Хованский действительно инсценировал интригу с целью заговора против царей и правительницы. Он хотел сам короноваться на царство. Софья с братьями остановилась в Измайлове и созвала Думу. Тайный суд приговорил Хованского к смерти. Хованский уже находился в резиденции в Москве, когда его достигло приглашение в Измайлово. Он последовал приглашению. Едва Хованский 17 сентября 1682 года прибыл в Измайлово, он был схвачен и обезглавлен. Заговор провалился. Стрельцы покорились Софье. Регентша победительницей возвратилась в Кремль. Софья как женщина и первая в течение длительного времени правительница Русского государства органично влилась в автократическую традицию дома Романовых.

Новым главой Стрелецкого приказа стал Шакловитый. Всеми остальными делами правления руководил образованный и поддерживавший западные тенденции Софьи Василий Голицын, который с 1682 года как глава внешнеполитического ведомства[8] украсил себя титулом «канцлер». Василий Голицын был талантливым политиком и любовником Софьи. Личные отношения между обоими в исторических источниках представлены лишь схематично. Между тем более отчетливо выявляется, что Василий Голицын долгое время находился под сильным влиянием своей матери Татьяны Голицыной. Во благо своей семьи и сына она вмешивалась во все политические и военные дела, которые касались ее сына, и не боялась давать фавориту правительницы наставления по службе. Можно предположить, что у Софьи и Татьяны Голицыной были тесные личные отношения, которые сказывались на решениях Софьи.

Реальные результаты деятельности Василия Голицына были ограничены. Регентство Софьи не было направлено на проведение амбициозных реформ. Прежде всего она энергичными средствами обеспечивала свою личную власть. В качестве правительницы, пусть и из дома Романовых, но некоронованной, она опиралась на мелкопоместное служилое дворянство и удовлетворяла, как могла, их желания. Она уравняла в правах служилое дворянство и родовое, упрочила крепостную зависимость и провела новое общее межевание земель. Софья поощряла развитие производства и в 1687 году отменила таможенные барьеры в отношении Украины.

Общему развитию страны служило и сделанное в 1689 году приглашение гугенотам поселиться в России. Преследование староверов при Софье приняло жесткие формы из страха, что они могут присоединиться к новому стрелецкому восстанию и усилить беспорядки в стране. В целом, как показывают события 1682 года и основание в 1687 году Славяно-греко-латинской академии, годы ее правления отличались подъемом волны религиозно-богословской полемики. Основанием этой первой школы Софья шагнула дальше по пути раннего просветительства, начатом царями Алексеем и Федором. Но она заботилась также и о порядке и чистоте в городах, вела безнадежную борьбу с бюрократией и коррупцией, провела реорганизацию войска и все более экономически и политически открывала страну Западу. Софья одобрила подписание новых торговых договоров с Польшей и Швецией, снизила экспортные пошлины на скобяные изделия и текстиль и расширила торговою с Англией, Нидерландами, а также с Бранденбургом и Саксонией. Она понимала политические и экономические потребности Русского государства.

Но Софья проиграла, причем таким же образом, как это происходило со столь многими ее сотоварищами по трону. Она была свергнута. Два кризиса совершенно различной природы обусловили после семи лет регентства ее политический и личный крах. Внешняя политика и политика в области безопасности потерпели фиаско. Правительница из дома Милославских в конце концов уступила властной воле Нарышкиных, царице Наталье Кирилловне и ее неистового сына Петра Алексеевича ввиду того, что к началу ее правления роль женщин в русском государстве возросла. Тот факт, что Софья была женщиной, имел лишь второстепенное значение при падении ее власти. Правда, до сих пор русские женщины не имели в политике официальных функций. Правовое и социальное положение русской аристократки в основе своей оставалось неизменным и тогда, когда в XVIII веке практически полностью правили женщины, и ограничивалось семьей, искусством, литературой и благотворительностью.

Софья потерпела поражение во внешней политике. Ее поражениями воспользовались Наталья Нарышкина и сводный брат Петр. Правда, ей удалось добиться во внешней политике некоторых успехов, которые отвечали традициям и продолжали поставленные царем Федором цели и за счет которых она надеялась укрепить свою власть внутри страны. К этому относится подписанный в 1686 году в Москве «Вечный мир» с Польшей. Россия вступила в антитурецкую «Священную лигу». В 1683 году турки были разбиты под Веной. Правительство Софьи ожидало, что вступление в «Священную лигу» ускорит реализацию собственных целей. Шли спекуляции по поводу доступа к Черному морю. Крым должен был целиком отойти к России. В этом вопросе Русское государство нуждалось в поддержке Польши, поскольку нападение на Крымское ханство было бы равноценно разрыву заключенного царем Федором в 1681 году миру с Бахчисараем. Софья считала, что после заключенного с Польшей «Вечного мира» Россия готова к походу на крымского хана.

В 1687 году регентша назначила Василия Голицына главнокомандующим кампании. Этим назначением она совершила личную и политическую ошибку, которой только и ждали Нарышкины и подросший Петр Алексеевич. После волнений 1682 года Наталья Нарышкина держалась на заднем плане. Ее не изгнали из Кремля, но летом она жила в селе Преображенском, а зимой – в Москве. С 1682 по 1689 год мать Петра не принимала участия в политике. В полной тиши она собирала силы и союзников для своего сына. Она поддерживала постоянный контакт с патриархом Иоакимом и готовила Троице-Сергиев монастырь, чтобы в случае крайней необходимости укрыться в нем. Петр был царем, Софья правила от его имени, но все участники считали пробу сил неизбежной. В то время как Софья недоверчиво смотрела на потешные полки Петра в Преображенском, Наталья внимательно следила за действиями Василия Голицына.

Голицын был успешным и блестящим дипломатом и политиком. В военном руководстве он понимал мало. Его войско, усиленное днепровскими и донскими казаками, выступило по направлению к Крыму, однако поля битвы не достигло. Степной пожар остановил полки, лишил их пастбищ для лошадей и вынудил повернуть назад. Но в Москву русские войска неожиданно вошли как «победители». Софья не только осыпала Голицына почестями, но и само поражение было представлено победой. Царь Петр I со злобой наблюдал за победными парадами, его мать предчувствовала шанс для возвращения к власти. За первым походом весной 1689 года последовал второй. Вновь во главе стоял князь Голицын, его помощником был шотландский генерал Патрик Гордон. Сначала русские солдаты отразили нападение татар и прорвались к воротам крепости Перекоп, которая закрывала доступ в Крым. Здесь Голицын остановился. Позднее он объяснил Софье свой отказ от штурма крепости тем, что крымский хан предложил перемирие на выгодных условиях.

Московское войско без видимых причин повернуло назад. Еще раз поражение нельзя было истолковать как победу. Софья чувствовала, как над ее головой сгущаются тучи грядущего кризиса. Ей не принесло пользы и то, что 27 августа 1689 года в Нерчинске русские дипломаты заключили первый договор европейского государства с Китаем. Нерчинский договор впервые маркировал границы, которые, правда, еще не были точными, факт сам по себе имел большое значение, как и договоренность о приграничной торговле. Договор был внешнеполитическим успехом для Русского государства, который, однако, не смог ни компенсировать поражение на Юге, ни остановить падения Софьи.