Неуловимость народовольцев отчасти объяснялась тем, что они сумели внедрить своего агента в Третье отделение. Эта идея принадлежала одному из руководителей «Народной воли», Александру Михайлову, человеку железной воли и хладнокровия. Он познакомился с Николаем Клеточниковым, болезненным провинциалом, напичканным революционными идеями, казалось, только и ждавшим «благородного дела». Михайлов убедил Клеточникова, что он окажет большую услугу революционному движению, если сумеет проникнуть в Третье отделение и стать осведомителем. По совету Михайлова тридцатипятилетний Клеточников снял комнаты рядом со вдовой бывшего чиновника Третьего отделения и вскоре вступил с ней в связь. С ее помощью в 1879 г. он поступил в Третье отделение.

Образцовый чиновник с каллиграфическим почерком получил доступ в секретную часть 3-й экспедиции. Его добросовестность заходила так далеко, что он брался переписывать бумаги за ленивых сослуживцев. Все, что откладывалось в его необыкновенной памяти, Клеточников передавал народовольцам. Лев Тихомиров, встречавшийся с ним на конспиративных квартирах, вспоминал, что платных агентов полиции Клеточников «изучал с особенным интересом и усердием, и его заметки о них походили на записную книжку талантливого романиста. Он заносил туда не только имена и псевдонимы агентов, но и умелые портреты каждого из них, удивительно удачно схваченные несколькими словами. Он описывал их физиономии, характер, привычки».

В августе 1879 г. «Народная воля» открыто заявила, что царю-тирану вынесен смертный приговор. В ноябре она провела впечатляющую акцию — взрыв поезда, ошибочно полагая, что в нем следует император. Террористы использовали динамит — недавнее изобретение шведа Альфреда Нобеля.

Еще более широкий резонанс вызвало покушение, подготовленное Степаном Халтуриным, который устроился столяром в Зимний дворец и пронес 2,5 пуда динамита в помещение двумя этажами ниже царской столовой. И в этом случае Третье отделение действовало крайне неудачно. В период подготовки покушения был арестован член Исполнительного комитета «Народной воли» А.А. Квятковский. Среди бумаг, которые он попытался сжечь, нашли план Зимнего дворца, причем столовая была помечена крестиком. Полиция приняла меры. У дворцовых служителей производились внезапные ночные обыски, а в помещение столяров вселился жандарм. Но обыски были такими поверхностными, что Халтурин спокойно держал динамит под подушкой и в своем сундуке. 4 февраля 1880 г. он поджег фитиль и вышел из дворца. Взрыв произошел в то время, когда император обычно обедал. Была полностью разрушена комната охраны, находящаяся этажом ниже, убито 11 человек, 56 человек ранено. Но все члены царской семьи остались невредимы. К моменту взрыва они еще не успели пройти в столовую, которая, кстати, была повреждена очень незначительно.

Динамит, предназначавшийся для императора, образно говоря, «взорвал» Третье отделение. Убедившись, что старое ведомство не смогло предотвратить покушение в его собственном дворце, Александр II создал Верховную распорядительную комиссию по охране государственного порядка и общественного спокойствия. Этот временный чрезвычайный орган возглавил граф Михаил Тариелович Лорис-Меликов, генерал, отличившийся в русско-турецкой войне и бывший харьковский генерал-губернатор. По сути Лорис-Меликову были даны диктаторские полномочия в борьбе с терроризмом, завистники даже называли его вице-императором. Вместе с тем он заявлял о своей приверженности реформаторству, которому препятствуют кровавые выступления революционеров. Его пребывание у власти было известно как «диктатура сердца».

Главной задачей руководителя Верховной распорядительной комиссии стало объединение усилий всех правительственных учреждений для подавления революционного народничества. 26 февраля Лорис-Меликов приказал уходившему в отставку шефу жандармов Дрентельну немедленно передать ему все политические дела и сопутствующие материалы. Намереваясь покончить с террористами и восстановить порядок, он предоставил Верховной комиссии право распоряжаться всеми силами безопасности и потребовал от нее решительных действий. В то же время он реорганизовал петербургское отделение по охранению порядка и общественной безопасности, которое немедленно приступило к исполнению своих обязанностей.

По мнению Лорис-Меликова, Российская империя стояла на историческом рубеже, когда необходимо было реформировать ее институты, в первую очередь полицию. Царским указом от 3 марта 1880 г. Третье отделение передавалось Лорис-Меликову, а на следующий день ему был подчинен Отдельный корпус жандармов. Генерал признавался, что перед аудиенцией, в ходе которой должен был решиться этот важный вопрос, он волновался сильнее, чем перед штурмом хорошо укрепленной турецкой крепости Карc на Кавказе.

Один из членов Верховной распорядительной комиссии, сенатор И.И. Шамшин, занялся ревизией Третьего отделения и выявил множество недостатков, в том числе пропажу важных документов: «…производились розыски и часто находимы были недостававшие листы; иногда оказывались они на дому у того или иного чиновника, иногда в ящиках столов канцелярских; раз случилось даже, что какое-то важное производство отыскано было за шкафом». Выяснилось также, что Третье отделение, плохо разбираясь в деятельности подпольных организаций, было великолепно осведомлено о личной жизни министров и других сановников.

Серьезной проблемой являлись разногласия между тайной полицией, привыкшей к бесконтрольности дореформенной эпохи, и возникшими в 60-е годы судебными органами, которые ревниво защищали свои законные права. Статс-секретарь М.С. Каханов писал Лорис-Меликову в своем отчете за март, что соперничество между жандармами и сотрудниками прокуратуры отрицательно сказывается на борьбе с политическими преступниками. Во-первых, юридические рамки по каждой процедуре были настолько строгими, что малейшее отступление от них со стороны следователя или прокурора приводило к оправданию самого злостного заговорщика. Во-вторых, «неподлежащия воззрения» реформаторов в прокуратуре очень часто приводили к поражению правительства на политических процессах и в свою очередь вызывали «враждебные настроения» в других ведомствах, особенно среди жандармов и в полиции.

Временные правила от 1 сентября 1878 г. значительно упростили ход политических процессов, ускорив вынесение приговоров в административном или военном порядке и предоставив полиции и жандармам особые полномочия в чрезвычайных обстоятельствах. Каханов критиковал этот скороспелый закон, допускавший произвол вследствие отсутствия четкого определения тех чрезвычайных обстоятельств, которые освобождали жандармов от строгого следования юридическим нормам во время расследования, и требовал, чтобы министр юстиции сформулировал эти обстоятельства.

Министр юстиции Д.Н. Набоков (сменивший на этом посту Палена) отказался, заявив, что не будет юридически формулировать основания для предания суду лиц, которые по закону не являются виновными; тем самым он «не предоставит чинам жандармов права производить дознания об арестованных лицах». Используя свои полномочия, жандармы фактически проводили дознание, что делало невозможным применение законных процедур. Набоков подчеркивал, что и до принятия Временных правил от 1 сентября 1878 г. прокуратура не могла эффективно контролировать политические дознания жандармов.

С точки зрения председателя Верховной распорядительной комиссии, этот инцидент еще раз доказывал неспособность отдельного государственного института работать на общее благо, во имя «солидарности» и единой «государственной идеи». В связи с этим, полагал он, совершенно необходимо, чтобы все полицейские агенты, и государственные, и частные, и наружные, и тайные, работали вместе, образуя отдельный департамент в Министерстве внутренних дел.

Министерство внутренних дел было давним, хотя и менее влиятельным соперником Третьего отделения. В