Первоначально административные функции в Польше находились в руках немецкого военного командования. Однако своим администрированием в Польше вермахт не оправдал ожиданий Гитлера: он был раздосадован цивилизованным обращением с поляками, поэтому СС получили полномочия по переселению фольксдойч из Прибалтики в Польшу. В диком и хаотичном изгнании поляков с их родных мест ради поселения фольксдойч руководство вермахта усмотрело угрозу военным интересам Германии. Этот конфликт компетенций стал одной из причин кризиса в отношениях между Гитлером и частью руководства вермахта. Ради прекращения этого конфликта Гитлер передал все административные полномочия Гансу Франку, ставшему генерал-губернатором Польши. Армия с облегчением узнала о передаче административных функций в Польше в октябре 1939 г. гражданской администрации (на самом же деле, компетенции в этой сфере перехватили СС, с которыми конкурировали Франк, Геринг и другие инстанции). Гитлер и его окружение считали, что вермахт не в состоянии создать на оккупированной территории и политически подпитывать новую власть — это уже говорит о том, что целиком унифицированным нацистами вермахт считать нельзя. Такое же недоверие к вермахту Гитлер часто проявлял и во время войны на Восточном фронте.

Руководство вермахта лишилось всех полномочий в Польше, но командующий немецкими войсками в Польше генерал-полковник Иоханнес Бласковиц (J. Blaskowitz) не успокоился и пытался изменить нетерпимое положение в обращении с местным населением. Вследствие разногласий по поводу обращения с поляками и евреями, главнокомандующий Восточной армией генерал-полковник Бласковиц попал в опалу. Одно время Гитлер вынужден был считаться с мнением некоторых офицеров в руководстве вермахта, поскольку он рассматривал Польшу прежде всего как район концентрации сил вермахта для нападения на СССР, и полномочия вермахта в отношении гарнизонов, дорог и полигонов были весьма значительны. По приказу Гитлера, правда, все планы нужно было сначала согласовывать с ведомством «Имперского комиссара по укреплению немецкого народа» (РКФДВ). Впрочем, большинство высших офицеров — и прежде всего конформист Кейтель — не поддержали критической позиции Бласковица, который впал в немилость у Гитлера и долго не получал очередного воинского звания[7]. Также и командующий 3-й армией Георг фон Кюхлер пытался протестовать против кровавой бойни в Польше, но был смещен с должности, правда, позже реактивирован и назначен командовать 18-й армией, державшей кольцо блокады вокруг Ленинграда. Правда, вскоре после смещения Кюхлер изменил свои позиции, и когда после большой победы на Западе первое полностью укомплектованное соединение вермахта — 18-я армия — была переведена в Польшу, то в приказе по армии в июне 1940 г. фон Кюхлер писал, что он ждет от каждого солдата и офицера понимания и воздержания от критики расовой борьбы, которая проводится властями в Польше по отношению к расовым меньшинствам, прежде всего — к евреям. Расовое противостояние на Востоке требует-де однократных, но жестких и непопулярных мер, и солдаты должны отнестись к этому с пониманием. Такие настроения не были уникальными — методы военных действий, которые осуществлял вермахт в Польше, были обусловлены идеологией национал-социализма со всеми вытекающими из этого последствиями. Пассивное и активное пособничество нацистским планам уничтожения гражданского населения осуществлялось также и вермахтом, и он несет за это прямую ответственность. 9 сентября 1939 г. начальник Генштаба Гальдер из разговора с шефом абвера Канарисом и Гейдрихом узнал, что СС в Польше не будут трогать простого народа, но «евреи, дворянство и попы должны быть уничтожены». Гальдер и сам, впрочем, слышал от Гитлера, что Польше не суждено жить. Наиболее точную формулу отношения нацистов к международному праву и его нарушениям на Востоке нашел гитлеровский юрист Вернер Бест, который незадолго до нападения на Польшу констатировал, что сама категория «международное право» — это нонсенс; на самом деле существует только стремление отдельных народов любыми средствами и методами добиться самосохранения и развития, а для этих целей хороши все средства, если они ведут к успеху.

Вместе с тем нужно помнить и о том, что, привыкшие считать вермахт единственным оруженосцем нации, некоторые немецкие армейские офицеры были обескуражены и возмущены активностью СС в Польше: после польского похода войсковые командиры вермахта представили Гитлеру том документов о зверствах СС в Польше, а эсэсовское начальство ответило предоставлением нескольких томов документов о зверствах вермахта. Бесспорно, Гитлер стоял за эсэсовские методы; он пришел в ярость при известии о цивилизованном обращении с гражданским населением со стороны немецкой военной администрации, которую по этой причине почти сразу отстранили от власти в Польше. Руководство было передано партийному функционеру, который по указанию фюрера стремился превратить Польшу в «ад на земле». Уже в начале войны Гитлер смог эффективно удалить военных от политических решений, о чем свидетельствует анекдотический случай неосведомленности офицеров о развитии событий: 17 сентября 1939 г., когда генералу Альфреду Йодлю (оперативный отдел ОКБ) доложили, что войска Красной армии вступили на территорию Польши, он с ужасом спросил: «Против кого?»

В Польше же с октября 1939 г. до начала 1940 г. настала самая худшая стадия оккупации, выразившаяся в полной анархии в процессе борьбы за компетенции между СС, партией, вермахтом и ведомством четырехлетнего плана. Именно тогда начались депортации евреев в гетто, переселение поляков в генерал-губернаторство и депортация рабочих-поляков в рейх. В самой Польше случаи мародерства со стороны солдат вермахта решительно пресекались офицерами. Гитлер был этим недоволен и даже отменил смертный приговор майору Рихарду Зала (члену олимпийской команды Германии по конному спорту) за то, что тот в пьяном виде застрелил четырех женщин, задержанных патрулем в неурочное время. При этом Гитлер учитывал, конечно, не то, что офицер был известным спортсменом — нет, он хотел показать, что наказывать кавалериста вообще было не за что… Поначалу армейские юристы привлекали эсэсовцев к ответственности за издевательства и убийства евреев, что постоянно подпитывало конфликт между СС и армией. Гитлер, обозленный «непониманием» армией его расовой политики, приказал, во-первых, амнистировать всех эсэсовцев, а во-вторых — вывел СС из юрисдикции армейских судов. СС получили свои собственные суды. С другой стороны, сопротивление немногих трезвых офицеров не имело никакого значения, так как среди офицеров вермахта все-таки преобладали энтузиазм и вера в фюрера. Пытавшиеся как-то мобилизовать Сопротивление руководитель абвера адмирал Канарис и его подчиненный полковник Ганс Остер быстро почувствовали себя беспомощными. В отличие от Первой мировой войны, когда немецкий Генштаб целиком взял контроль над государством, в 1939 г. Гитлер, а не военные, имел полный контроль над происходящим вследствие того, что он стал главнокомандующим. По всей видимости, Гитлер это сделал намеренно, словно предвидя, что победителя не судят и что именно военный руководитель станет хозяином положения — этот его маневр полностью удался: военные были оттеснены от власти.