После того как в 1547 году пророчество преподобного сбылось, царица Анастасия Романовна воздвигла около того же семейного Георгиевского монастыря церковь Анастасии-узорешительницы (разобрана в 1793 г.) и много благодетельствовала монастырю Геннадия. Скончавшийся в 1565 году инок был автором «Наставления начального иноку», очень ярко рисующего условия монашеского бытия тех лет.

Из богатого наследства отца младшему сыну Никите Романовичу достался двор на Варварской улице. Романа Юрьевича, окольничего по чину, участвовавшего в походе 1531 года в качестве воеводы, не стало в 1543-м. Его сын Даниил был возведен в сан окольничего в связи с венчанием сестры с Грозным. Годом позже он получил сан боярина, отличился в Казанском походе, особенно при взятии Арского острога, в походах против крымчаков и литовцев в 1556–1557, 1559 и 1564 годах и скончался в 1571-м. Не менее богатым был послужной военный список и Никиты Романовича. Он участвует в шведском походе 1551 года, воеводой в Литовском походе в 1559, 1564–1577 годах. Его не обходят и придворные чины. В 1563-м он становится дворецким и боярином, в 1584–1585 годах участвует в управлении государством. Из жизни он уходит в 1585-м, приняв монашество под именем Нифонта.

Никита Романович был женат дважды. Первая его супруга – Варвара Ивановна Ховрина, и отсюда один из вариантов происхождения романовского двора на Варварке: приданое невесты из рода богатейших сурожских купцов, заселивших одними из первых эту улицу. Вторая – княжна Евдокия Александровна Горбатая-Шуйская. Пятеро сыновей Никиты Романовича приобрели большое значение при царском дворе, всего же их было семь и пять дочерей, благодаря бракам которых Романовы смогли породниться со всей знатью. Здесь князья Сицкие, Черкасские и даже Годуновы. Племянник будущего царя женился на Ирине Никитичне Романовой.

Отважные в походах, ловкие в придворных интригах, Романовы отличались еще и редкой родственной сплоченностью, что делало их клан особенно опасным для Бориса Годунова. К тому же сам Никита Романович был еще и превосходным хозяином. Его дом и вотчины отличались редкой ухоженностью, использованием всякого рода иноземных новинок в организации хозяйства, ведении полевых работ. Не менее важно и то, что боярин усиленно поощрял научные занятия своих сыновей, не жалел средств на их образование, не запрещал общения с иностранцами и, в частности, с английскими купцами и посланниками, жившими в соседнем с ними домовладении – в Старом Английском дворе. И если владение латинским, греческим, тем более польским языком в культурной боярской среде считалось в порядке вещей, то английский, конечно, представлял редкость. Но именно его и знал Федор Никитич, будущий патриарх Филарет.

Но конец процветанию романовского дома был положен в 1601 году. Расправа Бориса Годунова с ненавистной и казавшейся слишком опасной семьей отличалась редкой жестокостью. Александр Никитич, который в 1585-м году находился во дворце в день приема литовского посла, а уже в следующем году занимал должность наместника Каширского, в 1591-м участвовал в походе против крымского хана Казы-Гирея и в 1598-м удостоился боярского сана, потерял боярство, был сослан, по словам летописца, в Усолье-Луду и там удавлен. Чем дальше от Москвы это будет сделано, тем лучше!

Михаил Никитич, стольник в 1597-м, окольничий в 1598-м, оказался в Ныроле, где скончался от голода. Василий Никитич, стольник, отправлен в Яренск, оттуда в Пелым, где умер, прикованный к стене. Иван Никитич, по прозвищу Каша, тоже оказался в Пелыме, но сразу после смерти брата в 1602 году был переведен в Нижний Новгород и даже возвращен в Москву. В день коронации Лжедмитрия удостоился боярского сана, в 1606—1607-м «сидел воеводою» в Козельске и на берегах реки Вырки одержал победу над отрядом князя Массальского, выступавшего сторонником Тушинского вора. Ему довелось быть при возведении на престол племянника и играть при его дворе значительную роль. Его жизненная удача перекликалась с удачей Федора Никитича.

Расправа Бориса Годунова именно с ним была поначалу особенно жестокой: его насильно постригли в монахи под именем Филарета и сослали в Антониев Сийский монастырь Архангельского уезда.

Родились молодые Романовы на Варварке, но вернуться туда вместе с родителями уже не смогли. Черная ряса положила вечный предел между ними. К тому же Филарет не отказался от дворцовых интриг. Лжедмитрий делает его митрополитом Ростовским и Ярославским. Но вскоре при взятии Ростова митрополит Филарет попадает в плен к отрядам Тушинского вора, который, в свою очередь, предлагает былому претенденту на престол сан патриарха, на что Филарет дает согласие.

Вернуться в Москву Филарету удается только после развала Тушинского лагеря. Он участвует в свержении царя Василия Шуйского и поддерживает брата Ивана Никитича, вошедшего в состав Семибоярщины. Решение последней пригласить на русский престол польского королевича Владислава, сына правящего польского короля, поддерживали оба брата. Соответствующий договор был заключен с гетманом Жолкевским. Филарет возглавил «великое посольство» в Польшу, которому предстояло уладить все формальности. За все это бурное время заниматься московским двором, как и вотчинами, патриарх Филарет не мог. На Варварке оставалась Великая старица с сыном Михаилом.

Московское посольство приехало в Смоленск, где в то время находился король Сигизмунд. Однако добиться согласия с ним не удалось. Более того, послы были арестованы и отправлены в качестве заложников в Польшу. В Варшаве патриарху предстояло прожить до 1619 года, когда царем Михаилом Федоровичем было подписано Деулинское соглашение и прекращена многолетняя война. Филарет теперь становится законным патриархом.

Властный, «нравный», не терпящий никаких возражений, Филарет в действительности присвоил себе царское положение. Государственные бумаги подписывались двумя «государями» – Филаретом и Михаилом. Михаил Федорович, год от года взрослея, все равно не обретал нужной силы воли, чтобы противостоять отцу. Не меньшее влияние на него имела и Великая старица. Несостоявшаяся семейная жизнь угнетала обоих родителей, но они не могли и не хотели преступать правила монашеских условностей, виделись редко, только на людях.

Но вот когда 26 января 1631 года скончалась Великая старица, Филарет не захотел, чтобы их родовое гнездо заняли другие, пусть даже родственные люди. Постановлением патриарха на «государевом дворе» был основан Знаменский монастырь. Сам Филарет пережил жену всего на два с половиной года.

Хотя после вступления Михаила Федоровича на престол двор на Варварке был «поправлен», настоящего ремонта в нем не производилось. К тому же в 1626 году пожар, вспыхнувший 3 мая, опустошил всю улицу, а вместе с ней и Старый государев двор, как его станут называть. Это обстоятельство позволило расширить Варварку, но главная каменная палата на углу Псковского переулка была оставлена нетронутой. Из населения здесь упоминаются только Знаменской церкви протопоп Иаков с двумя священниками и другими лицами церковного клира. В год основания монастыря царской грамотой он был наделен родовыми населенными имениями, принадлежавшими Великой старице.

Приведенный в порядок монастырь вновь сильно пострадал во время пожара 1668 года. Согласно обращению к царю игумена Арсения, «бьют челом богомольцы твои Знаменского монастыря, что на вашем государевом старом дворе твое царское богомолие – монастырь выгорел со всеми монастырскими службами и с запасьем, на церквах кровли обгорели и ваше государское стариннное строение – палаты – убогим, ныне построить нечем; место скудное; погибаем вконец».