Видимо, вследствие интриг и козней завистников Виллигут был отправлен в отставку. Под него «копал» адъютант Гиммлера Карл Вольф. В ноябре 1938 года он разыскал в Зальцбурге Мальвину Виллигут и получил от нее документы, ставшие известными Гиммлеру и весьма смутившие его. В феврале 1939 года Вольф информировал кабинет Виллигута о том, что тот уволен на основании собственного прошения по причине возраста и слабого здоровья, а его служба распущена.

Другая версия увольнения Вейстхора — ему нашли замену. К 1939 году «Аненербе» уже располагало 50 институтами, руководимыми профессором Вурстом, специалистом по древним культовым текстам, в прошлом завкафедрой санскрита Мюнхенского университета. В это же время СС продолжали наблюдать за Виллигутом, хоть он уже был и в отставке, а последние годы его жизни прошли в безвестности и скитаниях по военной Германии. Третьего января 1946 года Карл Мария Виллигут умер, последний в своем таинственном роду.

Тем временем в «Аненербе» происходят структурные изменения, и организация переходит под патронат «Черного ордена». Секретарем-управляющим был назначен штандартенфюрер СС Вольфрам Зиверс (1905–1945), бывший продавец книг. Это был огромный чернобородый человек с пронизывающим «мефистофельским» взглядом. Он сознательно поддерживал имидж посвященного во многие таинства, считая, что это лучший способ продемонстрировать особое положение в «Черном ордене». Вольфрам Зиверс руководил «Аненербе» до самого конца Второй мировой войны и именно в этом статусе предстал перед Нюрнбергским трибуналом.

Имея 50 институтов, служба «Аненербе» широко развернула свою деятельность, на которую Гиммлер не жалел средств. Исследования общества охватывали огромную область: от научной деятельности в собственном смысле слова («Аненербе» курировало проект «оружия возмездия» и, среди прочего, программу создания баллистических ракет «Фау») до изучения практического оккультизма, от экспериментов над заключенными концлагерей до шпионажа за тайными обществами. Изучались «сила розенкрейцеровского содружества, символизм ирландской арфы из Ольстера, тайное значение готических башен и итонских высоких шляп». Однако на общем фоне самых сумасшедших проектов выделялись несколько приоритетных направлений. Среди таких можно назвать археологические изыскания. Начиная с 1938 года, все археологические раскопки в Третьем рейхе проводились только с ведома «Аненербе». Под непосредственным контролем этой организации, к примеру, изучались укрепления викингов IX века, осуществлялась охрана древних поселений и курганов на оккупированных территориях Украины.

Фактически руководя засекреченным архипелагом институтов и музеев, Гиммлер обязал «Аненербе» заниматься отбором и «консервацией» различных исторических объектов, могущих привлечь внимание туристов после победы Германии. Одним из таких объектов был бункер, из которого фюрер руководил захватом Франции в 1940 году. Под защитой «Аненербе» оказалась и синагога в Праге (постройка XIII века). Ее планировали превратить в «музей исчезнувшей расы». Не остались без внимания кладбища. Интерес СС к местам захоронений объясняется тем, что в них, как утверждали специалисты из «Аненербе», пребывают «духи мертвых».

Занимались специалисты «Аненербе» и наследием Виллигута. Якобы род Виллигутов из поколения в поколение передавал загадочные рунические таблички с непонятными письменами, которые Католическая церковь считала полученными от самого дьявола. Поэтому Виллигуты считались пособниками дьявола, а их род был проклят еще в Средние века. В «Аненербе» взялись за расшифровку этих табличек. Некоторые из современных исследователей утверждают, что одним из результатов этой расшифровки стало создание так называемых техномагических аппаратов. Сохранились рисунки с пометками самого Виллигута, описывающие принцип действия этих устройств. В документах подчеркивается, что их воздействие нацеливалось прежде всего на «кристаллы воли» — неясные и пока не найденные образования в области гипофиза. Считалось, что, дистанционным воздействием меняя форму этих кристаллов, можно подчинить любого человека или даже изменить его психику.

Безусловно, такую организацию, как «Аненербе», не могли не интересовать антропология и психофизическое устройство человеческого организма. Такая программа исследований выдвинулась на передний план со вступлением Германии в войну. Осуществлялась она Институтом по специальным исследованиям в области военных наук, который использовал в качестве подопытного материала живых людей. Одну из тем разрабатывал гауптштурмфюрер СС профессор Август Хирт из Страсбургского университета. Этот человек не знал жалости ни к себе, ни к другим. Начав карьеру с разработки противоядия от иприта, он экспериментировал на собаках и на себе, в результате чего оказался в госпитале с тяжелым кровоизлиянием в легкие. Впоследствии он начал проводить опыты над узниками концлагерей, после чего многие из них ослепли или умерли.

Заветной целью профессора-убийцы была коллекция скелетов людей всех существующих рас. Когда части французской Второй бронетанковой дивизии, действовавшей в составе американской Седьмой армии, вошли в Страсбург, они нашли эту «коллекцию» — многие и многие десятки скелетов.

Огромное внимание в рамках антропологической программы уделялось также медицинским опытам над людьми. В этой области специализировался доктор Зигмунд Рашер, который изучал экстремальные состояния человеческого организма. В частности, он проводил опыты по влиянию больших высот на организм, для чего помещал испытуемых в декомпрессионную камеру. Из агрегата выкачивался воздух так, что моделировались условия отсутствия кислорода и низкое давление, характерные для больших высот. Через эти опыты прошло более 200 заключенных. Как стало известно после войны, около 80 из них погибли на месте, остальные позднее были ликвидированы. Закончилась эта программа «исследований» в мае 1942 года, когда фельдмаршал Эрхард Мильх из люфтваффе передал Гиммлеру благодарность Геринга за «новаторские эксперименты» доктора Рашера.

Получив такого рода одобрение и признание своих заслуг высшим начальством, Рашер начал следующий этап исследования пределов человеческого организма — приступил к опытам по замораживанию. Эти новые эксперименты преследовали две главные цели. Первая — выяснить, какой холод и сколько времени способен выдержать человек, прежде чем умрет; вторая — какой способ обогрева является лучшим для живого человека, после того как он подвергнется воздействию экстремально низких температур. Для замораживания людей использовались два способа: либо человека помещали в резервуар с ледяной водой, либо оставляли обнаженным на снегу ночью в зимнее время. Таблица, которую Рашер приложил к отчету, составлена на основе шести «фатальных случаев» и отражает температуру воды, температуру тела при извлечении из воды, температуру тела в момент смерти, продолжительность пребывания в воде и время, прошедшее до наступления смерти. Самый крепкий человек оказался способен пробыть в ледяной воде в течение 100 минут, самый слабый — в течение 53.

Следующим этапом стали «эксперименты по отогреву», ведь в задаче требовалось помочь немецким морякам и летчикам в случае вынужденной посадки в ледяных водах Северного Ледовитого океана или приземления на скованных морозом просторах заполярной Норвегии, Финляндии или России. К этим экспериментам он приступил в Дахау. Он желал знать, каков наилучший метод отогрева замерзшего человека и каковы, соответственно, возможности по спасению его жизни.