Одним из источников фабулы повести послужил роман знаменитого британского фантаста Герберта Уэллса «Пища богов». Там речь идет о чудесной пище, ускоряющей рост живых организмов и развитие интеллектуальных способностей у людей-гигантов, причем рост духовных и физических возможностей человечества приводит в романе к более совершенному миропорядку и столкновению мира будущего и мира прошлого — мира гигантов с миром пигмеев. У Булгакова, однако, гигантами оказываются не интеллектуально продвинутые человеческие индивидуумы, а особо агрессивные пресмыкающиеся. В «Роковых яйцах» отразился и другой роман Уэллса — «Борьба миров», где завоевавшие Землю марсиане внезапно гибнут от земных микробов. Та же участь ждет полчища подступивших к Москве пресмыкающихся, которые становятся жертвой фантастических августовских морозов.

Среди источников повести есть и более экзотические. Так, живший в Коктебеле, в Крыму, поэт Максимилиан Волошин прислал Булгакову вырезку из одной феодосийской газеты 1921 года, где говорилось «о появлении в районе горы Кара-Даг огромного гада, на поимку которого была отправлена рота красноармейцев». Послуживший прототипом Шполянского в «Белой гвардии» писатель и литературовед Виктор Борисович Шкловский в своей книге «Сентиментальное путешествие» (1923) приводит слухи, циркулировавшие в Киеве в начале 1919 года и наверняка питавшие булгаковскую фантазию:

«Рассказывали, что у французов есть фиолетовый луч, которым они могут ослепить всех большевиков, и Борис Мирский написал об этом луче фельетон „Больная красавица“. Красавица — старый мир, который нужно лечить фиолетовым лучом. И никогда раньше так не боялись большевиков, как в то время. Рассказывали, что англичане — рассказывали это люди не больные — что англичане уже высадили в Баку стада обезьян, обученных всем правилам военного строя. Рассказывали, что этих обезьян нельзя распропагандировать, что идут они в атаки без страха, что они победят большевиков.

Показывали рукой на аршин от пола рост этих обезьян. Говорили, что когда при взятии Баку одна такая обезьяна была убита, то ее хоронили с оркестром шотландской военной музыки и шотландцы плакали.

Потому что инструкторами обезьяньих легионов были шотландцы.

Из России дул черный ветер, черное пятно России росло, „больная красавица“ бредила».

У Булгакова страшный фиолетовый луч пародийно превращен в красный луч жизни, наделавший тоже немало бед. Вместо похода на большевиков чудесных боевых обезьян, будто бы привезенных из-за границы, у Булгакова к Москве подступают полчища гигантских свирепых гадов, вылупившихся из присланных из-за границы яиц.

Обратим внимание, что существовала первоначальная редакция повести, отличная от опубликованной. 27 декабря 1924 года Булгаков читал «Роковые яйца» на собрании литераторов при кооперативном издательстве «Никитинские субботники». 6 января 1925 года Берлинская газета «Дни» в рубрике «Российские литературные новости» откликнулась на это событие:

«Молодой писатель Булгаков читал недавно авантюрную повесть „Роковые яйца“. Хоть она литературно незначительна, но стоит познакомиться с ее сюжетом, чтобы составить себе представление об этой стороне российского литературного творчества.

Действие происходит в будущем. Профессор изобретает способ необыкновенно быстрого размножения яиц при помощи красных солнечных лучей… Советский работник, Семен Борисович Рокк, крадет у профессора его секрет и выписывает из-за границы ящики куриных яиц. И вот случилось так, что на границе спутали яйца гадов и кур, и Рокк получил яйца голоногих гадов. Он развел их у себя в Смоленской губернии (там и происходит все действие), и необозримые полчища гадов двинулись на Москву, осадили ее и сожрали. Заключительная картина — мертвая Москва и огромный змей, обвившийся вокруг колокольни Ивана Великого».

Вряд ли отзывы посетителей «Никитинских субботников», большинство из которых Булгаков и в грош не ставил, могли заставить писателя изменить финал повести. В том, что первый, «пессимистический», конец повести существовал, сомневаться не приходится. Сосед Булгакова по «нехорошей квартире» писатель Владимир Лёвшин (Манасевич) приводит тот же вариант финала, будто бы сымпровизированный Булгаковым в телефонном разговоре с издательством «Недра». Тогда текст финала еще не был готов, но Булгаков, сочиняя на ходу, делал вид, что читает по написанному: «…Повесть заканчивалась грандиозной картиной эвакуации Москвы, к которой подступают полчища гигантских удавов». Отметим, что, по воспоминаниям секретаря редакции альманаха «Недра» П.Н.Зайцева, Булгаков сразу передал сюда «Роковые яйца» в готовом виде, и, скорее всего, воспоминания Лёвшина о «телефонной импровизации» — ошибка памяти. Между прочим, о существовании «Роковых яиц» с другим финалом сообщала Булгакову анонимная корреспондентка в письме 9 марта 1936 года. Не исключено, что вариант финала был записан кем-то из присутствовавших на чтении 27 декабря 1924 года и позднее попал в самиздат.

Интересно, что реально существовавший «пессимистический» финал почти буквально совпал с тем, который был предложен Максимом Горьким уже после опубликования повести, вышедшей в свет в феврале 1925 года. 8 мая он писал литератору Михаилу Слонимскому: «Булгаков очень понравился мне, очень, но он не сделал конец рассказа. Поход пресмыкающихся на Москву не использован, а подумайте, какая это чудовищно интересная картина!»

Вероятно, Булгаков изменил концовку повести из-за явной цензурной неприемлемости варианта финала с оккупацией Москвы полчищами гигантских пресмыкающихся.

Цензуру, кстати сказать, «Роковые яйца» проходили с трудом. 18 октября 1924 года Булгаков записал в дневнике:

«Я по-прежнему мучаюсь в „Гудке“. Сегодня день потратил на то, чтобы получить 100 рублей в „Недрах“. Большие затруднения с моей повестью-гротеском „Роковые яйца“. Ангарский подчеркнул мест 20, которые надо по цензурным соображениям изменить. Пройдет ли цензуру. В повести испорчен конец, потому что писал я ее наспех».

На счастье писателя, цензура видела в походе гадов на Москву только пародию на интервенцию 14 государств против Советской России в годы Гражданской войны (гады-то иностранные, раз вылупились из заграничных яиц). Поэтому взятие полчищами пресмыкающихся столицы мирового пролетариата воспринималось цензорами лишь как опасный намек на возможное поражение СССР в будущей войне с империалистами и разрушение Москвы в этой войне. А курий мор, против которого сопредельные государства устанавливают кордоны, это революционные идеи СССР, против которых Антанта провозгласила политику санитарного кордона.

Однако на самом деле «дерзость» Булгакова, за которую он опасался попасть в «места не столь отдаленные», заключалась совсем в другом. Главный герой повести — профессор Владимир Ипатьевич Персиков, изобретатель красного «луча жизни», с помощью которого выводятся на свет чудовищные пресмыкающиеся. Красный луч — это символ социалистической революции в России, совершенной под лозунгом построения лучшего будущего, но принесшей террор и диктатуру. Гибель Персикова во время стихийного бунта толпы, возбужденной угрозой нашествия на Москву непобедимых гигантских гадов, олицетворяет ту опасность, которую таил начатый Лениным и большевиками эксперимент по распространению «красного луча» сначала в России, а потом и во всем мире.