Осенью 1939 г. на базе Главного управления полиции безопасности и Главного управления СД было образовано Главное управление имперской безопасности (RSHA). Разведывательную работу в Литве вело VI управление РСХА (СД-Заграница SD-Ausland. — Примеч. редактора). Во главе резидентуры стоял официальный сотрудник СД, действовавший нелегально. Практическая деятельность разведывательной резидентуры СД в Литве оценивалась Берлином положительно, особенно в части приобретения источников информации в политических и военных кругах. Большую помощь СД оказывали проживавшие здесь выходцы из Германии. Стараясь сохранить видимость верной дружбы с Литвой и тесного сотрудничества, немецкие спецслужбы сумели завербовать одного из офицеров литовского военного министерства и получали непосредственно от него многие секретные материалы. Эффектно на немецкую разведку работал чиновник министерства иностранных дел Литвы Ионас Кутра (Jonas Kutra)[41].

В ноябре 1939 г. и в начале 1940 г. были установлены непосредственные связи между литовской «Жвальгибой»[42] и германским СД. Для этого были использованы личные контакты директора Департамента государственной безопасности МВД Литвы А. Повилайтиса с ответственными сотрудниками гестапо и СД и его поездка в Берлин в конце февраля 1940 г. — для ознакомления с криминалистическими лабораториями Германии. Во время этой поездки президент Литвы Антанас Сметона (Antanas Smetona) [43]поручил руководителю спецслужбы страны встретиться с представителями руководства Германии и проинформировать их о полной переориентации политики правительства Литвы, об их надеждах на помощь Германии, а также выяснить, согласится ли Германия принять Литву под свой протекторат. Он ещё не знал, что сталинское руководство СССР приняло германские «правила игры» и протокол от 28 сентября 1939 г. изъял из германской сферы влияния Литву. В Берлине к предложению президента отнеслись благосклонно. А. Повилайтису было заявлено, что Германия сможет взять Литву под свой протекторат к осени 1940 г., но во всяком случае не позднее завершения войны на западе. Одновременно А. Повилайтис заключил с гестапо соглашение о сотрудничестве в борьбе против коммунизма и агентов английской и французской разведок в Литве.

После вступления советских войск в Литву оперативные возможности СД претерпели серьёзные изменения. Несмотря на возникшие дополнительные проблемы, немецкие агенты на территории Литвы поджигали советские военные склады, торфоразработки, леса. Только в приграничном Таурагском уезде выгорело 400 га леса, в Тракайском — 200 га. До мая 1941 г. на территории Литвы было обезврежено 75 агентурных групп абвера и СД. Несмотря на потери, СД и абвер предпринимали усилия для сплочения и активизации антисоветских действий литовских патриотов-националистов. Об этом, в частности, свидетельствуют документы немецкого 800-го полка особого назначения «Бранденбург» (Brandenburg), находившегося в подчинении абвера, в которых говорится, что в Литве «организованы активисты на территории противника. Это бывшие граждане прибалтийских стран, обученные специально для подрывных акций, саботажа и охраны объектов. По данным руководителей, в настоящее время в каждом литовском населённом пункте существует такая группа». Одна рота I батальона 800-го полка особого назначения «Бранденбург», под командой лейтенанта барона Адриана фон Фолькерсама (Adrian von Foelkersam)[44], была укомплектована в основном из литовцев. Позже, уже во время войны, бойцы этого батальона успешно использовались в борьбе с советскими партизанами в Литве.

Для ведения разведывательной, контрразведывательной и диверсионной деятельности против СССР на территории занятой Литвы с ноября 1940 г. привлекались Абверштелле «Кенигсберг», «Варшава», «Краков». В июле 1940 г. в Финляндии на полуострове Sökö был создан специальный разведывательный учебный центр, в котором обучались и готовились агенты-литовцы. Их готовили для захвата железнодорожного туннеля и мостов близ Вильнюса.

В начале 1941 г. была проведена репатриация из Литвы лиц немецкой национальности. Перед отъездом немцы подготовили агентуру из местных жителей. Член репатриационной комиссии, старый офицер немецкой разведки, завербовал врача Друктейниса в качестве резидента для сбора военных сведений, передал радиопередатчик адвокату Камантаускасу, привлёк к разведывательной деятельности бывшего начальника штаба «Союза стрелков» полковника Миколаса Калмантаса-Калмантавичюса (Mykolas Kalmantas — Kalmantavičius).

Секретная диверсионная деятельность абвера во многом помогла Успешному осуществлению начального этапа операции «Барбаросса». Ещё весной 1941 г. были созданы разведывательно-диверсионные подразделения, состоящие из литовцев. В первые дни войны солдаты 800-го полка особого назначения «Бранденбург» захватили важные мосты и продержали их до подхода основных сил генерал-фельдмаршала Вильгельма фон Лееба (Wilhelm von Leeb). Абвер организовал сброс большого количества оружия литовским активистам[45]. В операциях похожего характера, целью которых было захват 24 ключевых мостов на линии наступления 17-й армии, погибло около четырёхсот обученных в абвере литовских бойцов.

После начала войны возникла необходимость иметь представительства центрального аппарата абвера ближе к театру военных действий. Такие представительства в срочном порядке были созданы в Каунасе и Вильнюсе. 15 февраля 1943 г. в Генеральный округ Литвы для борьбы с возрастающим партизанским разбоем прибыл I батальон 1-го полка абверовской дивизии «Бранденбург» (на этот момент дивизия еще не начала формироваться, а полк обозначался как 801-е соединение 800-го соединения особого назначения «Бранденбург». — Примеч. редактора).

С самого начала войны немецкая полиция безопасности и СД благоволила к Литве. В одном из документов службы безопасности Германии в сентябре 1941 г. отмечается, что в Вильнюсе можно было бы открыть университет лишь только потому, что, мол, «Литва не находится в состоянии войны с Германией».

Служебный жетон сотрудника самым жестоким мерам против немецкой криминальной полиции