Палачами царской семьи стали дворянин Михалка Молчанов и Андрей Шерефединов, выходцы из опричной среды. Они явились на старое подворье Бориса Годунова в сопровождении отряда стрельцов, захватили царицу и ее детей и развели «по храминам порознь».

Царица Мария Годунова-Скуратова была задушена. Федор Годунов отчаянно боролся за жизнь, стрельцы долго не могли с ним справиться.

После казни боярин Василий Васильевич Голицын велел созвать перед домом народ и, выйдя на крыльцо, объявил «миру», что «царица и царевич со страстей» отравили себя ядом.

20 июня 1605 г. Лжедмитрий торжественно вступил в столицу и водворился в царском дворце. Низложив Иова, он поставил во главе церкви своего «угодника» — грека Игнатия.

Вслед за тем Лжедмитрий произвел перемены в высшем боярском руководстве. Наибольшим влиянием в думе пользовались князь Василий Шуйский и его братья. На их головы и обрушился удар. «Вор» использовал доносы на Шуйских, поступившие от П. Ф. Басманова, польских секретарей и телохранителей.

Василий Шуйский некогда расследовал обстоятельства смерти царевича Дмитрия. Поэтому к нему постоянно обращались с тех пор, как в Литве объявился самозванец. В кругу доверенных лиц князь Василий допускал откровенность даже после того, как Лжедмитрий занял Москву.

Однажды на двор к князю Василию явились некоторые из московских купцов и горожан, чтобы поздравить его с царской милостью. Шуйский будто бы проехал по улицам столицы с «царем» в его экипаже. В ответ на поздравление одного купца, пользовавшегося полным доверием хозяина, Шуйский в сердцах сказал про нового государя: «Черт это, а не настоящий царевич… Не царевич это, а расстрига и изменник наш». Стоявший поодаль купец подслушал разговор и поспешил донести о нем. Русские источники называют имена купцов и посадских людей, с которыми Шуйский вел неосторожные разговоры. Самым влиятельным из них был Федор Савельевич Конь — крупнейший архитектор и строитель своего времени. В поздних русских «Сказаниях» дело представлено так, будто великий поборник православия князь Василий призвал к себе Федора Коня и другого известного в Москве человека, Костю Лекаря, и сказал им, что государь — злой враг, богоотступник и еретик Гришка Отрепьев. Шуйский якобы сам наказал Коню: «Поведайте тайно в мире с разсуждением, чтобы християне… еретика познали». Федор Конь и Костя Лекарь поведали «про еретика без рассуду многим людям», после чего о крамоле узнал Петр Басманов.

Получив донос, Лжедмитрий приказал без промедления арестовать трех братьев Шуйских. Приставами (тюремщиками) Шуйских были назначены бояре Басманов и Салтыков. При Борисе Годунове Михаил Глебович Салтыков руководил розыском о заговоре Романовых, при самозванце расследовал заговор Шуйских. Боярин усердствовал, чтобы доказать свою преданность новому государю.

Но главными инициаторами розыска были, по-видимому, Богдан Яковлевич Бельский и Петр Федорович Басманов.

Шуйским было предъявлено обвинение в государственной измене. Официальная версия дела заключала в себе много неясного. Даже близкие к особе Лжедмитрия люди по-разному излагали вину князя Василия. Боярина обвиняли то ли в распространении слухов, порочивших государя, то ли в организации форменного заговора с участием многих тысяч лиц.

В письме из Москвы от 4 июля 1605 г. иезуит А. Лавицкий сообщал, что Шуйского осудили за то, что он называл «Дмитрия» врагом и разрушителем истинной православной веры, орудием в руках поляков. Один из секретарей самозванца, поляк С. Слонский, рассказывал, что именно он передал государю донос купца, подслушавшего, как Шуйский называл царя Растригой и изменником. Яков Маржарет, телохранитель Лжедмитрия, писал, что Шуйского обвинили в «преступлении оскорбления величества».

Другую версию изложили командиры польского наемного войска С. Борша и Я. Вислоух, находившиеся в Москве во время суда над Шуйскими. В июле 1605 г. Я. Вислоух сообщил в письме к брату, что в Москве открылась измена: Шуйские начали убеждать народ, что «Дмитрий» — не истинный царь, а польский королевич, который хочет православную веру разрушить, а лютеранскую ввести; заговорщики хотели истребить поляков и уговорили для этого 10 тысяч детей боярских; поляков должны были сжечь с дворами (трактирами) и перебить, но поляки узнали об этом и известили царя. Ротмистр С. Борша воспроизвел ту же версию, но в более кратком варианте. По его словам, Шуйские разработали план переворота, в котором должен был участвовать народ, — они задумали «ночью зажечь Москву и учинить над царем и над нами (польскими солдатами. — P.C.) предательство».

Опираясь на преданные «вору» казачьи и польские отряды, П. Ф. Басманов арестовал множество лиц, которых подозревали в заговоре с Шуйскими. Розыск проводился с применением изощренных пыток. Показания современников о результатах расследования расходятся в самом существенном пункте. Телохранитель самозванца Конрад Буссов утверждал, будто бы многие духовные лица и стрельцы на пытках подтвердили измену боярина Шуйского. Совсем иначе изложил дело голландец Исаак Масса. По его словам, никто из предполагаемых сообщников боярина не мог привести надежных доказательств его вины. Некоторые из арестованных под пытками признались в преступлении, прочие же все отрицали.

Согласно русским источникам, из страха москвичи «друг на друга клеветаху», Растрига же «многих поймав и разными пытками пытаху: иные же, не стерпев пыток, на себя говоряху, а иные же крепяхуся, а иные и впрями ево, Ростригу, обличаху».

В конце концов инициаторы розыска отказались от намерения организовать крупный политический процесс с участием многих видных лиц. Лжедмитрий распорядился привлечь к суду вместе с Шуйскими лишь нескольких второстепенных лиц. В их числе были Петр Тургенев, Федор Калачник и некоторые другие купцы. Род Тургеневых пользовался известностью в Москве. До опричнины дядя Петра Тургенева был ясельничим в дворцовом ведомстве у царя Ивана Грозного. Петр Никитич служил головой в дворянских сотнях. Он так и не получил воеводского чина, но имел один из высших поместных окладов — 500 четвертей земли — и числился «выборным» дворянином из Воротынска. Федор Калачник, судя по прозвищу, был посадским человеком.

Чтобы устрашить столичное население, Отрепьев велел предать «изменников» публичной казни. Дворянина Петра Тургенева вывели на пустырь (Пожар) и там обезглавили. Сообщение о казни Тургенева имеет документальное подтверждение. В подлинной челобитной Дениса Петровича Тургенева подчеркнуто, что отца челобитчика, Петра Тургенева, убил «вор-Рострига». Монах Авраамий Палицын называет Петра мучеником и обличителем «вора».

Сохранилось предание, что торговый человек Федор Калачник, идя на казнь, во все горло кричал, что новый царь — антихрист и все, кто поклоняется этому посланцу сатаны, «от него же погибнут».

Лжедмитрий и его окружение не желали раздражать дворянство. Зато с простонародьем они не церемонились.

В первые же дни правления нового царя, записал Масса, пострадало много простых людей и горожан в Москве, так что ночью и втайне только и делали, что пытали, убивали и губили людей.

Автор «Иного сказания» утверждал, что князь Василий Шуйский и его братья были арестованы на третий день после вступления Лжедмитрия в Москву, а 25 июня 1605 г. их передали в руки палача. Приведенная дата ошибочна. Достоверно известно, что казнь Шуйских была назначена на воскресенье 30 июня. Как бы то ни было, очевидцы единодушно подтверждают, что суд над Шуйскими занял несколько дней.