Диспут Белобоцкого с Лихудами проходил в присутствии отпрысков семейства Апраксиных – Петра Матвеевича (стольника при дворе царя Петра I), Федора Матвеевича и Андрея Матвеевича – братьев вдовствующей царицы Марфы Матвеевны Апраксиной (вдовы покойного Федора Алексеевича), а также племянника патриарха Иоакима Ивана Алексеевича Мусина-Пушкина197, Николая Спафария и других198. Как отмечает Сменцовский, диспут, судя по всему, кончился победой Лихудов и стал публичной демонстрацией их принадлежности к православию и пригодности для академии. По словам самих Лихудов, несомненно преувеличенным, Белобоцкий не мог ничего возразить на их аргументы и ему пришлось сознаться, что он не слишком сведущ в богословии. Тем не менее по настоянию присутствовавших бояр он был вынужден продолжать диспут и перевел его в дискуссию о происхождении души. И здесь он вновь потерпел поражение от Лихудов199.

Должно быть, диспут с Белобоцким в самом деле стал публичной проверкой того, насколько Лихуды были готовы встать у кормила будущей академии в качестве православных ученых. На диспуте затрагивались и религиозные, и философские вопросы, хотя проведение четкой грани между теми и другими было бы анахронизмом. В качестве публичной проверки диспут, скорее всего, был задуман заранее – возможно, патриархом Иоакимом200. Трудно себе представить, чтобы Белобоцкий, несмотря на все его прежние невзгоды в Москве, осмелился публично и открыто выражать католическую точку зрения на евхаристию, не получив гарантию того, что это не будет иметь для него никаких печальных последствий. На причастность Иоакима к организации диспута указывает и присутствие И. А. Мусина-Пушкина. Надо полагать, племянник патриарха (и, по некоторым источникам, незаконный сын царя Алексея Михайловича) и будущий ученик Лихудов уведомил Иоакима о выступлении Лихудов и об итогах диспута. Вопрос в том, зачем Иоакиму мог понадобиться этот диспут. Наиболее вероятный ответ сводится к тому, что Иоаким таким образом дал Медведеву понять, что тот не имеет права считать себя столь уж важной фигурой, а свою точку зрения – сколько-нибудь значимой. Даже после того, как Белобоцкий в 1681 году покаялся в своих былых грехах и был вынужден подписаться под исповеданием веры, Сильвестр Медведев видел в нем угрозу своим планам встать во главе академии. С тем чтобы еще сильнее дискредитировать Белобоцкого, Медведев сочинил подробное опровержение его исповедания веры и подал его сперва Иоакиму, а затем царю Федору, но это не имело никаких последствий201. Не исключено, что Белобоцкий убедил Иоакима в искренности своего обращения; свою роль могли сыграть и влиятельные покровители при дворе (Апраксины). Как бы то ни было, более вероятно, что Иоаким использовал Белобоцкого как пешку в своих методичных маневрах, имевших целью вытеснение Медведева из проекта будущей академии. Вовсе не Медведев затеял с пришлыми греками диспут о евхаристии и о душе, а бывший еретик, обращенный в православие и прежде претендовавший на место преподавателя в академии. Медведев наверняка чувствовал себя уязвленным.

Пройдя испытание в виде диспута с Белобоцким, Лихуды примерно в июле 1685 года начали преподавательскую деятельность в Богоявленском монастыре, о чем свидетельствуют первые стипендии, выплаченные их ученикам202. В их первом классе насчитывалось семеро учеников, причем все они прежде учились у монаха Тимофея в Типографской школе. Тимофей был русским монахом, он путешествовал по греческому Востоку и Святой земле и жил там, а выучив греческий, поступил в ученики к Севастосу Киминитису в Константинополе. Вернувшись в Москву в конце 1670‐х годов, он основал школу при Печатном дворе, в которой преподавал церковнославянский и греческий языки. Критический обзор историографии, посвященной этой школе, дает Д. М. Володихин, подробно изучивший документы Патриаршего казенного приказа, касающиеся выплат стипендии ученикам. Впрочем, Володихину все же не удалось найти убедительные доказательства того, что в Типографской школе учили чему-нибудь, кроме как читать на церковнославянском и греческом. В более новой работе Б. Л. Фонкича утверждается, что это была средняя школа, в которой преподавались грамматика, поэтика и логика на греческом языке, и что Тимофей, судя по всему, планировал преподавать и дисциплины более высокого уровня. Существующие свидетельства не позволяют составить четкое представление о ее учебной программе, какими бы ни были планы Тимофея. Ниже пойдет речь о том, что первых семерых учеников Лихудов перевели в академию из Типографской школы, а это значит, что они в достаточной мере знали греческий для того, чтобы учиться у Лихудов, не говоривших по-русски. В 1686 и 1687 годах к ним присоединился ряд отпрысков некоторых из наиболее влиятельных придворных семей203.

И все же школа в Богоявленском монастыре была лишь ядром, из которого предстояло вырасти академии. Две первоначальные кельи, построенные для Лихудов, были расширены, надстроены и обставлены за счет патриархата, с тем чтобы вместить возросшее число учеников и обеспечить их местом для приема пищи. В конце января 1686 года помещения школы посетил с инспекцией патриарх, который даже присутствовал на показательном уроке204. Однако, судя по всему, патриарх считал, что школа размещается в Богоявленском монастыре лишь временно. В июне 1686 года патриарх Иоаким в поисках более подходящего места для академии посетил Заиконоспасский монастырь. Как справедливо отмечает Поттер, этот визит представлял собой очередной шаг Иоакима, направленный на то, чтобы взять верх над Медведевым. Во главе Заиконоспасского монастыря стоял Медведев, и там же располагалась его собственная школа. Выбор этого монастыря в качестве идеального места для строительства нового здания академии предвещал окончательное поражение Медведева205. Связи Медведева с царским двором, особенно с регентшей Софьей Алексеевной и В. В. Голицыным, не помогли ему в его борьбе за право руководить академией. Судя по всему, Софья была не готова или не желала ссориться с патриархом по этому поводу, хотя мы не в состоянии узнать, как она относилась ко всему этому на самом деле. С другой стороны, В. В. Голицын активно, хотя и осторожно покровительствовал Лихудам и, судя по всему, поддерживал планы Иоакима по строительству нового здания или, по крайней мере, не выступал против них, хотя в какой степени Голицын был причастен к возведению нового здания, неясно, так как на этот счет мы можем полагаться лишь на ненадежное свидетельство француза Фуа де ла Невилля206. От Иоакима не могли укрыться и связи Богоявленского монастыря с Голицыным. Этот монастырь располагался на Никольской улице в Китай-городе, совсем рядом с Кремлем, и служил местом погребения для бояр и князей из семейств Долгоруковых и Голицыных. Дом В. В. Голицына находился поблизости, между Тверской и Большой Дмитровкой207. Таким образом, перевод академии из Богоявленского в Заиконоспасский