После того как при помощи папы с юга Сицилии были изгнаны германцы, Констанция, вдова Генриха VI и наследница Сицилийского королевства, в ноябре 1198 года поручила Иннокентию III опеку над своим малолетним сыном Фридрихом. Чтобы обеспечить последнему сицилийскую корону, она от его имени отказалась от прав на Германию и Священную Римскую империю.

Не менее искусную дипломатическую игру папа вел во время борьбы за императорский престол между Гогенштауфенами и Вельфами, развернувшейся в 1198–1209 годах.

В борьбе за трон соперничали две партии: одна избрала Филиппа Швабского, брата Генриха VI, другая – Вельфа Оттона Брауншвейгского, сына Генриха Льва. На стороне Филиппа Швабского были воспоминания о его предках-императорах, их владения, поддержка большей части князей и французского короля Филиппа-Августа. Среди влиятельных покровителей у Оттона был только его дядя Ричард Львиное Сердце, поэтому он старался приобрести расположение папы.

Папа решил выступить в роли судьи в этом споре. Иннокентий «освобождал» князей, епископов и даже отдельных горожан от присяги императору и призывал всех поддерживать лишь того кандидата, который признает за папством право утверждения и даже избрания германского императора.

Иннокентий выступил против Филиппа Швабского под предлогом заботы папства о «свободе» германского народа. Если Филипп станет императором, утверждал Иннокентий, то в Германии упрочится династия Гогенштауфенов и «свобода Германии», заключающаяся в праве князей избирать по собственной воле императора, погибнет и уступит место наследственной монархии, что явится смертельным ударом для германской свободы.

В марте 1201 года Иннокентий призвал признать императором Оттона Брауншвейгского и освободил от клятвы верности приверженцев Филиппа. Оттон в ответ поклялся сохранять в целости «владения, регалии и права Римской церкви», в том числе и наследство Матильды.

Однако Филипп продолжал борьбу, и в 1206 году ему удалось отвоевать у Оттона Брауншвейгского его столицу Кельн. Иннокентий III вынужден был вступить с Филиппом Швабским в переговоры и признать его права на престол. Но уже в июне 1208 года Филипп погиб в Бамберге от руки пфальцграфа Оттона Виттельсбахского, которому он отказал в руке своей дочери.

Иннокентий III оказался в затруднительном положении, выйти из которого ему помог Оттон Брауншвейгский. Чтобы привлечь на свою сторону приверженцев Гогенштауфенов, Оттон женился на дочери Филиппа Швабского, Беатрисе; а для того, чтобы удовлетворить Иннокентия III, принял титул императора «милостью Божьей и папы».

В октябре 1209 года Оттон был коронован в Риме. Почувствовав силу, он быстро забыл все свои обещания и клятвы. Оттон овладел землями маркграфини Матильды и напал на владения сицилийской короны в Южной Италии. Лишенный своих светских владений, Иннокентий III обратился к французскому королю Филиппу-Августу и заключил с ним союз.

В ноябре 1210 года папа отлучил Оттона от церкви и освободил его подданных от клятвы верности. С той же энергией, с которой он несколько лет назад защищал Оттона, теперь создавал коалицию против него.

В сентябре 1211 года король богемский, герцоги Австрийский и Баварский, ландграф тюрингский и другие князья, собравшись в Нюрнберге, избрали Фридриха императором Германии. Иннокентий утвердил этот выбор, хотя раньше выступал против того, чтобы Сицилия и Германия оказались в одних руках. Однако вызывающее поведение Оттона заставило его забыть о непосредственном интересе Святого престола.

В марте 1212 года Фридрих прибыл в Рим; он присягнул на верность Иннокентию III за Сицилийское королевство. Затем 9 декабря 1212 года принял корону Германии.

Однако Иннокентию все-таки удалось обезопасить папский престол, получив от Фридриха ленную присягу в отношении Сицилии. Фридриху пришлось также уступить папству и ряд привилегий в нарушение Вормсского конкордата. Обширнейшие архиепископские и монастырские земли выпадали из-под власти императора и в военном смысле, и в финансовом. Поэтому предоставление папе права назначения духовных князей равносильно было подрыву императорской мощи и созданию грозной опасности внутри империи со стороны зависимых от папы прелатов церкви.

Иннокентий III воспользовался борьбой между Капетингами и Плантагенетами для подчинения Англии. Когда освободилась кентерберийская архиепископская кафедра, Иннокентий III, несмотря на противодействие Иоанна Безземельного, отдал ее Стефану Лангтону (1206), затем наложил интердикт на Англию, отлучил короля от церкви, объявил его низложенным и предложил английскую корону Филиппу-Августу. Вынужденный уступить, Иоанн Безземельный отдал Римской церкви Англию и Ирландию и принял их обратно как лен (1213).

Но Англия не хотела делить унижение со своим королем. Во время своей борьбы с баронами и народом вынужденный подписать Великую хартию (1215) Иоанн Безземельный обратился к папе за помощью. Иннокентий III заступился за него.

Англия была надолго превращена в вассальное государство римского престола.

Одним из важнейших направлений международной политики Иннокентия III была организация новых крестовых походов, теперь уже не только против «неверных» мусульман, но и против «язычников» – прибалтийских народов и славян Восточной Европы, а также против еретиков, не признававших папской власти. Денежные сборы, проводившиеся под благочестивыми предлогами (для финансирования Крестовых походов), фактически обогащали папскую казну; проповедь этих походов служила усилению папского авторитета; действительной целью Крестовых походов в глазах папы было сокрушение его врагов и подчинение власти Папской курии новых народов и областей.

По инициативе Иннокентия III был организован Четвертый крестовый поход на Восток (1202–1204). Иннокентий III увидел в этом удобный случай реализовать старые антивизантийские замыслы Папской курии; он рассчитывал, создав угрозу Константинополю, добиться подчинения греческой церкви католическому Риму.

Хитроумные интриги Венеции, не без участия тайной дипломатии Иннокентия III, привели этот поход к совершенно «неожиданным» результатам: вместо Египта, являвшегося официальной целью похода, рыцари креста, «уклонившиеся с пути», разгромили сперва далматинский город Задар, а затем направились к византийской столице. Иннокентий III если не формально, то по существу одобрил перемену направления крестоносной экспедиции. Приличия ради, однако, папа грозил крестоносцам церковными мерами в случае, если они поднимут меч на христианский Константинополь. В 1204 году рыцари креста захватили и жестоко разграбили столицу Византийской империи. Здесь было образовано новое государство крестоносцев – Латинская империя. Взятие Константинополя папа тотчас объявил «чудом божьим».

От разгрома Византийской империи больше всего выиграли венецианские купцы, нанесшие непоправимый удар своей торговой сопернице. Надежды же Иннокентия III на подчинение греческой церкви не оправдались. Ни проповедью, ни силой папство не сумело навязать унию греческому населению ненавистной Латинской империи.

Иннокентий III был также инициатором крестового похода против южно-французских еретиков – альбигойцев, закончившегося страшным разгромом юга Франции. Тот же папа призвал немецкое рыцарство к походу против язычников-ливов и утвердил в Восточной Прибалтике духовно-рыцарский орден меченосцев для обращения прибалтийских язычников в христианство. Он проповедовал крестовый поход против мавров-мусульман в Испании, ознаменованный еврейскими погромами и победой над маврами при Лас Навас де Толоса (1212).