Вскоре царь все-таки оказался в своей кремлевской резиденции. Он захотел увидеть сына — царевича Алексея. Как оказалось, принимая поздравления от бояр, лично в шутовском кураже остригая ножницами боярские бороды, пируя в доме любимца Лефорта, царь не забывал о своей семье. Но прятал свои чувства от взглядов посторонних. Корб описал, как под покровом ночи 27 сентября «царь с очень немногими из самых доверенных поехал в Кремль, где дал волю своим отцовским чувствам по отношению к своему сыну царевичу, очень милому ребенку, трижды поцеловал его и осыпал многими другими доказательствами отцовской любви; после этого он вернулся в свой черепичный дворец в Преображенском, избегая видеться с царицей, своей супругой; она ему противна, и это отвращение усилилось от давности времени». Трудно сказать, кто был информатором имперского посольства, но, похоже, рассказ записан со слов очевидца, знавшего обстоятельства встречи царя с сыном после разлуки. А царица Евдокия узнала, что от нее по-прежнему ждут одного: чтобы она скрылась подальше от царских глаз.

И все же ее настойчивость была вознаграждена. Встреча с сыном немного смягчила Петра, и он согласился увидеть царицу Евдокию. Правда, так, чтобы у нее не оставалось никаких сомнений в том, что она должна покинуть дворец. Про встречу царя с женой, состоявшуюся почти сразу за этим внезапным ночным приездом в Кремль, тоже сообщали имперские дипломаты. Но на этот раз они не узнали ничего определенного, кроме самого факта встречи. Секретарь Иоганн Корб в своих дневниковых записях сослался на «очень неправдоподобный» слух о том, что разговор царя и царицы происходил наедине в течение четырех часов. Причем местом этой встречи был не дворец, а какой-то «чужой дом». Он даже подумал, что речь могла идти о встрече Петра с «любимейшей сестрой» царевной Натальей Алексеевной, а не с женой. Источники такой путаницы становятся понятными, если сопоставить посольские дневники с делопроизводством дворцовых приказов, в которых сохранились документы о распоряжении изготовить две кареты и десять ямских подвод для похода царевны Натальи Алексеевны в Преображенское, датированные 27 августа 1698 года. Следовательно, для окружающих это был «поезд» именно царевны Натальи Алексеевны. Но остается вопрос: кто ехал во второй карете, приготовленной для нее в Конюшенном приказе?

Вероятно, посол Гвариент не счел нужным посвятить секретаря посольства во все ставшие ему известными детали и в самом общем виде рассказал о циркулирующих «слухах». Как видно из его собственной депеши в Вену, датированной 2 (12) сентября 1698 года, в действительности Гвариент был точнее осведомлен о том, что встреча царя Петра и царицы Евдокии все-таки состоялась. Посол Гвариент, зная о встречах Петра с «монсовой дочерью», конечно, догадывался о том, почему царь больше не хотел видеться наедине со своей женой-царицей. Но опасался поверять все бумаге и поэтому написал вполне нейтрально о встрече царя Петра с царицей «для приветствования». Расшифровать же этот несложный эзопов язык, сопоставив его с прежними известиями Гвариента, в канцелярии цесаря большого труда не составляло. Хотя бы даже по странным деталям такого «приветствия» после почти полуторагодовалой разлуки.

Посол описывал сначала посещение царем Петром сына в Кремле, а потом вызов царицы Евдокии в Преображенское, где царь принял ее не в своем дворце, а в «чужом доме» (точно так же записал Корб). Что это был за дом, Гвариент в итоге тоже узнал: по его словам, это был дом «здешнего начальника почт». Очевидно, речь идет о думном дьяке и первом русском почтмейстере Андрее Виниусе, участнике Всешутейшего собора и одном из доверенных лиц царя.

Царицу Евдокию, наверное, ждало потрясение, когда она встретила мужа, одетого в чужое для нее немецкое платье. За полтора года отсутствия в России Петр должен был сильно измениться. Но никакие неожиданности не смогли сломить духа этой сильной женщины; четыре часа, проведенные, по словам Гвариента, «в тайной беседе», окончились ничем, Петр не достиг желаемого согласия на постриг жены в монастырь. 31 августа царь снова приехал в Кремль для того, чтобы приветствовать патриарха Адриана. Патриарх был болен и не мог сам явиться к Петру. Царя должно было интересовать: почему никто из духовных не выполнил его указ об отправке строптивой царицы Евдокии в монастырь. Депеши посла Гвариента и записки Корба в описании этой встречи являются плохим подспорьем из-за ряда неточностей и преувеличений. Говоря о патриархе, который якобы едва откупился от царского гнева уплатой многих сотен рублей, или о привезенных в Преображенское для розыска попах, они передавали какие-то бытовавшие в то время слухи, напрасно связывая их с делом царицы Евдокии. По справедливому мнению М.М. Богословского, к розыску тогда были взяты не те попы, которые не смогли исполнить распоряжение об «уговоре», а священники мятежных стрелецких полков.

Петр так и не простил царице ее упорства. Но следуя в своем рассказе за депешами Гвариента и полностью доверяя им, не делаем ли мы ошибки? Ведь беспристрастные дворцовые документы свидетельствуют и об отпуске «в хоромы» царицы Евдокии «сукна, тафты» и прочих товаров 2 сентября 1698 года, то есть после ее встречи с царем Петром. Может быть, речь шла даже о царском распоряжении? В итоге, как известно, царь Петр все равно решил дело по-своему. Он совсем не хотел, чтобы царица и дальше оставалась во дворце. Но существовал и главный вопрос: что будет с царевичем Алексеем? Петр распорядился просто, передав сына от матери на воспитание своей сестре царевне Наталье Алексеевне. Уже 20 (30) сентября, как записал в своем дневнике Иоганн Корб, «царевич посетил царя в Преображенском с любимейшею сестрою царя Наталией».

В то же самое время царь начинал втягиваться в стрелецкий розыск. Петр многое узнавал о стрельцах, желавших вместо него «на царство выбрать государя царевича», о том, как мятежники хотели бить челом в его отсутствие царицам Прасковье и Евдокии, царевичу Алексею и сестрам-царевнам, в первую очередь Софье. В Москву уже свозились из разных мест для нового следствия несчастные стрельцы четырех полков, устроивших выступление летом 1698 года. И эти стрельцы вместе с их прежними начальниками Лопухиными крепко оказались соединены у Петра в одно ненавидимое целое.

Следователи Петра I установили причастность царевны Софьи к выступлению стрельцов. А еще — ее сестры царевны Марфы, имевшей неосторожность передать Софье новости о появлении стрельцов в Москве и их готовности к возмущению. Стрелецкий розыск, проникший до самого «Верха» и коснувшийся царевен и дворцовых служителей, не предвещал ничего хорошего царице Евдокии. Она могла понимать, что царь только на время оставил ее своим вниманием, а на самом деле вокруг нее сжимается кольцо розыска, предвещавшее новую встречу с «монстрой» Ромодановским. В дневнике Корба осталась запись, из которой можно понять, насколько близко следствие подобралось к самой царице Евдокии: «…все друзья царицы призваны в Москву по неизвестной причине, но все же это считается дурным предзнаменованием, так как в городе распространился вполне определенный слух о расторжении брака с царицей». Так и произошло. Решение об отправке на житье в монастырь стало для нее лучшим выходом, чем возможные обвинения ее самой, ее «друзей» или родственников в связи со стрелецким делом. Смягчить участь царицы Евдокии могло только ее согласие с волей Петра I. И она подчинилась.