Имевшие место разногласия между командованием ВСЮР и казачьими атаманами объясняются различиями политических и военных целей. Если лидеры Белого движения боролись за «единую и неделимую» Россию, то казачество — за автономию. Если белые стремились разгромить большевиков по всей стране, то казаки заботились лишь об охране своего края. Например, после освобождения своей территории от красных войск казачьи части отказались идти на Москву.

Самостоятельность верхов кубанского казачества сыграла роковую роль для белогвардейских армий зимой 1920 года. В решающий момент развернувшихся боевых действий за обладание Северным Кавказом кубанские войска, поддавшись на провокацию эсеров о возможном соглашении с большевиками, неожиданно оголили фронт и тем самым помогли Красной армии разгромить ВСЮР к весне 1920 года.

Подобной политики придерживалось казачество восточных регионов России. Адмиралу А.В. Колчаку так не удалось подчинить своей власти атаманов. По этому поводу он писал А.И. Деникину: «Поддержанные японцами так называемые атаманы Семенов, Калмыков, Гамов со своими бандами образуют враждебную мне группу, и до сих пор вопросы с ними не улажены, так как японцы открыто вмешались и воспрепятствовали мне вооруженной силой привести в повиновение Семенова. Последний является просто-напросто агентом японской политики, и деятельность его граничит с предательством».

Пользуясь слабостью омской власти и поддержкой японцев, М. Семенов вынашивал идею создания сепаратного панбуддистского государства — «Великой Монголии», которая бы включала Бурятию, Внешнюю и Внутреннюю Монголию и Дальний Восток. В случае своего образования оно отрезало бы Россию от Тихого океана и тем самым создало благоприятные условия для Японии в Азии.

По признанию дипломата русского посольства в Токио Д.И. Абрикосова, одной из ключевых причин военного поражения А.В. Колчака являлся открытый конфликт с атаманом Г.М. Семеновым, который фактически отрезал армию от Дальнего Востока и блокировал поставки вооружения, провианта и амуниции.

В то же время следует отметить, что сибирское казачество было самой надежной социальной опорой власти на протяжении всей Гражданской войны. И только после падения Омска в ноябре 1919 года казаки отступавшей на восток колчаковской армии покидали фронт, объявляли о своем «нейтралитете», а во время боев за Иркутск в декабре 1919 года выразили намерение выйти из Гражданской войны.

Итак, нежелание белых пойти навстречу казачеству и признать его права на автономию привело к их взаимному разладу, что в конечном итоге значительно ослабило антибольшевистский фронт.

Вражда помешала объединению белогвардейцев с «третьей силой» в Гражданской войне—партией социалистов-революционеров (ПСР). Общеизвестно, что многие участники Белого движения главную ответственность за развал государства в 1917 году возлагали на эсеров и представителей других социалистических течений. Генерал от инфантерии М.В. Алексеев как-то писал руководителю британской дипломатической миссии в Москве Р. Локкарту, что он «скорее будет сотрудничать с Лениным и Троцким, чем с Савинковым и Керенским». У адмирала А.В. Колчака социалистические партии также вызывали отрицательные эмоции. Он даже большевикам поставил в заслугу разгон Учредительного собрания.

Эсеры отвечали белогвардейцам тем же. Южное бюро ЦК ПСР, созданное в Одессе в начале 1919 года, в своих инструкциях предписывало вести решительную борьбу с А.И. Деникиным всеми средствами, включая террор. Аналогичные задачи ставились в 1920 году партийным организациям, оказавшимся на территориях, занятых польскими и врангелевскими войсками. Однако каких-либо активных действий, создававших серьезную угрозу безопасности белогвардейским режимам на Юге России, эсеры не предпринимали.

В Сибири же недовольные потерей власти социалисты-революционеры проводили агитацию среди населения за поддержание Учредительного собрания и готовили вооруженные выступления против колчаковского режима. Центрами сосредоточениями эсеровских организаций являлись Владивосток, Иркутск, Томск, Красноярск. «Поставив своей задачей свержение власти Верховного правителя и захват власти в свои руки посредством массовых выступлений до террора включительно и провозглашение лозунга о возобновлении деятельности бывшего Учредительного собрания, — говорится в докладе начальника отдела контрразведки при штабе Верховного главнокомандующего начальнику военно-административных управлений Восточного фронта, — партия не удалилась из правительственных сфер адмирала Колчака, а пристроила своих агентов с целью тормозить работу правительства и дискредитировать его в глазах общества».

Следует подчеркнуть, что активная борьба сибирских эсеров с властями, выразившаяся в подготовке вооруженных восстаний и террористических актов в отношении Верховного правителя, держала колчаковскую контрразведку в постоянном напряжении, отвлекала значительную часть ее сил и средств от борьбы со шпионажем и большевистским подпольем.

В ноябре 1919 года в Иркутске Всесибирским совещанием земств и городов на коалиционной основе был создан Политический центр, главной задачей которого являлась подготовка восстания против колчаковского режима. При приближении Красной армии к городу Политцентр в конце декабря 1919 — начале января 1920 года захватил власть, которую затем передал большевикам.

Внутренним угрозам подвергались и воюющие белые армии: коррупция военно-управленческого аппарата; недостаточное финансовое и материально-техническое обеспечение; насильственные мобилизации крестьян; широкий спектр политических взглядов среди генералитета и офицерского состава и др.

Союзнические поставки полностью не покрывали значительной доли того, в чем нуждались белые армии, к тому же часть имущества и снаряжения либо расхищалась со складов, либо не доходила до фронта из-за неэффективной работы железнодорожного транспорта. Офицеры компенсировали нехватку жалованья казнокрадством, продовольствия — грабежом крестьян и присвоением трофеев, т.е. превратились в мародеров и торгашей. Нередкими бывали случаи, когда с фронта генералы целыми вагонами отсылали в собственный адрес общегосударственное имущество, отнятое у большевиков. «Военные власти и правительство как-то сквозь пальцы смотрели на это, а когда эти злоупотребления перешли всякие границы, и правительство приняло меры к прекращению их, то наткнулось на необыкновенное сопротивление со стороны командующих армиями», — свидетельствует генерал-майор К.И. Глобачев.

«Мы писали суровые законы, в которых смертная казнь была обычным наказанием. Мы посылали вслед за армиями генералов, облеченных чрезвычайными полномочиями, с комиссиями для разбора на месте совершаемых войсками преступлений. Мы — и я, и военачальники — отдавали приказы о борьбе с насилиями, грабежами, обиранием пленных и т.д. Но эти законы и приказы встречали иной раз упорное сопротивление среды, не восприявшей их духа, вопиющей необходимости. Надо было рубить с голов, а мы били по хвостам», — вспоминал А.И. Деникин. Главнокомандующий ВСЮР, борясь с мародерами из солдатской массы, приводил приговоры в отношении преступников незаметно, не предавая их огласке. И поэтому смертная казнь не имела должного психологического воздействия на морально разлагающуюся армию. Лица же офицерского состава, пользуясь покровительством своих коррумпированных начальников, в большинстве случаев уходили от ответственности.