Сами опыты требовали постоянного вливания алкоголя в организм в течение довольно длительного срока. Жена, Бокова, была далеко, в самой Вене пьющих людей оказалось не очень много, короче говоря, подходящего объекта, который бы смог выполнить «строгий режим», на чужбине найти не удалось, и Сеченов в интересах науки и всего угнетенного русского народа решил провести опыты на самом себе. Где он доставал водку за границей, чем заменял ее, использовал ли он при этом простой змеевик для самогоноварения – это все детали, не относящиеся к сути дела. Известно лишь, что здоровье физиолога было серьезно подорвано. Диссертацию он все-таки написал и сумел защитить по возвращении своему на родину. Защита состоялась в Медико-хирургической академии в Петербурге.

После защиты диссертации Сеченов становится профессором академии и начинает работу на кафедре физиологии. Новоиспеченный профессор не просто излагал студентам скучную научную теорию, но и сопровождал свои лекции смелыми и убедительными экспериментами. Так, неутомимый естествоиспытатель вскрывал на глазах студентов у подопытной лягушки головной мозг и верхнюю часть спинного, а потом делал поперечные разрезы в области так называемых зрительных бугров (в головном мозге). Подвесив препарированную таким образом лягушку за челюсть, он погружал ее задние конечности в сосудик с раствором серной кислоты и следил по часам (или с помощью метронома), сколько времени пройдет до того момента, когда лягушка отдернет лапки из раствора. Этим простым способом Сеченов определял скорость рефлекторного ответа на раздражения. Неоднократно проделав эти опыты, Сеченов отметил любопытное явление, которое получило название центрального торможения. Он пришел к выводу, что в головном мозге имеются центры, которые могут оказывать угнетающее действие на скорость наступления рефлекторных актов.

Не удовлетворившись результатами опытов над лягушками, Сеченов решил проверить правильность своих выводов на самом себе, благо опыт с алкогольным отравлением уже был. Он знал, что рефлекс отдергивания руки у человека можно задержать различными способами, например: стискивая зубы, сильно напрягая мышцы груди и живота и задерживая при этом дыхание. Зная это, Сеченов опускает свою руку в раствор серной кислоты. Сильным напряжением воли он делает попытку задержать рефлекс отдергивания руки. Ощущение жжения прекратилось и не возобновилось все время, пока усилием воли Сеченов поддерживал напряжение мышц. На ум невольно приходит сцена из романа «Что делать?», в которой Рахметов всю ночь спит на гвоздях. Так он готовил себя к предстоящей революционной борьбе.

Но если убрать всю эту воинственную риторику, то, во-первых, хочется высказать соболезнование тем очевидцам, которые могли присутствовать при этих явных проявлениях идейного мазохизма, а, во-вторых, по Фрейду, недурно было бы узнать о личной жизни самого Сеченова с боготворимой им супругой Марией Александровной Боковой. Думается, что психоаналитик получил бы богатый материал для исследования. Во всяком случае, доподлинно известно, что это именно супруга Сеченова стала инициатором публикации «Рефлексов головного мозга», которые вышли в свет в один год с романом Чернышевского. Этот труд ученого и явился обобщением всех этих не совсем обычных опытов и наблюдения над лягушками и над самим собой.

Французский теоретик культуры М. Фуко писал, что «человек становится природой для самого себя лишь в той мере, в какой он способен к безумию… Безумие и есть стихийный переход к объективности». (Мишель Фуко. История безумия в классическую эпоху. Санкт-Петербург, 1997, С. 512). Скорее всего, Фуко намекал на так называемое шизофреничное раздвоение личности. Рефлектируя по своему поводу и по поводу своей природы, человек, ученый, словно раздваивается. Это, одновременно, и он и не он. Это особенности физиологии человека, которая сопоставима с физиологией земноводного, и в то же время мое «я» исследователя стоит над происходящим, судит, оценивает его. Но это и есть тип поведения шизофреника.

В этом стремлении свести человека к земноводным, то есть максимально объективизировать предмет исследования, к тем самым земноводным, к которым принадлежат не только лягушки, но и змеи, и одна из этих тварей, по Библии, не случайно оказалась в критический момент в райском саду, так вот, это стремление открыто выдает желание физиолога лишить человеческое сознание ореола святости. Внутренний мир человека должен был быть подчинен эгоистическим законам Природы.

Но задолго до Чернышевского и Сеченова во французской литературе уже существовал писатель-философ, которому удалось просветительское и материалистическое представление об объективности и эгоистичности законов Природы в соответствии со строгой логикой довести до последних пределов безумия и абсурда. Если у Сеченова человек и лягушка находятся на одной плоскости объекта исследования, то у маркиза де Сада человек, вообще, приравнен цветку, выросшему из навозной кучи. Буквально в духе русского естествоиспытателя безумный маркиз призывает в одном из своих романов: «Не познав все, ты не познаешь ничего; и если робость помешает тебе идти до конца, природа ускользает от тебя навеки».

Н.А. Некрасов через супругу Сеченова предлагал ученому опубликовать в журнале «Современник» статью под названием «Попытка ввести физиологические основы в психические процессы». Это был конспект большой работы «Рефлексы головного мозга», о которой уже шла речь выше. Научная статья обладала огромным политическим смыслом. Появление же самой книги в количестве 3 тысяч экземпляров вызвало в обществе настоящий шок. Тираж арестовали, и разразился судебный скандал. Когда друзья Сеченова спрашивали, какого адвоката он думает привлечь для своей защиты, то физиолог упоминал лишь лягушку, которой в зале суда собирался также вскрыть головной мозг и погрузить ее лапку в кислоту, как это он уже проделывал в студенческой аудитории. Самоочевидность опыта словно разрушала все принятые представления об исключительности природы человека. Было в этом что-то колдовское, что-то от судебных процессов над ведьмами. Там предлагали женщинам полетать на метле, а здесь чернокнижник сам хотел вскрыть у всех на глазах лягушку, словно хотел совершить некие магические заклинания, не терпящие никаких возражений.

Начало 70-х годов было связано для Сеченова с тяжелыми переживаниями. Его новаторская деятельность в Медико-хирургической академии привлекла особое внимание правительства. Сторонники самодержавия и порядка, напуганные растущей популярностью ученого и его революционным влиянием на определенную часть студенчества, решили во что бы то ни стало избавиться от неугодного профессора.

В 1870 году основоположник русской физиологии был фактически изгнан из Медико-хирургической академии.

Дважды была отклонена его кандидатура и на вакантное место в Российской академии наук (1860 г. и 1870 г.).

Лишенный возможности работать в области физиологии Сеченов нашел временный приют в лаборатории своего друга Д.И. Менделеева, где он должен был проявить себя как химик. По теме, предложенной Менделеевым, Сеченов осуществил синтез азотисто-метилового эфира и дал подробное описание этого соединения. В письме к Мечникову он писал, что вполне возможно, что он переквалифицируется в химики.