Монахине и шлиссельбургской узнице удалось тогда пережить недолгое время триумфа. Она снова стала для своих внуков «государыней бабушкой», а для окружающих — царицей. Жизнь наполнилась понятными житейскими радостями, признанием и почтением внуков — императора и великой княжны, которых можно было порадовать маленькими подарками и гостинцами. Даже вчерашние враги и гонители униженно искали ее «ласкательства». Вокруг царицы Евдокии снова был двор, созданный по указу Верховного тайного совета. Но и это время оказалось недолгим… Один за другим умерли сначала внучка — великая княжна Наталья Алексеевна, а затем внук — император Петр II. Такой удар судьбы, когда окончательно рухнули надежды на продолжение династии, оказался ей уже не по силам. Говорили, что царица Евдокия была соперницей в правах на престол императрицы Анны Иоанновны — дочери соправителя Петра I царя Ивана Алексеевича, но вряд ли. На императорский трон в итоге вступила ровесница несчастного царевича Алексея Петровича, загубленного своим отцом Петром I. Царица Евдокия только и успела, что приветствовать ее коронацию в Москве. Императрица Анна Иоанновна продолжала по-царски содержать двор бывшей царицы Евдокии, но для нее самой пошел уже последний год жизни…

Жизнеописание царицы Евдокии Федоровны Лопухиной впервые явилось на авансцене общественного интереса на рубеже 1850–1860-х годов. Дело ее сына царевича Алексея Петровича до этого времени было тщательно охраняемой династической тайной. Никто открыто не вспоминал о том, как царь Петр расправился со своим запуганным сыном, вынужденным бежать за границу, и о том, как к мнимому заговору царевича Алексея были добавлены «вины» царицы Евдокии, перед этим на двадцать лет вычеркнутой царем Петром из памяти. Даже материалы следствия о беглом сыне Петра I и розыска о его матери хранились в Государственном архиве Российской империи в разделе «Секретнейшие дела».

Впервые документы по делу царевича Алексея подробно исследовал академик Николай Герасимович Устрялов в «Истории царствования Петра Великого». В ходе работы над большим трудом по истории Петровской эпохи он собрал и опубликовал много материалов как из российских, так и из зарубежных архивов, исчерпывающе иллюстрировавших ход громкого дела, окончившегося смертью старшего сына царя Петра. Выход шестого тома, полностью посвященного делу царевича Алексея, был задержан цензурой, и при появлении в свет в 1859 году он даже несколько нарушил задуманную последовательность издания «Истории царствования Петра Великого» (1858–1863). Естественно, что на страницах этого труда оказались страницы, посвященные и царице Евдокии. Материалы Суздальского розыска 1718 года вошли в приложение к шестому тому наряду с основным корпусом материалов по делу царевича Алексея. Впрочем, вмешательство цензуры не прошло бесследно, ряд документов подвергся в публикации Н.Г. Устрялова недопустимой правке, искажающей обстоятельства побега царевича Алексея за границу и «смягчавшей» сведения о недовольстве бояр царем Петром. Видимо, изъятия в тексте источников были сделаны историком в расчете на спасение всего замысла «Истории…». Последнее обстоятельство уже получило справедливую оценку в историографии, хотя суровость приговора с позиций современной науки не отменяет главного: академик Устрялов стал первооткрывателем научной истории царствования Петра.

Критиковали «Историю царствования Петра Великого» и по другому поводу: за академическую сухость изложения, отсутствие достаточного внимания к тем сюжетам, которые были интересны широкой читательской публике. Восполнить пробелы взялся молодой офицер, преподаватель и литератор Михаил Иванович Семевский (будущий издатель «Русской старины»). Он тоже работал в Государственном архиве с документами дела царевича Алексея и многими другими «тайными» материалами Петровской эпохи. Семевский выбирал самые громкие темы, привлекавшие общий интерес в истории царствования Петра I, рассказывал о деле царевича Алексея и Тайной канцелярии, Анне Монс, царице Прасковье Федоровне и царице Екатерине I. В ряду этих «популярных» трудов в журнале «Русский вестник» в 1859 году был опубликован большой биографический очерк Семевского о первой жене Петра — «Авдотья Федоровна Лопухина». Здесь были впервые опубликованы Манифест 1718 года по Суздальскому розыску и письма царицы Евдокии, конфискованные следствием по ее делу. Сам М.И. Семевский впоследствии снисходительно относился к своим первым журнальным работам, раскрывавшим скрытые обстоятельства истории семьи царя Петра, и не придавал этим очеркам большого значения. Из-за быстроты, с которой одна за другой появлялись его статьи, а также из-за отсутствия у автора специальной подготовки не считали их достойными внимания и историки из числа университетской профессуры, представлявшие официальную науку. Но во многом именно благодаря Михаилу Ивановичу Семевскому в 1860 году цензура разрешила историкам писать обо всех обстоятельствах истории царствования и жизни Петра Великого. Семевский же получил славу борца с «устряловщиной». Он имел полное право написать: «…администрация наша уступала лишь не иначе как с боя, шаг за шагом поле исследователю отечественной новейшей истории…»

В 1860–1870-х годах университетской науке и литературным журналам больше уже не было смысла соревноваться в открытии неизвестных обстоятельств царствования Петра Великого. Освобожденные от цензурных пут историки, особенно Сергей Михайлович Соловьев на страницах своей «Истории России с древнейших времен», подробным образом рассказали о времени царствования Петра I и его наследников, больше не скрывая имени царицы Евдокии. И она, изначально вычеркнутая из русской истории, снова возвратилась в нее, стала, как и положено, значимой фигурой своей эпохи. Отдельного упоминания заслуживает том «Переписки русских государей», опубликованный в 1862 году, куда вошли письма царевича Алексея и царицы Евдокии Федоровны Петру I и ее внуку Петру II, а также материалы о ее шлиссельбургском заточении.

Молчание о царице Евдокии сменилось явным сочувствием, с которым говорили о ней историки. Без упоминания ее имени уже трудно было представить новейшую историю петровского царствования. Вот что написал о своем отношении к царице С.М. Соловьев в одном из томов «Истории России с древнейших времен» (1864):

«Еще прежде сестер Софьи и Марфы Петр постриг жену свою, царицу Евдокию Федоровну. Из известного нам образа жизни Петра с его компаниею, Петра — плотника, шкипера, бомбардира, вождя новой дружины, бросившего дворец, столицу для беспрерывного движения, — из такого образа жизни легко догадаться, что Петр не мог быть хорошим семьянином. Петр женился, т. е. Петра женили в 17 лет, женили по старому обычаю, на молодой, красивой женщине, которая могла сначала нравиться. Но теремная воспитанница не имела никакого нравственного влияния на молодого богатыря, который рвался в совершенно иной мир; Евдокия Федоровна не могла за ним следовать и была постоянно покидаема для любимых потех. Отлучка производила охлаждение, жалобы на разлуку раздражали. Но этого мало; Петр повадился в Немецкую слободу, где увидал первую красавицу слободы, очаровательную Анну Монс, дочь виноторговца. Легко понять, как должна была проигрывать в глазах Петра бедная Евдокия Федоровна в сравнении с развязною немкою, привыкшею к обществу мужчин, как претили ему приветствия вроде: лапушка мой, Петр Алексеевич! — в сравнении с любезностями цивилизованной мещанки. Но легко понять также, как должна была смотреть Евдокия Федоровна на эти потехи мужа, как раздражали Петра справедливые жалобы жены и как сильно становилось стремление не видать жены, чтоб не слыхать ее жалоб».