В главном же вопросе — «об автономии Украины» — Керенский, согласившись с идеей автономии «в принципе», призвал Центральную Раду отложить решения об автономии до созыва Всероссийского Учредительного собрания. Для легитимности Центральной Рады как автономного парламента Керенский предложил «договориться с национальными меньшинствами» — ввести в Центральную Раду представителей русских, евреев и поляков, населяющих Украину.

Д. Дорошенко пишет, что в бытность Петлюры военным секретарем, «ко всем старшим офицерам, даже если они были чистокровными украинцами, Петлюра и его ближайшие сотрудники относились с глубоким недоверием».

Но это было не совсем так. Общее настроение революционных «партийцев» было следующим: они видели в офицерах потенциальную «контрреволюционную силу». Но лично сам Петлюра стремился привлечь офицерство к «украинизации». Он «призвал» в Генеральный комитет десять военных «спецов», среди которых были генерал, полковник, два подполковника, два капитана, три поручика. А Винниченко упрекал Петлюру за излишнее доверие к офицерам и генералам. Однако офицеры российской армии еще очень неохотно шли на сотрудничество с Центральной Радой.

«Самостийныки» требовали уже новых «высот» — полной независимости, немедленного разрыва связей Украины с Россией, создания Временного украинского правительства, заключения Украиной сепаратного мира с немцами, вызова еще несуществующего «украинского войска» с фронта в тыл для «решительных действий». Такие действия, действительно, могли быть выгодны Австрии и Германии.

В начале июля 1917 года Центральная Рада и власть Временного правительства в Киеве пережили первый серьезный кризис. В сущности, «киевский кризис» был только эпизодом грандиозного общероссийского кризиса, вызванного продолжением войны, поражением июньского наступления, ростом инфляции... Антивоенными настроениями народа умело воспользовались большевики и анархисты, направив гнев солдат и рабочих против Временного правительства.

Интересно, что кризис власти в Петрограде усугубился из-за компромисса Временного правительства с Центральной Радой. «Мир с украинцами», что привез Керенский, вызвал внутренний кризис Временного правительства: четыре министра-кадета в знак протеста против «неимоверных претензий» Центральной Рады 3 июня 1917 года вышли из правительства. А на следующий день, 4 июня, началось большевистско-анархистское восстание в Петербурге — «репетиция Великого Октября». И хотя это восстание было быстро подавлено, Временное правительство стало катастрофически терять народную любовь и поддержку.

Кризис в Киеве можно было назвать «кризисом украинизации». Первый украинский полк имени Богдана Хмельницкого (2600 штыков) — «образец и надежда» для всего украинского движения — помитинговав, отказался идти на фронт в критический момент вражеского прорыва. Солдаты полка заявили, что желают «защищать революцию — охранять Центральную Раду и Второй Всеукраинский военный съезд» в Киеве. Конечно, гораздо безопасней было остаться в Киеве и митинговать, чем «кормить вшей и червей на фронте»...

Но такое поведение единственного украинского полка ставило под сомнение все попытки «украинизировать» армию, да и Центральная Рада и Генеральный секретариат выглядели не лучшим образом.

Центральная Рада немедленно направила Петлюру и Винниченко уладить дела с солдатами и уговорить их согласиться отправиться на фронт. Но солдаты встретили украинских «министров» холодно и «зажигательные» речи последних не имели никаких серьезных результатов. В адрес прибывших «интеллигентов» полетели угрозы...

3 июля Центральная Рада издала Второй Универсал, в котором несколько отступила от своих «радикальных» требований автономии. Было решено воздержаться от провозглашения автономии Украины до решения Всероссийского Учредительного собрания. На эти уступки Центральная Рада пошла в обмен на признание Временным правительством временного краевого правительства Украины — Генерального секретариата. В Универсале указывалось, что отныне Центральная Рада будет иметь своих представителей при военном министре России, в Ставке Верховного главнокомандующего и в Генеральном российском штабе.

3 июля на заседании Малой Рады Петлюра огласил свой первый приказ в качестве «законного военного министра краевого правительства» о немедленной отправке на фронт Украинского полка имени Богдана Хмельницкого. Однако кризис в Петрограде и Киеве стремилась использовать группа Михновского, подняв на бессмысленный бунт Второй украинский полк имени гетмана Полуботка (4 600 штыков). Этот полк был сформирован к июню 1917 года и находился под влиянием группы Михновского. Солдаты-«полуботковцы», разместившись в киевском предместье, также не хотели выезжать на фронт, заявляя о своей «миссии» — охране Центральной Рады и «воли Украины».

Зная о большом влиянии на солдат-«полуботковцев» группы Михновского, Центральная Рада, не считая полк «своим», пустила события на самотек, лишь изредка укоряя Петлюру за то, что он не в силах отправить полк на фронт. Однако Петлюра, как и его секретариат, еще не имел рычагов и сил для того, чтобы изменить ситуацию. Да и что мог сделать Петлюра, если буйные солдаты-«полу-ботковцы», как и большевики, требовали заключения немедленного мира, прекращения войны, передела панской земли.

3 июля в Киеве в помещении школы на Златоуспенской собралось полковое совещание солдат-«полуботков-цев». Разгоряченные агитацией «самостийныкив», солдаты требовали «отчета» от представителей Центральной Рады. В 11 часов ночи к солдатам прибыли Петлюра, Винниченко и Шульгин. Однако их ждала полная «обструкция» зала и заявление о недоверии Петлюре как военному секретарю.

На следующий день заговорщики из группы Михновского разработали план захвата Киева с помощью «недовольных» солдат из полков имени Хмельницкого и Полуботка. Михновский решился на восстание после переговоров с командиром полка имени Хмельницкого. Сорокалетний подполковник российской армии с роковой фамилией Капкан согласился «пристать» к восставшим, но тут же доложил о планах и секретах заговорщиков Петлюре. Петлюра решил, что восстания уже не предотвратить, поэтому приказал Капкану сохранять отношения с заговорщиками, чтобы быть в курсе развития событий, но в решительный момент выступить против Михновского.

Ночь с 4 на 5 июля выдалась в Киеве неспокойной... Солдаты-«полуботковцы» покинули казармы и устремились в центр города с неясными целями, при этом рассчитывая изменить ход истории. К ним присоединились отдельные группы солдат Первого запасного украинского полка, полка Вольного казачества, Технического полка. К утру 5 июня мятежные солдаты захватили почту, телеграф, завод «Арсенал», интендантские склады, разгромили дом командующего Оберучева, захватили штаб милиции и арестовали начальника милиции, поставили караулы возле стратегических объектов... Но что делать дальше, они не знали... Солдатам обещали, что к восстанию присоединятся все украинские части Киева и главное — на сторону восставших перейдут Грушевский и Центральная Рада.

Но авантюра Михновского потерпела фиаско... Уже утром 5 июля подполковник Капкан выступил против восстания как «дискредитации идеи». Он объявил себя временным украинским комендантом Киева и заменил все караулы полка имени Полуботка на караулы полка имени Хмельницкого. В 10 утра Генеральный секретариат и Генеральный комитет также выступили против восстания. В воззвании, подписанном Петлюрой и Винниченко, говорилось о «достойном удивления» неорганизованном провокационном выступлении солдат. Члены Генерального комитета были разосланы по Киеву, чтобы попытаться мирно договориться с отрядами «полуботковцев».