В книге «Экспедиции и приключения капитана Бартоломью Шарпа и других в Южном море», изданной в Лондоне в 1684 году, анонимный автор предисловия опроверг это утверждение Эксквемелина и заявил: «…определенно известно, что он [Морган] происходил из почтенной семьи в Монмутшире и впервые отплыл из Англии с армией генерала Венейблса, целью которой был захват Эспаньолы и Ямайки».

Джордж Томас Кларк, написавший солидный труд «Limbus Patrum Morganiae et Glamorganiae» («Генеалогии старых родов из маноров Морган и Гламорган», 1867), доказывал, что Генри Морган был старшим сыном Роберта Моргана, который, в свою очередь, являлся третьим сыном Уильяма Моргана из Лланримни (округ Ньюпорта, Уэльс).

Доктор Ллевелин Уильямс категорически отверг приведенные выше утверждения Кларка, сочтя их выдумкой. Во-первых, он обратил внимание на то, что Роберт Морган был выходцем из Лондона, а не из Лланримни. Во-вторых, в завещании Генри Моргана (июнь 1688 года) упоминается его кузен «мистер Томас Морган из Тредегара». В августе 1672 года Уильям Морган, владелец Тредегар-хауса (ныне — в городской черте Ньюпорта), в письме секретарю Тайного совета сэру Джозефу Уильямсону назвал Генри Моргана «родственником и в прошлом близким соседом», из чего можно заключить, что он родился и жил где-то возле Тредегара, в округе Ньюпорта. В-третьих, Кларк утверждал, что вторым сыном Роберта Моргана был Томас Морган из Ллангатока, умерший в 1670 году в возрасте семидесяти трех лет. Если учесть, что Томас родился в 1597 году, то Генри должен был родиться еще раньше — примерно в 1595 году. В таком случае он попал бы в Вест-Индию не молодым человеком, а почти семидесятилетним старцем, что совершенно абсурдно. В-четвертых, Уильямс указал на еще одно странное утверждение Кларка, согласно которому вторым сыном Роберта Моргана — а значит, и младшим братом Генри — был сэр Томас Морган, прославленный «солдат удачи», участник Тридцатилетней войны и генерал-майор армии Кромвеля. На самом деле отцом сэра Томаса Моргана, родившегося в 1604 году, был Льюис Морган из Ллангатока.

Фантастические изыски Кларка были приняты на веру и использованы профессором Джоном Ноксом Лофтоном при написании статьи о Генри Моргане для «Национального биографического словаря», после чего они долгое время считались хрестоматийными.

Дополнительную путаницу в родословную Генри Моргана внес Бернард Бёрк, автор изданного в 1884 году исследования «Всеобщий гербовник Англии, Шотландии, Ирландии и Уэльса». В отличие от Кларка он предположил, что знаменитый флибустьер мог быть одним из сыновей не Роберта, а Льюиса Моргана из Ллангатока. Но такое предположение вновь превращало Генри Моргана в родного брата генерал-майора сэра Томаса Моргана и было решительно отвергнуто всеми здравомыслящими историками.

Американский исследователь-генеалогист Джеймс Эплтон Морган, издавший в Нью-Йорке в 1902 году «Историю семьи Морган с 1089 года по настоящее время», повторил часть нелепостей Кларка относительно сэра Генри, однако дедом Генри Моргана по отцу он назвал не Уильяма Моргана, а «Томаса Моргана из Лланримни».

Исследуя родословную сэра Генри, Ллевелин Уильямс обратил внимание на то, что в его завещании 1688 года упоминается сестра Кэтрин Ллойд, однако ничего не говорится о родных братьях.

Несмотря на скудость документальных источников, доктор Уильямс все же предпринял попытку выяснить, где и в какой семье мог родиться сэр Генри. Он вновь обратился к завещанию последнего, в котором упомянуты два его земельных владения на Ямайке — Лланримни (близ Порт-Мэри) и Пенкарн (в старом приходе Сент-Джордж). Название Лланримни, очевидно, объяснялось тем, что жена сэра Генри, Мария Елизавета Морган, была второй дочерью его дяди — генерал-лейтенанта сэра Эдварда Моргана, второго сына Томаса Моргана из манора Лланримни. По завещанию, написанному в марте 1665 года, сэр Эдвард оставил дом в Лондоне и «притязания на Лланримни» своей дочери Марии Елизавете, которая вскоре вышла замуж за Генри Моргана. «Но почему Генри Морган назвал свое второе ямайское поместье Пенкарном?» — задается вопросом Уильямс. И отвечает так: Пенкарн был старым особняком, принадлежавшим Морганам из Тредегара, который находился в приходе Басаллег, недалеко от «исторического дома» Морганов. В 1595 году в Пенкарне проживала какая-то ветвь Морганов, вскоре угасшая, и остается неясным, когда новая ветвь Морганов поселилась там снова. «Я, однако же, рискну предположить, — писал Уильямс, — что сэр Генри Морган мог быть сыном младшего сына Томаса Моргана из Мэкена и Тредегара, завещание которого было составлено в 1603 году; и что ветвь Морганов, из которой происходил Генри Морган, могла поселиться в Пенкарне в начале семнадцатого столетия. Таким образом, Генри Морган мог быть “близким соседом” [Уильяма] Моргана из Тредегара».

Версия доктора Уильямса представляется достаточно логичной, хотя и она не дает точного ответа на вопрос, кем же были родители сэра Генри и в каком именно валлийском селении он мог появиться на свет.

Один из биографов Моргана, Эрнест Александр Крейксханк, придерживался мнения, что его отцом был сквайр Роберт Морган, который мог родиться около 1615 года и являлся представителем младшей ветви «Морганов из Тредегара». Он имел двоих братьев — Томаса Моргана и Эдварда Моргана, которые, соответственно, приходились Генри дядями. Эту точку зрения разделяет Дадли Поуп, автор книги «Путь Гарри Моргана: Биография сэра Генри Моргана» (1977).

Другой биограф сэра Генри, Терри Бревертон (опираясь, видимо, на данные Джеймса Э. Моргана), писал, что его дедом был Томас Морган из Лланримни-Холла, который женился на Кэтрин Герберт из Коган-Пилла и имел от нее восьмерых детей. Мальчиков звали Уильям (именно он унаследовал имение), Эдвард и Роберт, а дочерей — Кэтрин, Элизабет, Бланш, Мэри и Джейн. Роберт стал отцом Генри Моргана. У Генри имелись также сестра Кэтрин и брат Томас; последний «положил начало семейной ветви Ллангатоков».

К сожалению, версии Крейксханка, Поупа и Бревертона тоже не подкреплены надежными документальными свидетельствами.

Точные даты рождения и крещения Генри Моргана неизвестны. 2 (12) декабря 1671 года он заявил под присягой, что ему «тридцать шесть лет или около того» (в протоколе Совета Ямайки, датированном 21 (31) декабря 1671 года, его возраст указан более определенно — 36 лет). Таким образом, Морган должен был родиться около 1635 года. Однако основатель Британского музея доктор Ганс Слоан, встречавшийся с сэром Генри незадолго до его смерти в 1688 году, определил на глазок, что тот выглядел «примерно на сорок пять лет». Если довериться информации Слоана, то Морган мог родиться около 1643 года. Все же из двух приведенных выше дат рождения Генри Моргана его биографы отдают предпочтение той, которую он сам назвал под присягой.

Как протекали детские и отроческие годы будущего героя вест-индских легенд, мы не знаем. Сам он старательно замалчивал этот период своей жизни. Лишь в одном из писем, написанном в феврале 1680 года в министерство торговли и плантаций, Морган кратко обронил: «Я оставил школу слишком рано, чтобы слыть знатоком тех или иных законов, и гораздо больше упражнялся с пикой, чем с книгой».

Из этого признания можно сделать по крайней мере два вывода: во-первых, в детстве Генри учился в школе и получил кое-какое образование; во-вторых, он рано встал на стезю воина, на которой познал секреты владения холодным и огнестрельным оружием.