По принятой в советских ВВС методике взлет на тяжелых вертолетах выполнялся с небольшим разбегом, а посадка — с небольшим пробегом, что требовало ВПП длиной не менее 350 м и выдерживания определенных характеристик глиссады. Соблюдать все эти правила удавалось далеко не всегда, и для приема Ми-6 использовались мало-мальски пригодные посадочные площадки. Так, для обеспечения батальона, стоявшего в Калате у дороги Кабул — Кандагар, использовался участок этой автострады, который перекрывался на время короткого визита авиаторов. Особенно сложными считались полеты на небольшую площадку Бахара, расположенную в лощине на пересечении двух ущелий. Подход к ней был возможен только с одной стороны, а ограниченные размеры позволяли принять лишь один Ми-6. После выполнения четвертого разворота до площадки оставалось менее 1,5 км, снижение в этих условиях походило на управляемое падение, а выравнивание происходило почти у самой точки касания, что требовало от летчиков навыков, которые и не снились организаторам полетов транспортной авиации в мирном СССР.

Конечно, Ми-6 не лез в самый огонь (участие его в десантировании планировалось только во второй волне нападавших), но появление ПЗРК сделало опасными их «родные» высоты. Еще в 1982 г. на Ми-6 перестали выполнять полеты на ПМВ. Набор высоты стали проводить в охраняемой зоне аэродрома. Постепенно нормой для крейсерского полета стали 4000–5000 м. Ми-6 позволял забираться и выше — более чем на 6000 м, что и выполнялось экипажами. Однако такие полеты в негерметичной кабине без кислородного оборудования были небезопасны, а возить с собой кислородные баллоны, могущие взорваться при малейшем осколке или пуле, было рискованно, хоть и неизбежно. К тому же это противоречило существовавшей инструкции, оговаривавшей максимальную высоту полета в 4000 м. Чтобы снять это ограничение, осенью 1986 г. в Кагане были проведены специальные испытания с участием ведущих инженеров МВЗ им. МЛ. Миля. По итогам испытаний было разработано методическое дополнение к Инструкции экипажу, которым устанавливалась максимальная высота полета 6000 м при взлетной массе не более 38 т (нормальная 40,5 т). С 1986 г., когда угроза обстрела ракетными комплексами стала особенно сильной, абсолютное большинство полетов на Ми-6 стали выполнять ночью. Старались работать парами и, набрав в охраняемой зоне 2500 м, отходили от аэродрома с последующим набором высоты до 4200–4500 м. На этом эшелоне Ми-6 мог свободно лететь со скоростью 180–200 км/ч, что на 50–70 км/ч превышало возможности Ми-8МТ. При следовании в боевом порядке один вертолет шел на 300 м ниже другого с 5-минутным интервалом, сзади их прикрывала пара Ми-8. Бортовые огни включались только на взлете и посадке, радиопереговоры в воздухе сводили к минимуму. И ошибки в пилотировании ночью были неизбежны. В 1986 г. ночью в районе площадки Шахджой Ми-6 зашел на посадку без видимости земли с большой вертикальной скоростью и оказался буквально размазанным по земле. Из всего экипажа в этой катастрофе выжили только командир и штурман. Как показало расследование, причиной катастрофы стала неправильная установка высотомера. В марте 1988 г. при ночной посадке в Файзабаде летчик из недавнего пополнения кундузского 181-го ОВП л-нт Захарченко стал слишком рано снижаться при заходе на посадку и на скорости ок. 120 км/ч зацепил передней стойкой дувал близлежащего дома. Экипаж не пострадал, но вертолет разрушился и полностью сгорел. И все же меры по изменению методик полета в Афганистане принесли свои плоды — разбитый в Файзабаде Ми-6 стал единственной машиной этого типа, потерянной в 1987–1988 гг.

И июля 1984 г. был потерян Ми-6 181-го ОВП (Кундуз). Выполнялся полет парой по маршруту Кабул — Бамиан, ведущий вертолет А. Пальнова, ведомым был экипаж А. Трегубова. Ведомый вез три тонны муки, и при пересечении хребта-пятитысячника в подвесной бак попала ракета. Взрывом снесло створки грузовой кабины, возник пожар. С трудом удалось Трегубову посадить вертолет, да и то в расположении противника. К счастью, неподалеку находился Ми-8 МТ из 50-го ОСАП, и его командир, к-н А. Лукьяненко забрал всех. Сам вертолет сгорел дотла. Через три дня, 14 июля, над Баграмом ракетой был сбит еще один кундузский Ми-6. На борту возник пожар, и м-р А. Скобов приказал экипажу покинуть машину, а сам остался бороться за спасение вертолета — на его борту находились пассажиры и полный экипаж другого Ми-6, который возвращался из Кабула. Из экипажа успели спастись только штурман и второй пилот, когда взрыв разметал вертолет в воздухе, при этом погибли 12 человек.

Летом 1985 г. недалеко от Бахары моджахеды подстерегли вертолет, перевозивший большую группу местных комсомольских активистов. Ми-6 был вынужден идти между горами, и со склона в него было выпущено несколько гранат из гранатомета РПГ-7, одна из которых попала в район двигателя и вызвала мгновенный пожар. Правый летчик и штурман покинули машину, но купола парашютов не успели раскрыться. Командир смог посадить горящую машину, но враг был умен и коварен — засада была устроена по всем правилам, и выбиравшиеся из горящей машины попадали под пули снайперов. Из Бахары была выслана группа на танке и БМП, но спасти удалось только несколько человек.

17 сентября 1985 г. взорвался в воздухе еще один Ми-6. Машина следовала из Кабула в Баграм, и на ее борту находилось более 4400 литров бензина в бочках. Из экипажа командира отряда Ми-6 м-ра М. Трабо чудом удалось спастись только второму пилоту А. Смирнову, который выпал из пылающего, разрушающегося вертолета. Но и на этом беды и потери Ми-6 в 1985 г. не закончились. Вскоре произошла трагедия на площадке Пули-Хумри. 14 марта 1985 года на ее явно короткую 350-метровую полосу без разрешения «земли» попытался посадить свой Су-22 заблудившийся афганский летчик, летевший на остатках топлива (афганские летчики, происходившие в большинстве своем из привилегированных, знатных семей, вообще пренебрегали дисциплиной в организации полетов и частенько просто уведомляли «вышку», что «борт такой-то» идет на взлет). В это время на старт выруливал Ми-6 командира эскадрильи кундузского 181-го ОВП м-ра Лапшина, груженный топливом. По команде РП вертолет ушел с полосы, давая посадку афганцу, но тот не удержал самолет на полосе и сошел с нее как раз в месте, где стоял Ми-6. На огромной скорости афганец протаранил вертолет — обе машины взорвались. Афганский летчик успел рвануть катапульту, но выход кресла шел уже среди обломков, и он погиб, как и весь экипаж Ми-6. А в ноябре все того же 1985 г. ракета попала в вертолет над Кабулом. Экипаж спасся на парашютах, при этом командир приземлился прямо во двор штаба 40-й армии. В том же месяце недалеко от Кандагара был сбит вертолет заместителя командира эскадрильи 280-го ОВП Хорькова, причем ракета сзади попала точно в корму вертолета, но не взорвалась при контакте, а прошла через всю машину и взорвалась в районе турбин. Штурман корабля А. Щербаков был облит горящим керосином и погиб, командир получил ожоги, а большинство членов экипажа были контужены. Никто из них толком не запомнил, как покидал на автоматизме гибнущий вертолет, — спастись помогло то, что взрывной волной внутреннего взрыва выбило блистеры и аварийные люки. На фото на вклейке изображен Ми-6, погибший 7 июня 1983 г. Вертолет А. Андреева вез груз минеральной воды и 12 пассажиров в Кандагар. Ракета попала в левый двигатель, но командир и мысли не допустил о возможности покинуть вертолет, и тяжело управляемый Ми-6 удалось посадить в Лашкаргахе, где он полностью и сгорел. Профессиональные действия летчика и экипажа спасли 12 жизней, у которых, казалось, не было шанса спастись.