2 октября вопрос о ВЧК обсуждался в ЦК РКП (б), который поручил Дзержинскому составить проект положения о ВЧК с тем, чтобы урегулировать деятельность центральных и местных ЧК, а также их взаимоотношения с другими советскими учреждениями. Была создана комиссия, в которую вошли представители ВЧК, НКВД и НКЮ.

Во время работы комиссии в № 3 «Еженедельнике чрезвычайных комиссий» от 6 октября 1918 г. была опубликована статья «Почему вы миндальничаете?», за подписью уездного исполкома Нолинска Вятской губернии. Она была написана по поводу освобождения организатора антисоветского заговора английского дипломата Р.Г.Б. Локкарта. В статье предлагались самые крайние меры воздействия вплоть до пыток арестованных контрреволюционеров при их допросах.

В связи с этим, Президиум ВЦИК признал, что это находится в глубоком противоречии с политикой и задачами советской власти. 25 октября 1918 г. ЦК РКП (б), осудив нолинцев за их статью и редакцию за ее напечатаете, решил «Еженедельник» закрыть и назначить «политическую ревизию ВЧК комиссией от ЦК в составе Каменева, Сталина и Курского. Поручить комиссии обследовать деятельность чрезвычайных комиссий, не ослабляя их борьбы с контрреволюционерами»[145].

Подготовленное комиссией «Положение о Всероссийской и местных чрезвычайных комиссиях» было принятого ВЦИК 28 октября. Оно признавало ВЧК центральным органом, объединявшим деятельность местных ЧК и боровшихся с контрреволюцией, спекуляцией и преступлениями по должности на территории РСФСР, и вновь подтверждало ее непосредственное подчинение СНК. Местные ЧК создавались советами как один из отделов исполкома.

В Положении отмечалось, что ВЧК работает в тесном контакте с НКВД и НКЮ, ее члены назначаются СНК, а председатель входит в коллегию НКВД. В свою очередь, НКВД и НКЮ делегируют своих представителей в ВЧК; ВЧК и местные ЧК имеют право на организацию при себе особых вооруженных отрядов, численность которых устанавливается исполкомами советов депутатов по согласованию с ВЧК. Все отряды ВЧК и местных ЧК находятся под контролем и на учете РВС Республики; члены местных ЧК назначаются и отзываются местными исполкомами, а председатели избираются исполкомами и утверждаются ВЧК; вышестоящие органы ВЧК имеют право посылать в низшие органы своих представителей с решающим голосом; постановления местных ЧК могут быть приостановлены и отменен ЧК высшей инстанции; ВЧК разрабатывает инструкции для местных ЧК[146].

В конце 1918 г. в результате улучшения внутриполитической обстановки в стране возникла необходимость в уточнении функций и прав ЧК и приведении их в соответствие с задачами укрепления революционной законности, сформулированными на VI Всероссийском съезде Советов 8 ноября 1918 г.

В декабре 1918 г. в печати снова развернулась дискуссия о ВЧК. В этом же месяце возник конфликт в связи с утверждением члена коллегии ВЧК М.Ю. Козловского о незаконных репрессиях ВЧК. 19 декабря 1918 г. Бюро ЦК РКП (б) заслушало доклад Дзержинского о заседании ВЧК, на котором было решено обраться в ЦК о разрешении конфликта между Козловским и остальными членами коллегии. Дзержинским было отмечено, что в печати за последнее время печатались статьи о деятельности ВЧК, носившие «не столько деловой характер, сколько злобное отношение».

После обсуждения выступления председателя ВЧК было предложено НКЮ временно заменить Козловского в качестве представителя комиссариата в ВЧК до разрешения конфликта, разбор конфликта поручит И.В. Сталину; «на страницах партийной и советской печати не может иметь место злостная критика советских учреждений, как это имело место в некоторых статьях о деятельности ВЧК, работы которой протекают в особо тяжелых условиях»[147].

8 января 1919 г. Каменев направил В. И. Ленину проект резолюции о реформе революционных трибуналов и чрезвычайных комиссий, который предусматривал немедленную ликвидацию ВЧК и всех ее местных органов, а борьбу с контрреволюцией передать революционным трибуналам. 20 января 1919 г. ВЧК представила В. И. Ленину «Положение о Всероссийской чрезвычайной комиссии и губчк», в котором обосновывались принципы деятельности ВЧК, принятые ВЦИК 28 октября 1918 г. с соответствующими изменениями, внесенными в последующем.

Во второй половине января 1919 г. В. И. Ленин не поддержал Н.В. Крыленко, посоветовав удовлетворить просьбу Ф.Э. Дзержинского. — «Он формально прав, а Крыленко суетится зря — мое таково впечатление». Это было ответом на письмо Крыленко, в котором сообщалось, что Дзержинский потребовал заставить уголовный розыск выдать ЧК дело — карточки бандитов. Он выполнил эту просьбу, но Н.В. Крыленко и К.А. Розмирович утверждали, что это помешает расследованию. Видимо, речь шла об учетных карточках на членов крупных бандитских шаек Я. Кошелкова, Н. Сафонова, Г. Плещинского, орудовавших в Москве и Московской губернии[148].

29 января 1919 г. началась новая дискуссия о ВЧК. Вопрос стоял о самом ее существовании. 20 января были ликвидированы уездные ЧК. Некоторые советские работники считали, что наиболее тяжелый период Гражданской войны прошел, контрреволюция разбита наголову, политические преступления становятся редким исключением.

Руководители НКЮ разработали проект реорганизации ВЧК и ревтрибуналов, который предусматривал изъятие у ВЧК права на внесудебное разрешение дел и сохранение их лишь как органов розыска и пресечения. Согласно проекту органы ВЧК должна быть подчинена ревтрибуналам и работать под их контролем.

Против ликвидации ЧК решительно возражали Дзержинский, Я.Х. Петерс и ряд других советских и партийных работников. 30 января Дзержинский выступил с докладом на Московской общегородской конференции РКП (б). Итоги дискуссии были подведены 4 февраля 1919 г. на заседании ЦК РКП (б) при обсуждении вопроса «Чрезвычайные комиссии».

Было решено поручить комиссию в составе Ф.Э.Дзержинского, И.В.Стапина и Л.Б.Каменева разработать положение о ЧК и ревтрибуналах, руководствуясь следующим: 1) право вынесения приговоров должно быть передано из ЧК в ревтрибуналы, причем ревтрибуналы должны состоять из 3 человек; 2) аппарат ЧК должен остаться в качестве, во-первых, розыскных органов и, во-вторых, органов непосредственной борьбы с вооруженными выступлениями (бандитскими, контрреволюционными и т. п.); 3) за ЧК сохраняется право расстрелов при военном положении (если это право предусмотрено самими постановлениями об объявлении той или иной местности на военном положении); 4) работа комиссии должна закончиться в кратчайший срок[149].

Комиссия в составе Дзержинского, Сталина и Каменева в течение двух недель закончила работу над проектом положения о чрезвычайных органах и ревтрибуналах, и 17 февраля 1919 г. председатель ВЧК от имени фракции большевиков выступил на 8-м заседании ВЦИК с мотивированными предложениями от фракции коммунистов о порядке реорганизации ВЧК и ревтрибуналов.