06.12.1835 г. Гартунг производится в генерал-лейтенанты. В 1837 г. он вступает в командование 16-й пехотной дивизией, через 6 лет принимает 1-ю гренадерскую дивизию. Дают о себе знать возраст, болезни и раны — он просит об отставке. Ему предоставляют отпуск, после чего назначают командиром Отдельного корпуса внутренней стражи и одновременно инспектором резервной пехоты. Корпусом он командовал 10 лет.

Для 65-летнего генерала это совершенно новая сфера деятельности. Со свойственной ему энергией, спокойствием и разумностью он приступает к изучению положения дел во вверенном ему войске. Интриг и лести он не терпит, держится скромно и порой независимо. Путем непрестанного личного инспектирования он получает четкое представление о корпусе, его задачах и возможностях, расквартировании, питании, обеспечении обмундированием и вооружением, морально-физическом состоянии солдат, унтер-офицеров, нравственных качествах офицеров и генералов, их способности учить и воспитывать подчиненных, заботиться о них и требовать безукоризненного исполнения воинского долга. Его занимала постановка караульной и конвойной служб, интересовали вопросы религиозно-нравственного воспитания, взаимоотношений между воинскими гарнизонами и населением, караулами и местной администрацией, конвоирами и арестантами. Он впервые непосредственно столкнулся с проблемой преступления и наказания на Руси и той ролью, которая отводится внутренней страже в обеспечении «тишины и спокойствия» в государстве.

Гартунг получил прекрасное воспитание и образование в семье и кадетском корпусе («Российской грамоте…, Закону Божьему, арифметике, геометрии, языкам немецкому, французскому и рисовать обучался», — писал он). Воспитание в кадетском корпусе строилось на соблюдении принципов: «Власть над собою, воздержанность, укрощение страстей, стремление к усовершенствованию себя, деятельность, порядок, честность, бескорыстие, правдолюбие, справедливость, твердость духа, неустрашимость и скромность». А средствами для достижения этих целей и качеств служили: положительный пример, соревновательность, сочетание честолюбия с развитием в себе нравственных чувств, учение и чтение, награждения и наказания. Все это нашло отражение в Уставе для военно-учебных заведений. Гартунг получил и великолепную нравственно-физическую закалку еще в Фанагорийском полку, где помнили и чтили суворовские заветы, традиции и афоризмы. Особенно заповеди, касающиеся заботы о солдатах, как, например: «Солдат дорог… Кто не бережет людей: офицеру — арест, унтер-офицеру — палочки…» Насчет «палочек» Гартунг воздерживался, больше стремился предотвратить неприятности.

О деятельности Гартунга на посту командира Отдельного корпуса внутренней стражи можно составить представление, ознакомившись с его приказами, они сохранились главным образом благодаря тому, что, начиная с первого командира ОКВС графа Е. Ф. Комаровского, печатались в типографии корпусного штаба в Санкт-Петербурге, компоновались в отдельные сшивы в хронологическом порядке и в таком виде попали в архив. Между прочим, в этой же типографии печатались разные издания, в том числе журнал «Военный сборник», на который подписывались генералы и офицеры корпуса.

Весьма интересны приказы, подписанные Гартунгом. Приведем содержание некоторых из них. Летом и осенью 1847 г. на юге страны вспыхнула холера. Эпидемия охватила и ряд батальонов ОКВС. Это бедствие грозило большой бедой, но благодаря своевременно принятым мерам потерь было немного. В приказе № 200 от 11 октября 1847 г. говорится о правильных действиях командования Харьковского батальона, где заболело 165 человек, в том числе 6 солдатских жен, а умерло 11 человек, выражается признательность городскому врачу, отмечается заботливость и распорядительность командира батальона. Гартунг строго взыскивал с офицеров, злоупотреблявших своей властью, применявших недозволенные действия по отношению к своим подчиненным, допустившим аморальные поступки. Так, были преданы военному суду командир Воронежского гарнизонного батальона полковник Заславский за использование четырех солдат в собственное услужение, за жестокое наказание в чем-то провинившихся рядовых розгами, палками и шомполами. Штабс-капитан Ярославского батальона Устинов, преданный Гартунгом суду за побои, нанесенные одному из солдат в карауле, был лишен офицерского чина, ордена Св. Анны 3-й степ. и назначен на службу рядовым. Борясь с разного рода злоупотреблениями, Гартунг категорически запретил командирам батальонов и команд «вступать в подряды на поставку предметов, до довольствия вверенных им войск относящихся» (борьба с коррупцией в тех условиях!). Он запретил расходовать заработанные солдатами на вольных работах деньги, кроме как на улучшение их питания. Вел систематическую борьбу с самовольными отлучками нижних чинов из мест размещения, требовал соблюдения правил «смотрения за нижними чинами ненадежного поведения, штрафованными и приверженными пьянству». В то же время проявлял заботу о религиозно-нравственном воспитании подчиненных. Ежегодно в приказах, как это уже было заведено в ОКВС, перечислялись дни религиозных праздников православных, мусульманских, иудейских с тем, чтобы лица данных исповеданий могли исполнять соответствующие обряды, освобождая их от службы.

8 апреля 1851 г. за достигнутые успехи в руководстве Отдельным корпусом внутренней стражи Гартунг произведен в генералы от инфантерии. Получил награду — орден Белого Орла. Десять лет он командовал этим корпусом и многого достиг. Огромную организаторскую работу он провел во время Крымской войны при формировании государственного ополчения, в которое ОКВС выделил 17,5 тыс. человек. В отражении попытки неприятельских сил захватить Соловецкий монастырь и Колу отличились 1-й Архангелогородский батальон и Кольская инвалидная команда, за что по представлению Гартунга отличившиеся офицеры и нижние чины были удостоены наград. Ревельскому батальону за обеспечение безопасности района Балтийского побережья было вручено Знамя. Награждены были и воины, попавшие из внутренней стражи в боевые части непосредственно в Крыму.

20 июня 1852 г. в связи с 50-летием производства в первый офицерский чин Гартунг удостаивается награждения орденом Св. Александра Невского с алмазами, учитывая подвиги его в минувших войнах, полезные труды, долговременную и усердную службу. Это последняя его награда.

Орденов у него было много, а денег на большую семью не хватало. Вот расчет годового денежного содержания командира ОКВС и инспектора резервной пехоты генерала от инфантерии Н. И. Гартунга: жалованье — 1430 руб. серебром, столовые деньги — 2802 руб., на разъезды — 1428 руб. 57 коп., арендное производство — 200 руб., всего 7660 руб. 57 коп. Имение требовало больших расходов, детей надо было учить, квартиру и семью содержать. Он несколько раз вынужден был, как это делали и другие генералы, обращаться с просьбами о вспомоществовании за счет казны. 8 апреля 1854 г. он пишет докладную записку следующего содержания: «При ежегодных объездах моих для установленного инспекторского осмотра частей вверенного мне корпуса каждый раз в продолжение четырех месяцев на расстоянии до 6 тыс. верст, оставляя в С.-Петербурге семейство мое с обеспечением содержания его в отсутствие мое и подвергаясь через то двойным значительным издержкам, на покрытие которых средства мои оказываются недостаточными, я в необходимости нахожу себя обратиться к его сиятельству господину военному министру оказать благосклонное внимание к настоящему обстоятельству и, если будет признано возможным, исходатайствовать мне от высоких щедрот Государя Императора в единовременное пособие из запасного капитала, вверенного мне корпуса восемь тысяч рублей серебром».