на себя право говорить от имени всех русских, и вдобавок зарождающейся и быстро растущей империей.

Вотчинный взгляд на страну грозил определенными осложнениями как правителю, так и подданным. Относясь к государству как к господскому владению, подданные были вправе покинуть его, чтобы найти хозяина получше. Непроходимые леса и необъятные равнины давали возможность убежать от излишне докучливого властелина. Сама подвижность и неустойчивость социальных отношений крайне затрудняла создание и утверждение в обществе законности. Сам Иван IV, занявшись этим, вскоре оставил свою попытку. К тому же в существовавших тогда условиях подданные, желавшие противодействовать власти, не пускаясь в бега, не имели другого способа выражения своего недовольства, кроме как поддержка альтернативного правителя, то есть самозванца.

Единственным институтом, представлявшим различные слои общества, являлся в то время Земский Собор. Возросшее значение церкви особенно проявилось, когда патриарх Иов созвал собор, чтобы решить, как преодолеть кризис, вызванный внезапным концом династии. На нем трон единодушно предложили Борису Годунову, который хотя и не происходил из старейшей боярской семьи, был зятем Федора и регентом, а следовательно, очевидным кандидатом.

Обстоятельства избрания Годунова представляют определенный интерес, так как отмечают тот момент, когда царь и народ могли выработать некий договор. Годунов несколько раз отказывался от предлагаемого ему трона. По мнению историка Ключевского, участвовавшие в работе собора бояре полагали, что он примет грамоту, определяющую пределы его власти. Разыграв «комедию молчания», отказавшись как от короны, так и от подписания какой-либо грамоты, ограничивающей власть царя, Годунов поставил собор в безвыходное положение: его участники должны были либо предложить ему традиционно неограниченную власть вотчинника, либо открыть путь к потенциально разрушительной борьбе за трон. Нет ничего удивительного в том, что делегаты поставили на первое место стабильность, и Годунов стал царем без каких-либо ограничений его власти. Ключевский не одобряет подобное поведение Годунова: «Борис был не наследственный вотчинник Московского государства, а народный избранник, начинал особый ряд царей с новым государственным значением. Чтобы не быть смешным или ненавистным, ему следовало и вести себя иначе, а не пародировать погибшую династию с ее удельными привычками и предрассудками».

Таким образом, большинство боярских родов с самого начала были недовольны новым царем. Основную поддержку оказала Борису служилая знать, обеспокоенная тем, что многие крестьяне уходят к более богатым хозяевам или в монастыри, соблазненные лучшими условиями. Борис отреагировал на жалобы тем, что ограничил право крестьян на переход и облегчил процедуру возвращения «беглых». При этом он попытался установить жесткий контроль над казаками и мелкими землевладельцами южных приграничных регионов.

Раскол в обществе усиливался, и Борис поручал слугам шпионить за своими соперниками и врагами: некоторых заточил в тюрьму, других убил, третьих сослал в отдаленные районы страны. Ссылки, конфискации и казни множились, напоминая о зловещих временах Ивана IV, прозванного Грозным. Все эти несчастья можно было бы стерпеть от царя, получившего трон по наследству, но Бориса избрали, а из этого следовало — его можно заменить. Последней каплей стали неурожайные 1601–1603 годы.

Не пришлось долго ждать и претендента на престол, объявившего, что он является сыном Ивана IV, Дмитрием, избежавшим смерти в Угличе. К нему тут же потянулись многочисленные и разнообразные сторонники: бояре, завидовавшие Годунову, служилые люди, желавшие получить поместья побольше, казаки, намеревавшиеся вернуть былые свободы, крестьяне, ожидавшие освобождения от налогов. Хотя представители всех слоев и объединились под одним знаменем, их интересы и стремления были противоречивы. И никакой правитель — сколь бы искусным он ни был — не сумел бы свести их воедино. Однако внезапная смерть Бориса в апреле 1605 года открыла ворота столицы прежде, чем разногласия удалось преодолеть.

Хаос усугубился иностранной интервенцией — польско-литовской и шведской. Желая воспользоваться слабостью грозного восточного соседа, эти государства послали войска для подкрепления собственных территориальных, религиозных и династических притязаний. На протяжении нескольких последующих лет Московию раздирали боярские междоусобицы, социальные перевороты и войны. Властвовали или боролись за власть три самозванца: один ведущий боярин, Боярская Дума, один польский князь и триумвират из представителей служилой знати. Этот период в истории России получил название Смутного времени.