Приказом наместника Алексеева от 12 марта 1904 г. № 239 коренным образом были изменены устанавливаемые положением об управлении крепостями командные отношения между начальником укрепленного Квантунского района генерал- лейтенантом А.М. Стесселем и комендантом крепости Порт-Артур генерал-лейтенантом К.Н. Смирновым, а также объем прав последнего. Причем приказом очерчивался внутренний район крепости от бухты Сяо-Биндао до бухты 10 кораблей (в источниках название этой бухты обозначают арабской цифрой, а не прописью, поэтому и мы решили не отказываться от такого обозначения. — А.Г.), где внутренний порядок должен был поддерживаться властью коменданта на основании ст. 77. Положения об управлении крепостями. В свою очередь генерал A.M. Стессель толковал этот приказ в том смысле, «что власть, принадлежащая младшему, принадлежит всецело и старшему начальнику». В дополнение приказа от 26 января 1904 г. за № 39 Е.И. Алексеев уточнял, что применение § 52, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 32, 83 и 85 Положения об управлении крепостями производить «не иначе, как по испрошению разрешения по команде». Это означало, что A.M. Стессель, повышенный в чине до командира отдельного корпуса, но не выехавший в место расположения корпуса, становился формально старшим генералом. С одной стороны, К.Н. Смирнов обладал всей полнотой власти коменданта крепости в самой крепости, но, с другой стороны, согласно приказу наместника получалось, что полнота власти ограничивалась правами генерала А.М. Стесселя как командующего силами района, в который входила крепость. Но ст. 75-85 Положения об управлении крепостями оговаривают, что высшие начальники крепости должны были докладывать любое распоряжение наместнику Е. И.В. на Дальнем Востоке, пока он находился в крепости. Наличие таких военных узаконений ставило в очень неудобное положение главных военных руководителей крепости. Успешная оборона требовала быстроты принятия решений, чего, собственно, в условиях согласования действий коменданта, начальника крепостного района и начальника сухопутной обороны крепости с мнением наместника оказывалось очень сложно добиться. С другой стороны, Е.И. Алексеевым был издан приказ от 27 января 1904 г. за № 41, согласно которому младшее должностное лицо не имело право делать никаких распоряжений в крепости без доклада старшему по должности. После отъезда наместника из Порт-Артура A.M. Стессель становился формально старшим из всех сухопутных генералов, а спорные конфликты, согласно выше приведенному приказу за № 41, могли разрешаться только обращением к старшим начальникам вне крепости — адмиралу Е.И. Алексееву или генералу А.Н. Куропаткину. Таким образом, все случаи вторжения генерала Стесселя в сферу прав коменданта объясняются отсутствием регламентации отношений между начальником укрепленного района и комендантом крепости. А армейская повседневность без преувеличения подтверждает наличие правового вакуума в законодательстве Российской империи. В своих воспоминаниях генерал A.M. Стессель виновником отсутствия согласованности действий среди высших начальников сухопутного гарнизона называл генерал-лейтенанта К.Н. Смирнова, занимавшего со 2 февраля 1904 г. должность коменданта крепости Порт-Артур. Конфликт генерала Стесселя и генерала Смирнова рассматривался в качестве одной из причин падения крепости Порт-Артур в официальном обвинительном акте по делу о сдаче крепости японским войскам. Военные юристы усматривали возможность подобной конфликтной ситуации в том, что генерал А.М. Стессель, получив трижды в течение трех недель приказание сдать крепость коменданту, генерал-лейтенанту К.Н. Смирнову, и выехать в Маньчжурскую армию, предписания этого не исполнил, и, оставшись в крепости, удержал за собою командование. Как известно, его действия были квалифицированы как прямое нарушение ст. 255 книги XXII Свода Военных постановлений. Второй пункт официального обвинительного акта квалифицировал действия А.М. Стесселя как нарушение приказа наместника Его Императорского Величества на Дальнем Востоке от 14 апреля 1904 г. за № 339, выражавшееся в том, что он вмешивался в права и обязанности командира крепости Порт-Артур, подрывая авторитет последнего. Но, на наш взгляд, подобное толкование поступков и действий генерала A.M. Стесселя, хотя и удовлетворяло военных юристов, но ни в коем случае не соответствовало полноте исторического взгляда на события осады Порт-Артура. И уж тем более не объясняет тот факт, что на такое явное нарушение субординации и дисциплины спокойно смотрели остальные участники обороны крепости, не говоря уже о К.Н. Смирнове, пострадавшем от действий А.М. Стесселя. Согласно Воинскому уставу о наказаниях, за сопротивление исполнению приказаний, а А.М. Стессель формально активно этим занимался, в военное время предполагалось по пункту 106 б: «Лишение всех прав состояния и смертной казни или ссылке в каторжные работы без срока или на время от двенадцати до двадцати лет». Объяснить столь мягкую реакцию и Куропаткина и Алексеева на игнорирование генералом Стесселем прямого приказа — сдать командование и выехать в расположения Маньчжурской армии, — видимо, следует объяснить еще и памятью о событиях Севастопольской обороны. В Севастополе во время Крымской войны также имел место произвол при распределении командных полномочий. После затопления кораблей Черноморского флота началась знаменитая оборона сухопутных укреплений при тесном сотрудничестве сухопутного гарнизона морской крепости и моряков. Формально борьбу за крепость должен был возглавлять сухопутный генерал, занимавший должность начальника севастопольского гарнизона. Таковым являлся Дмитрий Ерофеевич Остен-Сакен, но фактическая власть принадлежала Павлу Степановичу Нахимову, Виктору Илларионовичу Васильчикову, Эдуарду Ивановичу Тотлебену. Из них самым известным и влиятельным оказался Нахимов, формально числившийся только командиром флота (к тому моменту затопленного) и порта. Поэтому и начальник Квантунского укрепленного района генерал Стессель, отступив в крепость из пределов крепостного района, отчетливо представлял, что подобные прецеденты «самозахвата» командной должности существовали в летописи обороны русских крепостей.

М.И. Костенко показал на следствии, что генерал К.Н. Смирнов обращался к нему как к главному военному юристу крепости с целью выяснить способы возможного ареста А.М. Стесселя.

М.И. Костенко считал, что арест станет возможным только в отношении того лица, «распоряжения которого будут идти в разрез с интересами обороны».

Согласно воспоминаниям военного журналиста Ф.П. Купчинского, первое время разногласий между A.M. Стесселем и К.Н. Смирновым не возникало, но в «апреле уже стали происходить инциденты, недомолвки и недоразумения на почве явного недовольства друг другом», то есть практически через месяц совместной службы. Генерал-майор М.И. Костенко связывал первое обострение отношений начальников с приездом в крепость после гибели вице-адмирала С.О. Макарова наместника Е.И. Алексеева. Лица гражданского управления обратились к Е.И. Алексееву как к представителю высшей власти с указанием на то, что генерал А.М. Стессель «вредит жизни и делам города, внося своим вмешательством в гражданскую часть много недоразумений».[21] Для устранения различных проявлений незаконной власти адмирал Е.И. Алексеев приказал начальнику своего штаба генерал-лейтенанту Я.Г. Жилинскому изготовить приказ с указанием того, что высшая гражданская власть в крепости и в ее пределах исключительно принадлежала коменданту. Приказ за № 339 с той формулировкой, которую предложил сам Е.И. Алексеев, был изготовлен в штабе крепости и отдан 14 апреля 1904 г. В свою очередь, генерал-лейтенант А.М. Стессель усмотрел в появлении этого приказа происки против себя со стороны генерала К.Н. Смирнова. Последний по просьбе начальника штаба наместника генерала Я.Г. Жилинского лично редактировал формулировку приказа и его грамотное оформление в соответствии с военными узаконениями. И с этого момента условно началось явное недружелюбное отношение к К.Н. Смирнову, проходившее красной линией через всю осаду. Сам генерал A.M. Стессель причиной разногласий видел исключительно неуемные амбиции генерала К.Н. Смирнова. Легитимность и широту своих полномочий генерал A.M. Стессель в воспоминаниях объяснял тем, что, согласно высочайшему повелению, ему были предоставлены права командира отдельного корпуса, что позволяло ему в условиях осады считать себя командующим отельной армией. При этом генерала К.Н. Смирнова он также считал командиром корпуса, но лишь с той разницей, что его корпус не имел статуса самостоятельного, то есть отдельного. А из этого, подчеркивал A.M. Стессель, следовало подчинение генерал-лейтенанта К.Н. Смирнова генерал-лейтенанту А.М. Стесселю. О наличии своего рода партий сторонников того и другого генерала свидетельствуют воспоминания самих участников обороны крепости Порт-Артур. Генерал A.M. Стессель писал впоследствии о непримиримом отношение генерала К.Н. Смирнова «ко мне и к ближайшим моим помощникам». Уместно говорить о борьбе двух офицеров, имевших отношение к Генеральному штабу (Р.И. Кондратенко, К.Н. Смирнов), против двух генералов, представлявших строевое офицерство (A.M. Стессель, А.В. Фок). Причем яркой гранью этого противостояния являлся очень важный для любого военного принцип самоидентификации — участие в боевых действиях. Генералы Смирнов и Кондратенко, в отличие от всех остальных сухопутных высших офицеров, непосредственного участия в Русско-турецкой войне и усмирении боксерского восстания не принимали. О том, что именно эти четыре офицера решали основные вопросы организации сухопутной обороны крепости Порт-Артур, косвенно свидетельствует фольклор времен осады. В дневнике одного из военных врачей, находившегося всю осаду в крепости, находим очень характерную частушку: