Московское командование спешно готовило армию к решающему сражению с королевскими войсками. На выручку Смоленску должны были выступить главные силы. В соответствии с традицией, главную армию могли возглавить либо сам царь, либо старшие бояре думы. Таковыми были князь Федор Мстиславский и конюший боярин князь Дмитрий Шуйский.

Царю Василию предстоял трудный выбор. Народ чествовал Скопина как героя и ждал, что он будет назначен главнокомандующим. Но было очевидно, что новые победы Скопина неизбежно повысят его шансы на обладание короной.

Братья царя не скрывали тревоги. Царь Василий не имел детей, и его брат Дмитрий готовился использовать это обстоятельство. Чин конюшего боярина, пожалованный Дмитрию, имел особое значение. В качестве «начального боярина» конюший в периоды междуцарствия наделялся особыми прерогативами. По свидетельству папского легата Антонио Поссевино, в Московском государстве конюшие обладали правом выбора царя, когда трон был вакантен. Еще более определенно высказался знаток московских порядков дьяк Григорий Котошихин: «А кто бывает конюшим, и тот первый боярин чином и честью; и когда у царя после его смерти не останется наследия, кому быть царем кроме того конюшего? Иному царем быти некому, учинили бы его царем и без обирания».

Конюший Дмитрий Шуйский надеялся унаследовать трон после смерти брата. Однако стремительная карьера Скопина грозила расстроить его планы. Стоя на городском валу и наблюдая торжественный въезд Скопина, Дмитрий не удержался и воскликнул: «Вот идет мой соперник!»

Дмитрий использовал все средства, чтобы скомпрометировать воеводу. Явившись к монарху, он обвинил Скопина в стремлении захватить власть и в решении, принятом по собственному усмотрению, о передаче шведам ряда замков и земель в обмен на военную помощь. Такое обвинение затрагивало патриотические чувства народа. Договор, заключенный Скопиным со шведами, предусматривал передачу им Карелии. Покушение на территориальную целостность страны всегда влекло за собой обвинение в государственной измене.

Царь Василий будто бы защищал воеводу. Дело дошло до ссоры, и самодержец якобы ударил брата посохом. Вскоре монарх поручил Скопину и еще двум боярам разработать вместе с Делагарди план предстоящей военной кампании. Шведы потребовали предварительно передать им все обещанные земли. Под этим предлогом Делагарди отказался участвовать в совещании. Демарш шведского главнокомандующего поставил Скопина в затруднительное положение.

Боярская Москва задала в честь Скопина пир, длившийся много дней. В конце апреля после очередного празднества воевода почувствовал себя плохо и вскоре скончался.

На страницах Дневника похода Сигизмунда III под Смоленск находим самое раннее известие о кончине Скопина. 3 мая 1610 г. составитель Дневника пометил: «…жена Дмитрия Шуйского отравила его на крестинах, каким образом, это еще не известно, но он болел две недели и не мог оправиться». Сведения были получены поляками от двух московских детей боярских перебежчиков, прибывших из Можайска.

Князь Михаил умер, согласно панихидной записи Кремлевского Архангельского собора, 23 апреля, а значит, заболел 9 апреля 1610 г. Гетман Жолкевский в Записках воспроизвел версию о насильственной смерти Скопина: он «умер отравленный (как сперва носились слухи) по изветам Шуйского, вследствие ревности, бывшей между ними». Позднее гетман сделал важную оговорку: «…между тем, если начнешь расспрашивать, то выходит, что он умер от лихорадки». Первые известия Жолкевский получил из тех же источников, что и Сигизмунд III. Но в сентябре 1610 г., по прибытии в Москву, он виделся с Воротынским, Шуйскими и с женой Дмитрия Екатериной. Жолкевский увез братьев Шуйских и Екатерину в Польшу. В пути он имел возможность подолгу беседовать с ними. Понятно, что пленники старались оправдать себя.

Из «Рукописи Филарета» следует, что Скопин был в доме Воротынского на крестинах его сына: «…разболеся сей храбрый и разсмотрительный воевода князь Михаил Васильевич, и умре, глаголют убо неции, яко отравлен бысть, на крестинном пиру, у князя Ивана Михайловича Воротынского, егда крести сына своего Алексея, от князя Дмитреевы жены Ивановича Шуйского, от княгини Екатерины, в вине на перепиванье. И тако едва дойде до монастырню пазуху, потом пустися руда из носа и изо рта…» В окончательной редакции «Рукописи Филарета» все сведения об отравлении Скопина были тщательно вычеркнуты.

Если верить русским источникам, дочь Малюты Екатерина Скуратова поднесла князю Михаилу кубок вина с ядом «на перепиванье», когда гость основательно перепил.

Некогда такой вид смерти царь Иван IV выбрал для своего двоюродного брата князя Владимира Старицкого, последнего из членов династии, который мог оспорить трон у царских сыновей. По его приказу Малюта Скуратов, отец Екатерины, поднес князю Владимиру чашу с отравленным вином.

Может быть, Скопин не выдержал многодневных пиров в свою честь и умер с перепоя? Такое предположение сомнительно. Князю исполнилось 24 года, и он был в расцвете сил. Молодой человек был рослым и обладал недюжинной физической силой. Для умершего не сразу нашли подходящий гроб, так как даже самые большие из готовых гробов оказались малы.

Почувствовав себя плохо, Скопин сумел добраться до монастыря, где к нему были вызваны немецкие доктора. Проболев две недели, он скончался. По польской версии, причиной смерти была лихорадка — жар, высокая температура. Но почти все русские источники упоминают о сильном кровотечении из носа и рта как непосредственной причине смерти.

Придворный летописец Романовых записал толки о гибели героя, но оговорился, что истины он не знает. Столь же осторожен Авраамий Палицын. Мало поболев, отметил он, воевода «к Господу отъыде, но не вемы убо, како реши, Божий ли суд нас постиже, или злых человек умышление совершися. Единый создавый нас весть». Враждебный царю Василию псковский летописец винил в смерти Скопина не самого государя, а его братьев.

Монарх пролил слезы над гробом племянника и приказал похоронить его в Архангельском соборе Кремля с царскими почестями.

Память о Скопине отразилась в исторических песнях. В 1618 г. в Москву прибыл священник Ричар Джеймс, бакалавр Оксфорда, сопровождавший королевских послов. Для него была сделана запись русских песен, одна из которых — плач по Скопине. В народе о нем плакали и московиты, и «свейские немцы». Князья Мстиславский и Воротынский горюют о славном воеводе и приговаривают, что взлетел он высоко, но летал недолго:

В другой песне описаны крестины у Воротынского, на которых кум — «правитель царства Московскаго» князь Скопин, а кума — жена князя Дмитрия Шуйского. За столом бояре хвалились силой и богатством, а Скопин — тем, что очистил Московское царство. Обиженные бояре подсыпали зелья в кубок со сладким медом, а жена Дмитрия Шуйского поднесла отравленную чашу.

Смерть Скопина-Шуйского роковым образом сказалась на положении дел в армии и стране. Прокофий Ляпунов обратился с посланием к городам. Он возложил всю ответственность за смерть Скопина на царя Василия и призвал не повиноваться ему. Рязань и ее пригороды, занятые ратниками Ляпунова, отложились от Москвы.