Именно в это время подручный Матюшенко унтер-офицер Денисенко узнаёт, что на «Потёмкине» организуется заговор, теперь уже против революционных унтер-офицеров. Из воспоминаний машинного унтер-офицера С. Денисенко: «Матюшенко вошёл на корабль, ликуя (он ездил в город. — В.Ш.). Но на корабле уже „шептались“, часть команды собралась в кучу и сговаривалась о том, чтобы перебить унтер-офицеров и идти в Севастополь. Я сообщил об этом Матюшенко, и он, вызвав барабанщика, приказал бить сбор. Все собрались в носовой части корабля… „Кто не согласен, выходи!“» Зная Матюшенко, разумеется, никто не вышел. Первая волна недовольства команды была сбита, но, как оказалось, ненадолго.

Несомненным неформальным лидером на корабле в тот момент был, разумеется, Афанасий Матюшенко. В ближайшее окружение Матюшенко на момент мятежа входили: Дымченко, Задорожный, Заулошев, Звенигородский, Кулик, Денисенко, Лычёв, Макаров, Мартыненко, Мартьянов, Никишкин, Резниченко, Самойленко и Шестидесятый. Но даже у ближайших сподвижников отношение к Матюшенко было неоднозначное. К Фельдман в своей книге отзывается о Матюшенко не слишком уважительно, называя представителем «незрелого бунтарского начала восстания». Самым же выдающимся из потёмкинцев Фельдман считал машинного квартирмейстера Степана Денисенко. Ему вторит в своих воспоминаниях и один из самых верных матюшенковцев И. Лычёв: «…В силу своей политической незрелости Матюшенко не мог стать подлинным вождём. Он ясно не представлял себе пути, по которому следовало вести революционный корабль. Вот почему Матюшенко, вместо того чтобы возглавить матросскую массу и смело повести корабль в бой, часто стушёвывался и шёл вслепую. Матюшенко терял присутствие духа, как только среди матросов замечался спад революционных настроений».

Не слишком удачным оказался и выбор членов судовой комиссии. Из воспоминаний И. Лычёва: «Судовая комиссия оказалась недостаточно способной организовать и сплотить всю команду в крепкую революционную силу. Между тем у нас на судне имелось немало отсталых матросов, лишь стихийно примкнувших к восстанию и готовых впасть в уныние при первой же неудаче. В наших рядах притаились предатели, по преимуществу боцманы и кондуктора, которых мы пощадили, вняв их униженным мольбам в момент захвата броненосца… Они лихорадочно развивали на корабле подрывную работу: сеяли неверие в успех восстания, распускали панические слухи, порочили членов судовой комиссии. Они доказывали колеблющимся, что только таким путём матросы добьются смягчения суровой кары, которая ожидает их после подавления восстания, а то, что оно будет подавлено, по утверждению гнусных предателей, не вызывало ни малейшего сомнения».

Что касается избранного командиром «Потёмкина» прапорщика по адмиралтейству Алексеева, то это был сугубо гражданский человек — штурман коммерческого флота, призванный на флот в связи с началом Русско-японской войны и с нетерпением ожидавший увольнения в запас. Об артиллерии, минном оружии и о военно-морской тактике он имел самое отдалённое представление. При этом даже в коммерческом флоте он никогда не командовал никаким судном, что уж тут говорить о новейшем броненосце. Единственное, что мог делать Алексеев, это перевести корабль из пункта «А» в пункт «Б».

Около 6 часов вечера на одесский рейд из Николаева пришло вспомогательное судно «Веха». Став на якорь, ничего не знавший о мятеже командир «Вехи» полковник корпуса флотских штурманов Эйхен прибыл на броненосец с рапортом. С него сразу сорвали погоны, потом избили, связали и посадили под арест. Затем на «Потёмкин» привезли остальных офицеров «Вехи» и судовую кассу. Матюшенко хотел учинить расправу над офицерами, но большинство команды этому воспротивилось. Из-за этого между сторонниками Матюшенко и остальной командой броненосца едва не произошло столкновение. Не решившись на открытое противостояние, Матюшенко вынужден был отступить. В тот же вечер оставшихся в живых офицеров «Потёмкина» и офицеров «Вехи» свезли на берег.

Присоединение «Вехи» на время успокоило команду, и на «Потёмкине» опять заговорили о десанте в город.

Б.И. Гаврилов в своей книге «В борьбе за свободу» пишет «Десант был бы вполне возможен даже при наличии имевшихся неблагоприятных условий. Высадке его мешали предательство одесских меньшевиков и нерешительность судовой комиссии, которая объясняется оторванностью её от борьбы рабочих Одессы. Последнее чрезвычайно важно, ибо настроение всей команды и тактика судовой комиссии резко изменились на следующий же день, 16 июня, под влиянием известий о событиях в городе, когда потёмкинцы приняли решение о бомбардировке и высадке десанта».

Однако, поразмыслив, потёмкинцы от высадки десанта отказались, в общем-то правильно поступив. Десантники из матросов, которые два или три раза стреляли из винтовок в учебных отрядах, были самые аховые, их бы просто перебили солдаты гарнизона. Это потёмкинцы и сами прекрасно понимали, а потому к идее десанта отнеслись отрицательно: одно дело сидеть под защитой брони и совсем иное лезть голой грудью под пули.

Тогда Матюшенко, Фельдман и Березовский изменили тактику и стали склонять остальных членов судовой комиссии на расстрел Одессы из пушек. Большинство членов комиссии не хотели и этого, но стрельба из орудий была всё же лучшей альтернативой, чем десант.

Итак, утром 16 июня, когда пожар в порту несколько затих, потёмкинцы отправились в порт на разведку. Оказалось, что солдатам и пожарным удалось локализовать пожар. Нашли матросы и брошенное ими накануне тело Вакуленчука. Как оказалось, его спасли всё те же солдаты и пожарные, соорудив вокруг трупа баррикады из мешков с песком. Обрадовавшись, что Вакуленчук никуда не делся, судовая комиссия решила послать делегацию к военным властям с требованием разрешить похоронить Вакуленчука на городском кладбище. Заметим, что к этому времени местные бандиты орудовали по всему порту. Даже в толпе, стоящей вокруг убитого Вакуленчука, был убит заточкой человек, который обнаружил в своём кармане чужую руку. Позднее, разумеется, напишут, что это был некий сыщик, который якобы намеревался спровоцировать около мёртвого матроса некий погром (?), за что был без лишних слов и зарезан бдительным боевиком.

Одновременно трое матросов отправились с броненосца за мясом на городские бойни. По дороге туда один из них был убит, остальные арестованы. Известие об этом озлобило команду «Потёмкина». Однако немедленного возмездия не последовало. Матюшенко решил всё же вначале похоронить своего «друга».

Командующий гарнизоном генерал Каханов предложил делегатам броненосца похоронить Вакуленчука в 2 часа ночи. Матюшенко, Фельдман и Березовский сочли это наглой дерзостью. Затем пришло письменное разрешение хоронить Вакуленчука в 2 часа дня, причём даже с отданием его телу воинских почестей. Городские власти не желали нагнетать обстановку. Для сопровождения тела на кладбище разрешалось послать караул из 12 человек. В ответ на это потёмкинцы отправили на берег арестованных офицеров броненосца. Наступило шаткое перемирие.

В полдень представители гражданских властей, минуя военных, прислали на броненосец свою депутацию, прося не обстреливать город и обещая помощь в снабжении углём и провизией. Матюшенко, Фельдман и Березовский на это согласились, но предупредили, что, если заказы не будут выполнены до 19 часов, броненосец откроет огонь.