Появление на вооружении партизанских отрядов радиостанций, специальных минно-взрывных средств потребовало соответствующей подготовки командиров, подрывников и радистов, способных организовать применение специальных сил и средств в диверсионных и других видах специальных действий партизанских формирований. Подготовка специалистов диверсионной работы (инструкторов минно-подрывного дела и подрывников) в специальных школах и центрах составила ⅔ всего объема подготовки в школах и центрах.

Наличие специальных мин и минно-взрывных средств, а также подготовленных специалистов минно-подрывного дела, позволило партизанским формированиям резко увеличить количество наиболее эффективного способа нарушения работы железнодорожного транспорта противника – совершения диверсий. Так, если в 1941 году на Украине в результате диверсий было совершено 23 крупные аварии на железных дорогах, то в 1942 году – 223. Резко активизировались также действия партизан на железных дорогах в оперативном тылу группы армий «Центр» с 41 диверсии в апреле 1942 года до 236 в июне. При этом, если в апреле такая форма, как открытый бой, составляла 58 % боевой деятельности партизан, а различные виды специальных действий – только 42 %, то в сентябре такие виды специальных акций, как налеты, засады и диверсии, составляли 75 % боевой деятельности партизан. Наличие специальных минно-взрывных средств, применяемых в любое время года, позволило также снизить сезонную разницу в боевой деятельности партизан.

По мере насыщения партизанских отрядов специальным минно-взрывным вооружением изменялась их тактика действий. Для совершения железнодорожного крушения воинского эшелона или устройства засады на автомобильной дороге при наличии специальных мин требовалось всего несколько человек. Отпадала необходимость входить в непосредственное боевое соприкосновение с противником. Уклонение от открытого вооруженного столкновения с частями противника и немедленное рассредоточение в случае угрозы ведения боевых действий в невыгодных условиях стало правилом, принципом действий партизан. Бой с воинскими частями противника стал вынужденной формой применения партизанских сил и средств.

Увеличение боевых возможностей партизанских отрядов, необходимость концентрации и координации их действий вызвали к жизни такую организационную структуру, как объединение нескольких партизанских отрядов в бригаду или иное партизанское соединение. Основной организационной единицей соединений, как правило, оставался партизанский отряд. Численность соединений составляла от нескольких сот до 3–4 тысяч человек, отрядов – от нескольких десятков до нескольких сотен партизан. Обычно соединение состояло из 4–7 отрядов, отряды – из рот, взводов или боевых групп. Создание партизанских соединений позволило приступить к осуществлению специальных действий в более крупном масштабе вначале в границах районов базирования, а затем и за их пределами способом рейда.

Так, в сентябре 1942 года рейды совершили соединение под командованием С. В. Ковпака в составе 5 отрядов численностью 1075 человек и соединение под командованием А. Н. Сабурова в составе 7 отрядов общей численностью 1617 человек. Рейд включал в себя последовательное осуществление диверсий на железных и шоссейных дорогах, налеты на комендатуры и небольшие гарнизоны, действующие промышленные предприятия, разрушение линий связи, а также применение других способов специальных действий по маршруту передвижения. Важной задачей, решаемой в ходе рейда, была организация и активизация партизанского движения в новых районах, а само перебазирование соединений имело оперативное значение.

Наряду с партизанскими формированиями, руководимыми ЦШПД, в тылу противника действовали разведывательно-диверсионные группы, направленные туда разведывательно-диверсионными отделениями разведотделов штабов фронтов. Боевое применение таких формирований осуществлялось в форме разведывательного обеспечения боя, сражения или операции, определялось целевым предназначением военной разведки и в основном заключалось в добывании разведывательных данных.

Таким образом, во втором периоде развития специальных действий определенная самостоятельность ЦШПД во многом обусловила целенаправленную работу по проблемам партизанских действий, что, в свою очередь, позволило после обобщения и анализа накопленного опыта правильно определить место и роль, а на их основе – цели и задачи борьбы в тылу врага. В частности, основным объектом приложения усилий партизан было избрано наиболее уязвимое место противника – растянутые по фронту и в глубину коммуникации. В первую очередь, исходя из оценки уровня оперативного оборудования оккупированной территории, предполагалось нарушить работу железнодорожного и автомобильного транспорта. Эффективное решение этой задачи потребовало как применения новых средств партизанской борьбы, так и специалистов по их использованию. Наличие определенных властных полномочий ЦШПД обеспечило возможность ходатайства и получения положительного решения ГКО по этим вопросам в кратчайшие сроки.

Восстановленный в мае 1942 года Центральный штаб партизанского движения приступил к разработке плана первой операции партизан на железнодорожных коммуникациях противника стратегического масштаба. В основу плана операции было положено Постановление ЦК КП(б) Белоруссии «О разрушении железнодорожных коммуникаций противника методом рельсовой войны», т. е. разрушением рельсового полотна минно-взрывным и другими способами. В приказе начальника ЦШПД от 14 июля 1943 года «О партизанской рельсовой войне на коммуникациях врага» указывалось, что «огромный рост и размах партизанского движения позволяет в настоящее время наносить массированные повсеместные удары по железным дорогам с целью их полной дезорганизации и срыва операций врага на фронтах». Возможность достижения стратегической цели – полной дезорганизации железнодорожных коммуникаций в тылу противника – не вызывала сомнений ни в органах управления партизанским движением, ни в самих партизанских отрядах. Однако способ достижения цели – подрыв двухсот тысяч рельсов – встретил возражения.

На 1 января 1943 года протяженность эксплуатировавшихся противником железных дорог достигла 34 979 км, что составляло 2 798 320 штук рельсов, закрепленных на полотне железной дороги (длина рельса в то время равнялась 12,5 м). Сотни тысяч рельсов находились в резерве для замены. Поэтому данный способ достижения цели операции, по мнению военных специалистов по диверсиям, был не вполне целесообразным. Так, техническим отделом Украинского штаба партизанского движения под руководством заместителя начальника Украинского ШПД по диверсиям полковника И. Г. Старинова с помощью Центрального управления военных сообщений РККА были проведены расчеты эффективности разрушения 85–90 тысяч рельсов, предназначенных согласно плану операции к подрыву партизанами Украины. Расчеты показали, что указанное количество рельсов составляло всего 2 % от 4 000 000 штук рельсов, имевшихся на оккупированной части Украины, а потратить на их подрыв необходимо было все имевшиеся минно-взрывные средства. Справка ВОСО утверждала, что противник не испытывает недостатка в рельсах и даже отправляет часть их на переплавку и что наиболее уязвимым местом в немецкой системе железнодорожных коммуникаций являются паровозы, которых на всей оккупированной части СССР имеется менее 5000. Эта оценка подтвердилась впоследствии немецким исследователем в этой области Г. Теске, который писал, что Германия «располагала в 1939 году гораздо меньшим парком паровозов и вагонов, чем кайзеровская империя в 1914-м. Виной этому была переоценка мотора. Полностью исправить эту ошибку не удалось и в ходе самой войны». Подрыв рельсов, кроме того, вызывал перерыв в движении только на время, необходимое для их замены (несколько часов), при этом существенно затрудняя нормальную эксплуатацию железнодорожных путей после освобождения территории от немцев. В конечном итоге Украинскому штабу партизанского движения удалось добиться права приступить к подготовке операции, сосредоточив основные усилия на устройстве крушений воинских эшелонов, т. е. выводить из строя поезда противника, а не подрывать рельсы. 30 мая 1943 года ЦК КП(б)У принял решение начать не «рельсовую войну», а «войну на рельсах».