В течение всех 1480-х годов положение Ивана Ивановича как законного наследника было вполне прочным. Однако к 1490 году наследник престола Иван Иванович заболел «камчюгою в ногах» (подагрой). Софья выписала из Венеции лекаря — «мистро Леона», который самонадеянно пообещал Ивану III вылечить наследника престола. Тем не менее все старания врача оказались бесплодны, и 7 марта 1490 года Иван Молодой скончался. Врач был казнен, а по Москве поползли слухи об отравлении наследника. Современные историки относятся к гипотезе об отравлении Ивана Молодого как к непроверяемой за недостатком источников.

4 февраля 1498 года в Успенском соборе в обстановке большой пышности прошла коронация княжича Дмитрия Ивановича. Софью и ее сына Василия не пригласили.

Иван III продолжал мучительно искать выхода из династического тупика. Сколько боли, слез и непонимания пришлось испытать его жене, этой сильной, мудрой женщине, которая так стремилась помочь мужу строить новую Россию, Третий Рим. Но проходит время, и стена ожесточения, которую с таким рвением возводили вокруг великого князя его сын и сноха, рухнула. Иван Васильевич утирал слезы жены и сам плакал с ней. Как никогда раньше он почувствовал, что свет белый ему не мил без этой женщины. Теперь замысел отдать трон Дмитрию не казался ему удачным. Иван Васильевич знал, насколько всепоглощающе любила Софья сына Василия. Он иной раз даже ревновал к этой материнской любви, понимая, что сын всецело царит в сердце матери. Великому князю стало жалко своих юных сыновей Василия, Юрия, Дмитрия Жилку, Семена, Андрея… Да и с княгиней Софьей он прожил вместе четверть века. Иван III понимал, что рано или поздно сыновья Софьи поднимут мятеж. Предотвратить выступление можно было только двумя способами: либо уничтожить вторую семью, либо завещать престол Василию и уничтожить семью Ивана Молодого.

11 апреля 1502 года династическая схватка подошла к своему логическому завершению. По словам летописи, Иван III «положил опалу на внука своего великого князя Дмитрея и на матерь его на великую княгиню Елену». Через три дня Иван III «пожаловал сына своего Василия, благословил и посадил на великое княженье Володимерьское и Московское и всеа Руси самодеръжцем».

По совету жены Иван Васильевич выпустил Елену из заточения и выслал к отцу в Валахию (нужны были добрые отношения с Молдавией), но в 1509 году «в нужи, в тюрме» умер Дмитрий.

Через год после этих событий, 7 апреля 1503 года, Софья Палеолог умерла. Тело великой княгини было погребено в соборе кремлевского Вознесенского монастыря. Иван Васильевич следом за ее кончиной пал духом, серьезно заболел. Видимо, великая грекиня Софья давала ему необходимую энергию для строительства новой державы, ее ум помогал в государственных делах, ее чуткость предупреждала об опасностях, ее всепобеждающая любовь давала ему силы и мужество. Оставив все дела, он отправился в поездку по монастырям, но замолить грехи не удалось. Его разбил паралич: «…отняло у него руку и ногу и глаз». 27 октября 1505 года он скончался, «быв на великом княжении лет 43 и 7 месяц, а всех лет живота его 65 и 9 месяц».

Иван IV — старший сын великого князя Московского Василия III и Елены Глинской. По отцовской линии он происходил из московской ветви династии Рюриковичей, по материнской — от Мамая. Бабка по отцу, Софья Палеолог, — из рода византийских императоров. С семи лет Иван был круглым сиротой.

13 декабря 1546 года 16-летний Иван посоветовался с митрополитом Макарием о своем желании жениться.

При вступлении великого князя Василия III в первый брак был произведен выбор из 1500 красивейших девушек в стране. Сын Василия пожелал последовать примеру своего отца. Наместникам разных областей государства и специально для этой цели посланным сановникам были даны поручения произвести выбор красивейших в каждом уезде девушек и представить их государю в Москву на смотр.

Царь не желал жениться на русской княжне, чтоб не поощрять спесивых притязаний титулованной знати; в то же время он хотел взять в жены девушку из старого боярского рода. Выбор царя пал на Анастасию, дочь вдовы Захарьиной. Анастасия происходила из рода Захарьиных-Юрьевых, впоследствии прозывавшихся Романовыми. Ее отец, Роман Юрьевич Кошкин-Захарьев-Юрьев, был окольничим при Василии III. Род Анастасии был одним из старейших и знаменитейших среди московского нетитулованного боярства. Царь, скорее всего, избрал подругу жизни, руководствуясь зародившейся в нем сердечной склонностью. Анастасия славилась своей красотой. Будучи очень невысокого роста, она обладала правильными чертами лица, длинными густыми темными волосами и, предположительно, темными глазами.

Свадьба семнадцатилетнего царя Ивана IV сразу вызвала отрицательную реакцию высшей знати. Дело в том, что царь женился на представительнице нетитулованных некняжеских кругов, и этот факт не мог остаться без внимания. Так, например, князь Семен Лобанов-Ростовский обвинил Ивана Васильевича в том, что «их всех государь не жалует, великих родов бесчестит, а приближает к себе молодых людей, а нас ими теснит; да и тем нас истеснился, что женился, у боярина у своего дочерь взял… рабу свою. И нам как служити своей сестре?» Но царь руководствовался не знатностью рода, а личными достоинствами Анастасии.

Венчание с царем состоялось 3 февраля 1547 года, таинство совершил митрополит Макарий, сказавший новобрачным напутственное слово. В своем поучении святитель давал наставления, как жить молодым царю и царице, и указывал на выполнение христианских и царственных добродетелей, как на залог счастья и блаженства. Слова митрополита о милосердии, справедливости и заботливости о подданных соответствовали душевному настроению молодых царя и царицы.

Царь заботился о своем народе и о благе государства. Он укрепил границы, построил более 300 крепостей, строил монастыри, в Москве — собор Покрова Пресвятой Богородицы и придел св. Василия Блаженного. Он собрал множество книг для просвещения, пел в церковном хоре. Царица Анастасия кормила голодных, строила приюты для обездоленных. Как и было принято в теремах, занималась рукоделием, вышивая пелены, покровцы, плащаницы, воздухи для церквей. Некоторые из них сохранились по сей день. Как отмечают летописцы, «предобрая Анастасия наставляла и приводила Иоанна на всякия добродетели». Царь горячо любил свою жену, и их союз был очень счастливый.

Брак царя длился 13 лет, вплоть до внезапной смерти Анастасии 7 августа 1560 года. Изучение ее останков показало, что ей было не более 25–26 лет. Замуж ее выдали в возрасте 14 лет. До тех пор пока не было проведено точное химическое исследование ее останков, историки по-разному истолковывали причины столь ранней смерти, склоняясь к тому, что организм царицы был истощен частыми родами (в семье родилось шесть детей).

В смерти этой женщины заинтересованных было очень много. Высшая знать стремилась устранить клан Романовых из окружения царя, где они заняли, после его женитьбы на представительнице этого рода, важные государственные посты.

Версию об отравлении Анастасии поддерживает исследование ее останков. Ртуть зафиксирована не только в волосах, где она оказалась в огромном количестве, но и в обрывках погребальной одежды и в тлене.