Мережковский отмечал, что Евангелия от Матфея, Марка и Луки обозначают время проповеди Иисуса Христа от 4 до 6 месяцев, но считал, что в действительности эти месяцы заключали в себя двухлетний промежуток, о котором говорило Евангелие от Иоанна. Вместе с тем автор «Иисуса Неизвестного» отвергал мнение известного врача и мыслителя Альберта Швейцера, написавшего «Историю жизни Иисуса», о том, что проповедь продолжалась всего лишь несколько недель. В «Мастере и Маргарите» с самого начала был отвергнут традиционный 33 год и действие ершалаимских сцен отнесено к 29 году, что, вслед за Швейцером, сводило проповедническую деятельность Иешуа Га-Ноцри к неделям, а не к месяцам. Мережковский ренановскую «Жизнь Иисуса» называл «евангелием от Пилата» и стремился восстановить «Евангелие от Иисуса», которое описывало бы подлинный ход событий. Булгаков же древнюю часть «Мастера и Маргариты» писал как «евангелие от Воланда», так и назвав соответствующую главу в первой редакции романа. Было еще много совпадений, наверняка поразивших Булгакова при знакомстве с текстом «Иисуса Неизвестного». Оба писателя развивали тезис о сочувствии Пилата Иисусу, опираясь, в частности, на «Жизнь Иисуса» немецкого теолога, одного из основоположников мифологической школы Давида Фридриха Штрауса.

Но еще интереснее следующее совпадение. Мережковский полагал, что во время допроса Иисуса у Пилата было скверное самочувствие «от погоды»: «ломота в членах, тяжесть в голове и по всему телу то жар, то озноб». Это усиливает неприятное ощущение прокуратора, что «Иисусово дело – гнуснейшее», и боязнь, что его решение «по справедливости» вызовет донос иудейских первосвященников императору на Капри («знал, каким опасным для него может быть донос об «оскорблении величества»«). У Булгакова Пилат страдал жуткой головной болью еще в самом первом варианте ершалаимских сцен, написанном в 1929 году. Только там она еще именуется не загадочным греческим словом гемикрания, а его более привычным французским эквивалентом – мигрень. Булгаковский Пилат, как и Пилат у Мережковского, ненавидит Иерусалим и иудеев. Впрочем, о подобном в отношении пятого прокуратора Иудеи сообщали все источники. Удивительнее другое. Мережковский, приводя данные римских историков о том, что Понтий Пилат покончил с собой, вскрыв вены в ванне с водой, высказал мысль, что прокуратор в тот момент, когда понял, что смертный приговор Иисусу неизбежен, увидел «страшную, как бы неземную, скуку, может быть ту самую, с какой будет смотреть Пилат на воду, мутнеющую от крови растворенных жил». Уже в первой редакции булгаковского романа Пилат после отказа Каифы помиловать Иешуа «оглянулся, окинул взором мир и ужаснулся. Не было ни солнца, ни розовых роз, ни пальм. Плыла багровая гуща, а в ней, покачиваясь, нырял сам Пилат, видел зеленые водоросли в глазах и подумал: «Куда меня несет?..» После этого прокуратор грозил первосвященнику грядущими несчастьями: «…Хлебнешь ты у меня, Каиафа, хлебнет народ Ершалаимский не малую чашу». При этом прокуратор уверял собеседника, что подслушать их может «разве что дьявол с рогами… друг душевный всех религиозных изуверов, которые затравили великого философа…».

Мережковский три года спустя писал:

«Худшей стороной своей обращен Пилат к иудеям, и те – к нему: он для них – «пес необрезанный», «враг Божий и человеческий», а они для него – племя «прокаженных» или бесноватых. Править ими все равно что гнездом ехидн. То же, что впоследствии будут чувствовать такие просвещенные и милосердные люди Рима, как Тит, Веспасиан и Траян, – желание истребить все иудейское племя, разорить дотла гнездо ехидн, разрушить Иерусалим так, чтобы не осталось в нем камня на камне, плугом пройти по тому месту и солью посыпать ту землю, где он стоял, чтобы на ней ничего не росло, – это, может быть, уже чувствовал Пилат».

Булгаков же еще в 1929 году сделал выписки из ренановского «Антихриста» о последнем походе Тита, закончившемся взятием Иерусалима в 70 году, которые использовал в последующих редакциях романа для конкретизации Пилатовых угроз. Мережковский считал, что за ходом суда Синедриона и Пилата над Иисусом тайно наблюдал первосвященник Ганан (Анна), тесть Каифы и главный губитель Иисуса. У Булгакова же при допросе Иешуа Га-Ноцри и оглашении приговора тайно присутствует сам Воланд.

Совпадения в трактовке истории Иисуса у двух писателей могли произойти независимо, в результате самостоятельного осмысливания показаний источников. Однако ряд конкретных совпадений с книгой Мережковского появился в «Мастере и Маргарите» в середине 30-х годов, вероятно, под влиянием знакомства с «Иисусом Неизвестным». Так, Мережковский полагал, что вместо Иуды Искариота был Иуда из Кериота. Именно так стал называться булгаковский герой во второй редакции ершалаимских сцен, создававшейся осенью 1933 года. Иуда из Кириафа появился лишь в окончательном тексте романа. В «Иисусе Неизвестном» следующим образом описана туча, покрывшая небо в день суда и казни Христа: «Судя по внезапно наступающей в тот день, полуденной, как бы полуночной, тьме Голгофской, – «тьма наступила по всей земле» (Мк. 15, 33), – солнце в то утро взошло мутно-зловещее, как всегда перед юго-восточным ветром, хамзином… Только что судьи, выйдя из палаты суда, взглянули на небо, как, может быть, подумали: «в первый день Пасхи, хамзин – недобрый знак!» «Хуже Черного Желтый», – говорили в народе; это значит: «тихий, желтый диавол хамзина хуже черного дьявола бурь». Очень высоко в небе проносящийся и земли почти недосягающий ветер из Аравийской пустыни гонит по небу облака пыли неосязаемой; только на зубах хрустит она, стесняет дыхание и воспаляет глаза. Где-то очень далеко пронесшегося, черного самума, хамзин – желтая, слабая, но все еще страшная тень. Стелется по земле и по небу, как дым от пожара, мутно желтая мгла, и тускло-красное, без лучей, солнце висит в ней кровяным шаром… Как бы довременного хаоса и Конца грядущего проходит по лицу земли и неба зловещая тень».

В 1938 году в тексте ершалаимских сцен возникла черно-желтая туча: «По небу с запада поднималась грозно и неуклонно, стерев солнце, грозовая туча. Края ее уже вскипали белой пеной, черное дымное брюхо отсвечивало желтым. По дорогам, ведшим к Ершалаиму, гонимые внезапно поднявшимся ветром, летели, вертясь, пыльные столбы». Здесь посланная Воландом туча олицетворяет и черный самум, и его желтую тень – хамзин, символизируя первобытный хаос и близкий конец страданий Иешуа.

Цитата из гётевского «Фауста: «…так кто ж ты, наконец? – Я часть той силы, что вечно хочет зла и вечно совершает благо», пришла в булгаковский роман в качестве эпиграфа также из «Иисуса Неизвестного». В главе «По ту сторону Евангелия» Мережковский приводит свой перевод и немецкий оригинал этого места:

«Дьявол служит Богу наперекор себе, как однажды признался Фаусту Мефистофель, один из очень умных дьяволов:

Я – часть той Силы,

Что вечно делает добро, желая зла.

Ein Teil von jener Kraft

Die stets das Boese will und stets das Gute schafft.

В главном все же не признался, – что для него невольное служение Богу – ад.

Русские коммунисты, маленькие дьяволы, «антихристы», служат сейчас Христу, как давно никто не служил. Снять с Евангелия пыль веков – привычку; сделать его новым, как будто вчера написанным, таким «ужасным» – «удивительным», каким не было оно с первых дней христианства, – дело это, самое нужное сейчас для Евангелия, русские коммунисты делают так, что лучше нельзя, отучая людей от Евангелия, пряча его, запрещая, истребляя. Если бы только знали они, что делают, – но не узнают до конца своего. Только такие маленькие глупые дьяволы, как эти (умны, хитры во всем, кроме этого), могут надеяться истребить Евангелие так, чтобы оно исчезло из памяти людей навсегда. Тот, настоящий, большой дьявол – Антихрист – будет поумнее: «Христу подобен во всем».